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- PDB-5xc5: Crystal structure of Acanthamoeba polyphaga mimivirus Rab GTPase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xc5
タイトルCrystal structure of Acanthamoeba polyphaga mimivirus Rab GTPase in complex with GTP
要素Probable Rab-related GTPase
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Rab GTPase / Acanthamoeba polyphaga mimivirus / vesicle trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport / GTPase activity / GTP binding / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Probable Rab-related GTPase
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.398 Å
データ登録者Ku, B. / You, J.A. / Kim, S.J.
引用ジャーナル: Arch. Virol. / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of two forms of the Acanthamoeba polyphaga mimivirus Rab GTPase
著者: Ku, B. / You, J.A. / Oh, K.J. / Yun, H.Y. / Lee, H.S. / Shin, H.C. / Jung, J. / Shin, Y.B. / Kim, S.J.
履歴
登録2017年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable Rab-related GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9206
ポリマ－20,1951
非ポリマー7255
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.924, 53.724, 96.482
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable Rab-related GTPase


分子量: 20194.979 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 9-184 / 変異: Q65L / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Q65L mutation is introduced to impair the GTPase activity of this protein.
由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
遺伝子: MIMI_R214 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5UQ27
#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M lithium nitrate, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.398→50 Å / Num. obs: 33149 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.2 % / Net I/σ(I): 14.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XC3

5xc3


解像度: 1.398→31.16 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 16.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1902 2000 6.03 %
Rwork0.1738 --
obs0.1748 33149 95.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.398→31.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1337 0 45 195 1577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061421
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9761923
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.638516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086213
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004238
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3985-1.43340.20381100.19991715X-RAY DIFFRACTION74
1.4334-1.47220.23051220.20391901X-RAY DIFFRACTION84
1.4722-1.51550.20391380.19852142X-RAY DIFFRACTION93
1.5155-1.56440.19561420.18392210X-RAY DIFFRACTION96
1.5644-1.62030.2251430.17822226X-RAY DIFFRACTION97
1.6203-1.68520.19861430.17952242X-RAY DIFFRACTION98
1.6852-1.76190.20741480.18542296X-RAY DIFFRACTION99
1.7619-1.85480.20511460.1842279X-RAY DIFFRACTION98
1.8548-1.9710.1911480.17932302X-RAY DIFFRACTION99
1.971-2.12310.20191480.17012298X-RAY DIFFRACTION100
2.1231-2.33670.17211500.17142341X-RAY DIFFRACTION100
2.3367-2.67470.19731490.17582328X-RAY DIFFRACTION99
2.6747-3.36920.20221530.16692380X-RAY DIFFRACTION100
3.3692-31.16740.16191600.1632489X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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