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- PDB-5xg3: Crystal structure of the ATPgS-engaged Smc head domain with an ex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xg3
タイトルCrystal structure of the ATPgS-engaged Smc head domain with an extended coiled coil bound to the C-terminal domain of ScpA derived from Bacillus subtilis
要素
  • Chromosome partition protein Smc
  • Segregation and condensation protein A
キーワードDNA BINDING PROTEIN/CELL CYCLE / Condensin / Smc / ATPase / ScpA / DNA BINDING PROTEIN-CELL CYCLE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / sister chromatid cohesion / chromosome segregation / chromosome / DNA replication / cell division / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Segregation and condensation protein A / Segregation and condensation protein ScpA / Structural maintenance of chromosomes protein, prokaryotic / ScpA-like, C-terminal / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal ...Segregation and condensation protein A / Segregation and condensation protein ScpA / Structural maintenance of chromosomes protein, prokaryotic / ScpA-like, C-terminal / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / : / Segregation and condensation protein A / Chromosome partition protein Smc
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Shin, H.-C. / Lee, H. / Oh, B.-H.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Structure of Full-Length SMC and Rearrangements Required for Chromosome Organization
著者: Diebold-Durand, M.L. / Lee, H. / Ruiz Avila, L.B. / Noh, H. / Shin, H.C. / Im, H. / Bock, F.P. / Burmann, F. / Durand, A. / Basfeld, A. / Ham, S. / Basquin, J. / Oh, B.-H. / Gruber, S.
履歴
登録2017年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosome partition protein Smc
B: Chromosome partition protein Smc
C: Segregation and condensation protein A
D: Segregation and condensation protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,1989
ポリマ－119,0444
非ポリマー1,1545
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7690 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area41470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.103, 104.783, 185.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Chromosome partition protein Smc


分子量: 49153.883 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-219,UNP residues 975-1186 / 変異: E1118Q,E1118Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: smc, ylqA, BSU15940 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51834
#2: タンパク質 Segregation and condensation protein A


分子量: 10367.890 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 167-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: scpA, SAMN05878487_2386 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1N6WAJ8, UniProt: P35154*PLUS

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非ポリマー , 4種, 8分子

#3: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% PEG 3000, 0.1M Imidazole pH8.0, 0.2M LiSO4, 0.05M Hexamine cobalt (III) chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 35074 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 57.51 Å2 / Net I/σ(I): 12.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XEX

1xex


解像度: 3.5→40.989 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.7 / 位相誤差: 27.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2956 2393 6.82 %
Rwork0.2607 32681 -
obs0.2631 35074 84.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.68 Å2 / Biso mean: 54.4176 Å2 / Biso min: 3.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→40.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5637 0 65 3 5705
Biso mean--43.72 26.18 -
残基数----866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015751
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3127874
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061007
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3563382
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5001-3.57150.33671100.31141579168970
3.5715-3.64910.39731270.30011728185575
3.6491-3.73390.28831350.28751855199080
3.7339-3.82730.28991370.2711794193179
3.8273-3.93070.36171280.27081727185576
3.9307-4.04620.27411280.261712184074
4.0462-4.17670.31221220.23911755187776
4.1767-4.32580.29071380.23641876201483
4.3258-4.49880.23971470.22982040218790
4.4988-4.70330.24841450.24061989213486
4.7033-4.95090.30521490.23892003215288
4.9509-5.26050.31861540.25712026218088
5.2605-5.66570.30821460.28581995214188
5.6657-6.2340.351540.29282075222989
6.234-7.1320.30731470.28552070221791
7.132-8.97010.28911620.24332205236796
8.9701-40.99140.24771640.24682252241699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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