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- PDB-5xgz: Metagenomic glucose-tolerant glycosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xgz
タイトルMetagenomic glucose-tolerant glycosidase
要素Beta-glycosidase
キーワードHYDROLASE / beta-glycosidase / meta genome / thermostable enzyme / glucose-tolerant
機能・相同性
機能・相同性情報


: / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured microorganism (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Watanabe, M. / Matsuzawa, T. / Yaoi, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPS26850067 日本
引用
ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2017
タイトル: Improved thermostability of a metagenomic glucose-tolerant beta-glycosidase based on its X-ray crystal structure.
著者: Matsuzawa, T. / Watanabe, M. / Yaoi, K.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Metagenomic glucose-tolerant glycosidase
著者: Watanabe, M. / Matsuzawa, T. / Yaoi, K.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glycosidase
B: Beta-glycosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,98023
ポリマ－104,1722
非ポリマー1,80821
水9,188510
1
A: Beta-glycosidase
B: Beta-glycosidase
ヘテロ分子

A: Beta-glycosidase
B: Beta-glycosidase
ヘテロ分子

A: Beta-glycosidase
B: Beta-glycosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,94069
ポリマ－312,5156
非ポリマー5,42563
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area10960 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area92540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)202.427, 202.427, 202.427
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Beta-glycosidase


分子量: 52085.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) uncultured microorganism (環境試料)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1E1FFN6
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl buffer, 1.3 M lithium sulfate, 0.01 M nickel chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 134784 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 1.451 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 1151056
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible allCC1/2
1.75-1.783.20.40163600.2430.4730.72893.3
1.78-1.813.30.39364820.2340.4610.72994.20.035
1.81-1.853.40.38965210.2260.4530.76995.20.028
1.85-1.893.60.38565300.2150.4440.80995.40.081
1.89-1.933.70.37665710.2050.4310.83396.10.105
1.93-1.974.10.36165850.1870.410.88496.70.231
1.97-2.024.40.35166970.1740.3950.9297.20.304
2.02-2.074.80.33866900.1580.3760.99298.10.46
2.07-2.145.40.32167630.1420.3531.06498.40.597
2.14-2.25.90.30767480.1290.3351.0998.60.698
2.2-2.286.70.27867780.1070.2991.299.10.84
2.28-2.387.50.25767890.0930.2741.23399.10.897
2.38-2.488.50.22668720.0760.241.25599.50.936
2.48-2.619.70.19668250.0620.2061.27799.50.968
2.61-2.7810.80.16568340.0490.1731.31599.50.983
2.78-2.9912.20.14769010.040.1531.59499.70.99
2.99-3.2914.20.12368610.0310.1272.29499.80.996
3.29-3.77170.07769470.0180.0791.95899.90.998
3.77-4.7519.60.04969260.0110.051.55299.90.999
4.75-5020.40.04271040.0090.0431.48799.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JIE

2jie


解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 8.499 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25477 6676 5 %RANDOM
Rwork0.20633 ---
obs0.20875 128017 97.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.865 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7206 0 104 510 7820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0197592
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026674
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.841.93410344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.128315395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.845902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.81522.988405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.544151095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9871568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.21050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0218608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021764
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9091.8773587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8921.8753586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4552.8084490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4592.814491
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4692.2184005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4362.2183997
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1133.1945841
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.65836.32334124
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.59936.22733821
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.285314266
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.9315161
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.097514397
LS精密化 シェル解像度: 1.751→1.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.461 447 -
Rwork0.452 8957 -
obs--93.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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