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万見
- PDB-5xef: Crystal structure of flagellar chaperone from bacteria -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xef
タイトルCrystal structure of flagellar chaperone from bacteria
要素Flagellar protein fliS
キーワードCHAPERONE / flagellar chaperone / bacteria
機能・相同性Flagellar protein FliS / Flagellar protein FliS superfamily / Flagellar protein FliS / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cytosol / Flagellar protein fliS
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lee, C. / Hong, M.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
the Ministry of Science, ICT & Future Planning2015R1D1A1A01057574 韓国
the Ministry of Health & WelfareHI15C2890 韓国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the flagellar chaperone FliS from Bacillus cereus and an invariant proline critical for FliS dimerization and flagellin recognition
著者: Lee, C. / Kim, M.I. / Park, J. / Jeon, B.Y. / Yoon, S.I. / Hong, M.
履歴
登録2017年4月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar protein fliS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8941
ポリマ－14,8941
非ポリマー00
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Homodimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)83.207, 83.207, 47.771
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 Flagellar protein fliS


分子量: 14894.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711
遺伝子: BC_1639 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81FF1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M ammonium sulfate 4 % isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97973 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2016年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→72.06 Å / Num. obs: 18292 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.4 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 2.769 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.05180.1860.9950.0460.1922.115100
2.05-2.1118.70.1740.9930.0420.1792.413100
2.11-2.1719.60.1540.9960.0360.1592.783100
2.17-2.2419.40.1410.9970.0330.1452.943100
2.24-2.32190.1320.9960.0310.1353.06399.9
2.32-2.4218.40.1220.9980.030.1253.136100
2.42-2.53170.1180.9970.030.1223.382100
2.53-2.6618.80.1120.9970.0270.1153.578100
2.66-2.8318.80.1030.9970.0250.1063.807100
2.83-3.04180.0940.9980.0230.0974.121100
3.04-3.3516.20.0850.9970.0220.0884.21899.8
3.35-3.8317.80.0760.9990.0180.0784.21799.9
3.83-4.8316.40.070.9980.0170.0724.258100
4.83-5015.70.0680.9990.0170.0714.20599.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→72.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.116 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.141
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2274 642 5 %RANDOM
Rwork0.1939 ---
obs0.1955 12238 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.37 Å2 / Biso mean: 26.035 Å2 / Biso min: 13.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4 Å2-0.7 Å2-0 Å2
2---1.4 Å20 Å2
3---4.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→72.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1032 0 0 100 1132
Biso mean---33 -
残基数----123
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.021048
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2831.9881413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0945122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.46525.78957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.12215196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.402156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02777
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 47 -
Rwork0.217 900 -
all-947 -
obs--100 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: -0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Origin x: 0 Å / Origin y: 0 Å / Origin z: 0 Å / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID
1
2
3
4
5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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