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- PDB-5xch: Crystal structure of Wild type Vps29 complexed with Zn+2 from Ent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xch
タイトルCrystal structure of Wild type Vps29 complexed with Zn+2 from Entamoeba histolytica
要素Vacuolar protein sorting-associated protein 29
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Entamoeba histolytica / Vacuolar protein sorting 29 / Metallophosphatase fold / Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain
機能・相同性
機能・相同性情報


retromer complex / retrograde transport, endosome to Golgi / intracellular protein transport / endosome / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / Phosphodiesterase MJ0936/Vps29 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, lpxH-type / Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein 29
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Srivastava, V.K. / Yadav, R. / Tomar, P. / Gourinath, S. / Datta, S.
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: Structural and thermodynamic characterization of metal binding in Vps29 from Entamoeba histolytica: implication in retromer function.
著者: Srivastava, V.K. / Yadav, R. / Watanabe, N. / Tomar, P. / Mukherjee, M. / Gourinath, S. / Nakada-Tsukui, K. / Nozaki, T. / Datta, S.
履歴
登録2017年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0166
ポリマ－43,7542
非ポリマー2624
水45025
1
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0083
ポリマ－21,8771
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0083
ポリマ－21,8771
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.310, 47.310, 148.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 29


分子量: 21876.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HM-1:IMSS
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: vsp, EhVPS29, CL6EHI_025270, EHI_025270 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BI08
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 % w/v PEG 20000, 20 % v/v PEGMME 550, 0.02 M of alcohol MIX, 0.1 M MES/Imidazole pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.45
反射解像度: 2.85→40.9 Å / Num. obs: 8561 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 11.2 % / Net I/σ(I): 21

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMdata processing
SCALAデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XCE

5xce


解像度: 2.85→40.9 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.06 / 位相誤差: 33.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3068 411 4.8 %
Rwork0.2867 --
obs0.2879 8561 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→40.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2784 0 4 25 2813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8423857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7011684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005497
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-30.36411280.30972648X-RAY DIFFRACTION94
3.2744-4.10450.30751490.27932634X-RAY DIFFRACTION94
4.1045-13.16230.29161340.28132653X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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