PDB-5xeb: Structure of the envelope glycoprotein of Dhori virus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xeb

タイトル

Structure of the envelope glycoprotein of Dhori virus

要素

Envelope glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Dhori virus / glycoprotein / fuion machine

機能・相同性

Baculovirus Gp64, envelope glycoprotein / Baculovirus gp64 envelope glycoprotein family / modulation by virus of host process / viral envelope / virion membrane / membrane / Envelope glycoprotein

機能・相同性情報

生物種

Dhori virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.497 Å

データ登録者

Peng, R. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structures of human-infectingThogotovirusfusogens support a common ancestor with insect baculovirus
著者: Peng, R. / Zhang, S. / Cui, Y. / Shi, Y. / Gao, G.F. / Qi, J.

履歴

登録	2017年4月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年6月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / struct_keywords Item: _citation.title / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xeb.cif.gz	483.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xeb.ent.gz	401.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xeb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xeb_validation.pdf.gz	477.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xeb_full_validation.pdf.gz	506.8 KB	表示
XML形式データ	5xeb_validation.xml.gz	45.7 KB	表示
CIF形式データ	5xeb_validation.cif.gz	62.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/5xeb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/5xeb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xeaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zl2-3 5zkx-1 2vde-d 1ek9-d 5zl2-2 5xea-d 5zkx-2 5zl2-1 1tqq-d 5zkx-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Envelope glycoprotein

B: Envelope glycoprotein

C: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

162 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
162 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
161 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

C: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

C: Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
161 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.729, 106.729, 134.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-800- HOH
2	1	B-753- HOH

#1: タンパク質

Envelope glycoprotein

分子量: 53599.336 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 21-494 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Dhori virus (strain Indian/1313/61) (ウイルス)
株: Indian/1313/61 / 遺伝子: P4 / 細胞株 (発現宿主): High Five
発現宿主:

Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P27427

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.26 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 6% v/v Ethylene glycol, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 10% w/v Polyethylene glycol 6.000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97845 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97845 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 59514 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 14.492
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 2.113 / Mean I/σ(I) obs: 1.078 / Num. unique obs: 5937 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.497→34.935 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 36.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2571	2170	5.04 %
R_work	0.231	-	-
obs	0.2311	43023	72.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.497→34.935 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9336	0	56	201	9593

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	9657
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.706	13120
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.824	5744
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1436
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1651

