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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xep | ||||||
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タイトル | Crystal structure of BRP39, a chitinase-like protein, at 2.6 Angstorm resolution | ||||||
要素 | Chitinase-3-like protein 1 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Tim barrel / Apoptosis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to interleukin-6 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / Neutrophil degranulation / response to interleukin-1 / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of interleukin-8 production ...response to interleukin-6 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / Neutrophil degranulation / response to interleukin-1 / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of interleukin-8 production / lung development / positive regulation of angiogenesis / cellular response to tumor necrosis factor / carbohydrate metabolic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / inflammatory response / apoptotic process / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Mohanty, A.K. / Fisher, A.J. / Choudhary, S. / Kaushik, J.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of BRP39, a signalling glycoprotein expressed during mammary gland apoptosis. 著者: Mohanty, A.K. / Fisher, A.J. / Yu, Z. / Pradeep, M.A. / Janjanam, J. / Kaushik, J.K. #1: ジャーナル: Protein Expr. Purif. / 年: 2009 タイトル: Cloning, expression, characterization and crystallization of BRP39, a signalling glycoprotein expressed during mammary gland apoptosis. 著者: Mohanty, A.K. / Fisher, A.J. / Yu, Z. / Pradeep, M.A. / Janjanam, J. / Kaushik, J.K. #2: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of a novel regulatory 40-kDa mammary gland protein (MGP-40) secreted during involution. 著者: Mohanty, A.K. / Singh, G. / Paramasivam, M. / Saravanan, K. / Jabeen, T. / Sharma, S. / Yadav, S. / Kaur, P. / Kumar, P. / Srinivasan, A. / Singh, T.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xep.cif.gz | 858.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xep.ent.gz | 719.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xep.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xep_validation.pdf.gz | 490.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xep_full_validation.pdf.gz | 506.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5xep_validation.xml.gz | 75.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xep_validation.cif.gz | 104.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/5xep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/5xep | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ljyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43057.074 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 9-389 / 変異: E104G, G340R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: Mammary gland / 遺伝子: Chi3l1, Brp39, Chil1 / 器官: Breast / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami B(DE3) / 参照: UniProt: Q61362 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.75 % / 解説: Thin rectangular plates |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 20% PEG6000, 1M LiCl2, 0.1M Bicine buffer, pH 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→100 Å / Num. obs: 71290 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.78 % / Biso Wilson estimate: 34.6 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 13.08 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 3.78 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 2.97 / Num. unique obs: 5288 / CC1/2: 0.834 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1LJY 解像度: 2.6→38.27 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.87
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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