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- PDB-5xjw: Crystal Structure of the [Co2+-(Chromomycin A3)2]-CCG repeats Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xjw
タイトルCrystal Structure of the [Co2+-(Chromomycin A3)2]-CCG repeats Complex
要素DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*A)-3')
キーワードDNA/ANTIBIOTIC / Nucleotide Flipping-out / CCG trinucleotide repeats / Chromomycin A3 / Metalloantibiotics / Minor Groove Binding drug / DNA-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性Chromomycin A3, Monomer / : / Chem-CPH / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.097 Å
データ登録者Tseng, W.H. / Wu, P.C. / Satange, R.B. / Hou, M.H.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of the [Co2+-(Chromomycin A3)2]-CCG repeats Complex
著者: Tseng, W.H. / Wu, P.C. / Satange, R.B. / Hou, M.H.
履歴
登録2017年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2018年5月16日ID: 5ES0
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年6月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_molecule.prd_id / _pdbx_molecule_features.class / _pdbx_molecule_features.name / _pdbx_molecule_features.prd_id / _pdbx_molecule_features.type / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12018年9月12日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule
改定 2.22018年10月3日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,44011
ポリマ－7,8252
非ポリマー2,6159
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.309, 48.309, 83.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-221-

HOH

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要素

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DNA鎖 , 1種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*A)-3')


分子量: 3912.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 3-C-methyl-4-O-acetyl-alpha-L-Olivopyranose-(1-3)-beta-D-Olivopyranose-(1-3)-beta-D-Olivopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 464.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: Chromomycin A3, Monomer
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[ad122m-1b_1-5][ad611m-1a_1-5_3*C_4*OCC/3=O]/1-1-2/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][a-L-2,6-deoxy-Glcp4Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2,6-dideoxy-4-O-methyl-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-4-O-acetyl-2,6-dideoxy-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 334.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: Chromomycin A3, Monomer
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ad112m-1b_1-5_4*OCC/3=O][ad112m-1a_1-5_4*OC]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2-deoxy-Fucp4Ac]{[(3+1)][a-D-2-deoxy-Fucp4Me]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 55分子

#4: 化合物 ChemComp-CPH / (1S)-5-deoxy-1-O-methyl-1-C-[(2R,3S)-3,5,7,10-tetrahydroxy-6-methyl-4-oxo-1,2,3,4-tetrahydroanthracen-2-yl]-D-xylulose / None / クロモマイシノン


タイプ: Oligosaccharide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 420.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24O9 / 参照: Chromomycin A3, Monomer
#5: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.0 mM ssDNA, 2.0 mM Chromomycin A3, 4mM CoCl2.6H2O, 50 mM Sodium Cacodylate, 5 mM Spermine, 3% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1.56418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.56418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.097→30 Å / Num. obs: 12596 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 47.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 1.887 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.184.20.2670.961197.8
2.18-2.265.80.2491.0631100
2.26-2.376.40.1851.2341100
2.37-2.496.40.1371.2171100
2.49-2.656.50.1211.2891100
2.65-2.856.50.1011.7921100
2.85-3.146.40.0691.9551100
3.14-3.596.10.0542.1211100
3.59-4.526.20.0472.346199.7
4.52-3060.0484.416198.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000data processing
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.10.1-2155モデル構築
PHENIX1.10.1-2155精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XEW

5xew


解像度: 2.097→29.576 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.07
詳細: The force field of Chro unit used in the refinement of CoII(Chro)2-DNA complex structure was generated using the atomic resolution crystal structure of NiII(Chro)2.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2457 1230 9.77 %
Rwork0.2253 --
obs0.2275 12596 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.08 Å2 / Biso mean: 55.6101 Å2 / Biso min: 30.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.097→29.576 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 480 169 50 699
Biso mean--43.95 57.27 -
残基数----24
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004714
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7641056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.767316
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0967-2.18060.34291230.281155127892
2.1806-2.27980.38641450.28781312145799
2.2798-2.40.30771400.300512461386100
2.4-2.55030.29341320.28971271140399
2.5503-2.7470.39331400.296312861426100
2.747-3.02320.28151320.316512971429100
3.0232-3.46010.22171400.20291275141599
3.4601-4.35720.23961340.20241260139499
4.3572-29.57940.19461440.18661264140898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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