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4967-2.5547	0.4118	40	0.3331	861	X-RAY DIFFRACTION	23
2.5547-2.6186	0.418	53	0.2791	997	X-RAY DIFFRACTION	26
2.6186-2.6894	0.3233	52	0.2758	1200	X-RAY DIFFRACTION	31
2.6894-2.7685	0.3254	89	0.2711	1347	X-RAY DIFFRACTION	36
2.7685-2.8578	0.2732	110	0.2792	1658	X-RAY DIFFRACTION	45
2.8578-2.9599	0.3534	116	0.2903	2029	X-RAY DIFFRACTION	54
2.9599-3.0783	0.4066	134	0.2744	2639	X-RAY DIFFRACTION	70
3.0783-3.2183	0.283	190	0.2686	3746	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2183-3.3879	0.3115	197	0.2536	3716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3879-3.5999	0.2806	227	0.2491	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5999-3.8776	0.3071	184	0.2287	3770	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8776-4.2672	0.2871	188	0.2294	3800	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2672-4.8832	0.2455	208	0.2132	3760	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8832-6.1469	0.2703	202	0.2622	3763	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1469-34.9387	0.3388	180	0.291	3775	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0894	-0.0592	0.3277	0.2751	0.1422	0.8293	-0.0992	0.0487	-0.0333	0.0323	0.0677	-0.0371	-0.4945	0.5014	-0.2889	0.2172	-0.266	-0.0564	0.334	0.0294	0.1805	12.696	5.3046	-13.8709
2	0.4125	0.0568	-0.0959	0.0706	0.0989	1.6885	-0.2593	0.084	-0.0547	-0.0765	0.0544	-0.174	-0.1674	0.6636	-0.7145	-0.0067	-0.1489	-0.0426	0.3075	-0.0407	0.2066	19.781	0.0842	0.9897
3	0.1468	0.0456	0.0878	0.1718	-0.4353	1.295	-0.1655	-0.1055	0.0586	0.3068	0.1503	0.0538	-0.3442	-0.0207	-0.0277	-0.103	-0.1845	0.0159	-0.0131	-0.0284	0.0978	-0.4883	4.5486	29.9803
4	1.9593	0.4565	-1.0812	2.382	-0.556	2.285	-0.0504	0.4113	-0.0964	-0.2055	0.0075	-0.0997	0.12	0.3468	0.2164	0.3531	0.1189	0.138	0.5325	-0.0569	0.2659	68.6661	25.3397	-34.4541
5	0.2754	0.095	0.4129	0.169	0.1607	0.5919	-0.127	-0.4147	-0.1469	0.2011	-0.0648	0.1756	0.3183	-0.7447	-0.1164	0.1013	-0.3157	0.028	0.247	-0.0084	0.1119	39.6004	18.0489	34.9383
6	0.1431	-0.0237	-0.0014	0.1398	0.235	0.3635	0.1135	0.0355	-0.0485	0.0919	0.0124	0.0345	0.1834	0.0848	-0.2793	-0.003	0.0872	-0.026	0.0367	-0.017	0.1846	56.1356	27.0275	-4.2165
7	0.095	-0.0223	0.3451	0.0829	-0.1381	2.2495	0.032	-0.039	0.0457	-0.0398	-0.008	0.0424	-0.4208	-0.7439	0.1478	0.3003	0.0201	0.0115	0.2302	-0.0261	0.2005	44.8374	32.7075	-5.5749
8	1.0914	0.4319	0.6981	1.4555	-0.3244	1.05	-0.3739	0.7388	0.1373	-0.3863	0.1017	-0.0529	0.4561	-0.1921	-0.0024	0.5881	-0.3292	-0.0792	0.8641	0.1104	0.7218	40.1705	-39.8696	-104.9029
9	0.1977	0.1082	-0.3367	0.4882	-0.7751	1.3398	-0.1141	-0.1753	0.1599	0.237	-0.3096	-0.2592	-1.6147	0.2583	-0.168	1.4003	0.0516	-0.1285	0.6217	-0.0626	0.8785	52.4431	-11.8384	-25.5615
10	0.0867	-0.0902	0.2416	0.1643	-0.639	2.7622	0.0508	-0.1706	-0.0567	-0.1218	-0.0596	-0.1178	-0.822	-0.168	0.0319	1.1422	-0.1785	-0.1186	0.615	0.0262	0.7678	58.5394	-14.2263	-14.8927
11	0.649	0.0018	-0.4796	1.6949	-0.6568	0.6079	-0.2218	-0.3107	0.3196	0.2764	-0.1256	-0.29	-1.0475	-0.1411	0.1498	1.2824	0.2761	-0.0698	0.6032	0.0361	0.9263	44.3006	-10.1319	-43.0807
12	0.0711	0.0004	-0.3335	0.0347	0.0395	1.7931	-0.1239	0.2664	0.3454	-0.1334	-0.3513	-0.1791	-0.2847	0.403	0.1601	1.5577	-0.1717	-0.097	0.8099	-0.003	0.9881	45.1883	-8.1691	-65.2019
13	4.5771	0.6693	-0.381	1.971	-0.3954	0.9141	-0.0898	0.265	0.1768	0.1605	-0.3186	-0.0131	-0.6434	-0.8448	0.1115	0.6635	0.1141	-0.0121	0.6673	0.0671	0.7724	39.7173	-18.9374	-69.4828
14	0.6021	0.0799	0.3827	0.0111	0.0497	0.2405	0.0797	0.1052	0.1764	-0.0484	0.1372	0.2007	-0.3427	-0.42	0.2982	0.6306	0.3311	-0.1784	0.6688	0.038	1.0927	38.3476	-17.3085	-58.2163
15	0.8936	0.163	0.3947	0.165	0.2551	1.7414	-0.0838	0.2799	0.0379	-0.0294	-0.1854	-0.166	-0.2112	0.1609	-0.0017	0.5201	-0.1028	0.0002	0.3542	-0.0071	0.7253	57.5001	-30.2913	-92.9063
16	1.2646	0.4058	0.0075	1.2005	0.5578	1.0444	0.3138	-0.0716	-0.0033	-0.8234	-0.0543	-0.106	-0.1117	0.3707	0.0406	0.9147	-0.139	-0.1375	0.5109	0.1354	0.8504	57.7512	-23.3028	-26.5928

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 153 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 154 through 310 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 311 through 472 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 24 through 44 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 45 through 287 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 288 through 354 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 355 through 472 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 25 through 45 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 46 through 129 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 130 through 168 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 169 through 212 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 213 through 231 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 232 through 277 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 278 through 310 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 311 through 448 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 449 through 472 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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