PDB-5xb6: Crystal structure of YcjY from E. Coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xb6

タイトル

Crystal structure of YcjY from E. Coli

要素

Uncharacterized protein YcjY

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / cell division
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Chen, C.F. / Gao, Z.Q. / Liu, Q.S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of YcjY from E. Coli
著者: Chen, C.F. / Gao, Z.Q. / Liu, Q.S.

履歴

登録	2017年3月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xb6.cif.gz	781.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xb6.ent.gz	643.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xb6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xb6_validation.pdf.gz	502.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xb6_full_validation.pdf.gz	530.9 KB	表示
XML形式データ	5xb6_validation.xml.gz	167.2 KB	表示
CIF形式データ	5xb6_validation.cif.gz	248.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/5xb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/5xb6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6o63-1 3i5y-d 6o64-2 6o64-1 2d0j-2 4yv0-1 6o64-4 3ma7-2 3w72-d 3t1f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein YcjY

B: Uncharacterized protein YcjY

C: Uncharacterized protein YcjY

D: Uncharacterized protein YcjY

E: Uncharacterized protein YcjY

F: Uncharacterized protein YcjY

G: Uncharacterized protein YcjY

H: Uncharacterized protein YcjY

I: Uncharacterized protein YcjY

J: Uncharacterized protein YcjY

K: Uncharacterized protein YcjY

L: Uncharacterized protein YcjY

404 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein YcjY

B: Uncharacterized protein YcjY

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
67.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Uncharacterized protein YcjY

D: Uncharacterized protein YcjY

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Uncharacterized protein YcjY

F: Uncharacterized protein YcjY

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67.4 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Uncharacterized protein YcjY

H: Uncharacterized protein YcjY

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.4 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Uncharacterized protein YcjY

J: Uncharacterized protein YcjY

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.4 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Uncharacterized protein YcjY

L: Uncharacterized protein YcjY

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.584, 216.405, 258.839
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein YcjY 分子量: 33688.402 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ycjY, b1327, JW5804 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76049
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.4 M Ammonium sulfate 0.1 M BIS-TRIS pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 284153 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Χ²: 1.175 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.96→1.99 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique obs: 13252 / Χ²: 1.175 / % possible all: 86.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→38.364 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.79

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	13581	5.05 %
R_work	0.182	-	-
obs	0.1838	268967	91.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.364 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28444	0	0	4102	32546

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	29234
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.129	39779
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.305	10633
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	4309
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	5235

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.266	415	0.2272	7951	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0227-2.0465	0.3048	464	0.2294	7936	X-RAY DIFFRACTION	86
2.0465-2.0715	0.2754	441	0.2159	7917	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0715-2.0977	0.258	445	0.2128	7938	X-RAY DIFFRACTION	86
2.0977-2.1253	0.2657	431	0.2187	8012	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1253-2.1544	0.2728	456	0.2157	7909	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1544-2.1852	0.2704	407	0.2113	8061	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1852-2.2178	0.2932	419	0.233	7976	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2178-2.2524	0.3377	379	0.2725	7802	X-RAY DIFFRACTION	85
2.2524-2.2894	0.2898	410	0.2345	7845	X-RAY DIFFRACTION	85
2.2894-2.3288	0.2617	423	0.202	8059	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3288-2.3712	0.2455	438	0.2007	8101	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3712-2.4168	0.2527	425	0.1983	8141	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4168-2.4661	0.2504	399	0.1929	8164	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4661-2.5197	0.2391	432	0.192	8236	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5197-2.5783	0.2415	430	0.1967	8325	X-RAY DIFFRACTION	90
2.5783-2.6428	0.2262	472	0.1946	8405	X-RAY DIFFRACTION	91
2.6428-2.7142	0.2405	464	0.1968	8453	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7142-2.7941	0.2381	458	0.1982	8669	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7941-2.8842	0.2419	455	0.1913	8834	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8842-2.9873	0.2359	474	0.1937	8907	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9873-3.1068	0.2247	490	0.1825	9006	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1068-3.2482	0.2283	528	0.1825	9088	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2482-3.4193	0.1971	515	0.1708	9143	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4193-3.6334	0.2079	439	0.1684	9096	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6334-3.9137	0.1776	484	0.1509	9325	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9137-4.307	0.1551	477	0.1351	9406	X-RAY DIFFRACTION	100
4.307-4.9292	0.1542	512	0.1347	9389	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9292-6.206	0.1963	484	0.1755	9533	X-RAY DIFFRACTION	100
6.206-38.3706	0.1947	515	0.18	9759	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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