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- PDB-5xg5: Crystal structure of Mitsuba-1 with bound NAcGal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xg5
タイトルCrystal structure of Mitsuba-1 with bound NAcGal
要素MITSUBA-1
キーワードDE NOVO PROTEIN / protein design / lectin / sugar binding protein
機能・相同性Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Terada, D. / Voet, A.R.D. / Kamata, K. / Zhang, K.Y.J. / Tame, J.R.H.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Computational design of a symmetrical beta-trefoil lectin with cancer cell binding activity.
著者: Terada, D. / Voet, A.R.D. / Noguchi, H. / Kamata, K. / Ohki, M. / Addy, C. / Fujii, Y. / Yamamoto, D. / Ozeki, Y. / Tame, J.R.H. / Zhang, K.Y.J.
履歴
登録2017年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_detector
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_detector.detector
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITSUBA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1064
ポリマ－16,4431
非ポリマー6643
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area6640 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.782, 38.677, 42.761
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MITSUBA-1


分子量: 16442.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 25 % PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 97 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 19585 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 2.867 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.55-1.582.10.2150.9010.1630.2721.30685.3
1.58-1.612.30.1880.9120.1410.2371.43386.1
1.61-1.642.40.1990.8990.1450.2481.59489.6
1.64-1.672.40.1750.9360.1270.2181.53991.5
1.67-1.712.50.1610.9390.1170.2011.76492.4
1.71-1.752.40.1530.9390.1140.1922.10891.4
1.75-1.792.70.1350.9590.0960.1672.09292.7
1.79-1.842.70.1190.970.0830.1472.21994.3
1.84-1.8930.110.9720.0750.1342.37596.8
1.89-1.953.10.1030.9810.0680.1242.75196.1
1.95-2.023.10.0940.9820.0610.1132.94896.7
2.02-2.13.10.0850.9850.0560.1023.04597.2
2.1-2.22.90.080.9850.0540.0973.38297.1
2.2-2.323.20.0780.9880.050.0933.44996.4
2.32-2.463.30.070.990.0450.0843.49197.5
2.46-2.653.40.0670.9920.0420.0793.63899
2.65-2.923.40.0620.9910.0390.0733.57197.7
2.92-3.343.30.0570.9910.0360.0683.74896.9
3.34-4.213.50.0460.9960.0280.0543.43798.2
4.21-503.40.0450.9950.0280.0533.35396.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.54→42.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.232 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.085
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1973 1004 5.1 %RANDOM
Rwork0.1497 ---
obs0.1521 18576 93.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 57.28 Å2 / Biso mean: 14.398 Å2 / Biso min: 5.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å2-0 Å2-
2---0.75 Å2-0 Å2
3---1.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→42.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1160 0 45 133 1338
Biso mean--14.29 27.51 -
残基数----145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0191241
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021153
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1941.9791670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00532682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5715144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.49524.13858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76915208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.996153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0211374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02298
LS精密化 シェル解像度: 1.536→1.576 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 65 -
Rwork0.178 1098 -
all-1163 -
obs--76.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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