ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SCALEPACK | | データスケーリング | REFMAC | 5.8.0103精密化 | PDB_EXTRACT | 3.22 | データ抽出 | DENZO | | データ削減 | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→72.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.116 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.141
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2274 | 642 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1939 | - | - | - |
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obs | 0.1955 | 12238 | 99.93 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 73.37 Å2 / Biso mean: 26.035 Å2 / Biso min: 13.06 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -1.4 Å2 | -0.7 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | -1.4 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 4.53 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→72.06 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1032 | 0 | 0 | 100 | 1132 |
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Biso mean | - | - | - | 33 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 123 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.009 | 0.02 | 1048 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.283 | 1.988 | 1413 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg5.094 | 5 | 122 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg36.465 | 25.789 | 57 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg15.122 | 15 | 196 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg16.402 | 15 | 6 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.088 | 0.2 | 159 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.004 | 0.02 | 777 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.294 | 47 | - |
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Rwork | 0.217 | 900 | - |
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all | - | 947 | - |
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obs | - | - | 100 % |
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精密化 TLS | L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: -0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Origin x: 0 Å / Origin y: 0 Å / Origin z: 0 Å / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION |
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