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- PDB-5xbp: Oxygenase component of 3-nitrotoluene dioxygenase from Diaphoroba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xbp
タイトルOxygenase component of 3-nitrotoluene dioxygenase from Diaphorobacter sp. strain DS2
要素
  • 3NT oxygenase alpha subunit
  • 3NT oxygenase beta subunit
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Rieske non-heme oxygenase / iron-sulfur clusters / oxidoreductase / nitroaromatic compounds degrader
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 ...Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 3NT oxygenase beta subunit / 3NT oxygenase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Diaphorobacter sp. DS2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ramaswamy, S. / Kumari, A. / Singh, D. / Gurunath, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of biotechnologyDBT/PR5801/INF/22/156/2012 インド
引用
ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Structural and functional studies of ferredoxin and oxygenase components of 3-nitrotoluene dioxygenase from Diaphorobacter sp. strain DS2.
著者: Kumari, A. / Singh, D. / Ramaswamy, S. / Ramanathan, G.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional studies of ferredoxin and oxygenase components of 3-nitrotoluene dioxygenase from Diaphorobacter sp. strain DS2
著者: Kumari, A. / Ramaswamy, S.
履歴
登録2017年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年4月19日ID: 5BRC
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3NT oxygenase alpha subunit
C: 3NT oxygenase beta subunit
D: 3NT oxygenase alpha subunit
F: 3NT oxygenase beta subunit
G: 3NT oxygenase alpha subunit
I: 3NT oxygenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,31312
ポリマ－217,6186
非ポリマー6956
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31430 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area60350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.804, 178.804, 242.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 3NT oxygenase alpha subunit


分子量: 49588.383 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Diaphorobacter sp. DS2 (バクテリア)
遺伝子: mntAc / プラスミド: pET21a / 詳細 (発現宿主): pDS21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M9PW10
#2: タンパク質 3NT oxygenase beta subunit


分子量: 22951.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Diaphorobacter sp. DS2 (バクテリア)
遺伝子: mntAd / 詳細 (発現宿主): pDS21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M9PV03
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.06 % / 解説: Red orange hexagonal plated sheet
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium citrate tribasic, 18-20% PEG 3350 / PH範囲: 7.9-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月20日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.711 Å / Num. obs: 95735 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.346 / Num. unique obs: 4714 / Rpim(I) all: 1.043 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NDO

1ndo


解像度: 2.9→47.711 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2839 1919 2.01 %
Rwork0.2406 --
obs0.2415 95623 96.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.711 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15267 0 15 57 15339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01115675
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30621243
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0939222
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0692226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082775
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.97250.41341490.37766635X-RAY DIFFRACTION96
2.9725-3.05290.37671310.35886650X-RAY DIFFRACTION97
3.0529-3.14270.40051390.34226710X-RAY DIFFRACTION97
3.1427-3.24410.39121420.31856661X-RAY DIFFRACTION97
3.2441-3.360.36891260.30066716X-RAY DIFFRACTION97
3.36-3.49450.34571360.29146710X-RAY DIFFRACTION97
3.4945-3.65350.33161440.25546686X-RAY DIFFRACTION97
3.6535-3.8460.31141430.24036690X-RAY DIFFRACTION96
3.846-4.08690.23041300.21896688X-RAY DIFFRACTION96
4.0869-4.40220.23671230.20066670X-RAY DIFFRACTION96
4.4022-4.84490.24291400.18696725X-RAY DIFFRACTION96
4.8449-5.5450.22711390.18826685X-RAY DIFFRACTION95
5.545-6.98260.23531500.19656669X-RAY DIFFRACTION95
6.9826-47.71770.1741270.18256809X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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