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- PDB-5x89: The X-ray crystal structure of subunit fusion RNA splicing endonu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x89
タイトルThe X-ray crystal structure of subunit fusion RNA splicing endonuclease from Methanopyrus kandleri
要素EndA-like protein,tRNA-splicing endonuclease
キーワードHYDROLASE / RNA splicing / intron / Archaea
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity
類似検索 - 分子機能
tRNA-splicing endonuclease, archaeal short subfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 ...tRNA-splicing endonuclease, archaeal short subfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / EndA-like protein / tRNA-splicing endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri AV19 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Kaneta, A. / Fujishima, K. / Morikazu, W. / Hori, H. / Hirata, A.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Grants-in-Aid for Scientific Research (C)15K06975 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: The RNA-splicing endonuclease from the euryarchaeaon Methanopyrus kandleri is a heterotetramer with constrained substrate specificity
著者: Kaneta, A. / Fujishima, K. / Morikazu, W. / Hori, H. / Hirata, A.
履歴
登録2017年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EndA-like protein,tRNA-splicing endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9143
ポリマ－41,7241
非ポリマー1902
水5,260292
1
A: EndA-like protein,tRNA-splicing endonuclease
ヘテロ分子

A: EndA-like protein,tRNA-splicing endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8286
ポリマ－83,4482
非ポリマー3804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
Buried area6010 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area31060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.674, 93.059, 126.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 EndA-like protein,tRNA-splicing endonuclease / tRNA-intron endonuclease


分子量: 41724.051 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-166,UNP residues 2-179 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri AV19 (古細菌)
遺伝子: MK0397, endA, MK0341 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TGZ5, UniProt: Q8TGZ7, tRNA-intron lyase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 1.4M Sodium/Potassium Phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 69405 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 52
反射 シェル解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1682精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.53→38.837 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1961 3468 5.02 %
Rwork0.158 --
obs0.16 69045 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→38.837 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2793 0 10 292 3095
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0513876
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0491099
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005509
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5298-1.55070.20261330.13622569X-RAY DIFFRACTION99
1.5507-1.57290.19111440.12322576X-RAY DIFFRACTION100
1.5729-1.59630.17011330.12172650X-RAY DIFFRACTION100
1.5963-1.62130.15251360.11262577X-RAY DIFFRACTION100
1.6213-1.64790.1871240.12122626X-RAY DIFFRACTION100
1.6479-1.67630.17231440.11462563X-RAY DIFFRACTION100
1.6763-1.70680.17241300.11432621X-RAY DIFFRACTION100
1.7068-1.73960.15461310.11672598X-RAY DIFFRACTION100
1.7396-1.77510.18661400.12052608X-RAY DIFFRACTION100
1.7751-1.81370.15621350.1312602X-RAY DIFFRACTION100
1.8137-1.85590.20451410.13372622X-RAY DIFFRACTION100
1.8559-1.90230.18731420.14992620X-RAY DIFFRACTION100
1.9023-1.95370.18051360.14732581X-RAY DIFFRACTION100
1.9537-2.01120.21621320.15122614X-RAY DIFFRACTION100
2.0112-2.07610.19871440.15232600X-RAY DIFFRACTION100
2.0761-2.15030.17251290.15342619X-RAY DIFFRACTION100
2.1503-2.23640.21651570.16142617X-RAY DIFFRACTION100
2.2364-2.33820.21541470.1662621X-RAY DIFFRACTION100
2.3382-2.46150.21471470.17352612X-RAY DIFFRACTION100
2.4615-2.61560.20431350.17882640X-RAY DIFFRACTION100
2.6156-2.81750.23331290.18242669X-RAY DIFFRACTION100
2.8175-3.1010.21731550.19132627X-RAY DIFFRACTION100
3.101-3.54940.18151360.17572668X-RAY DIFFRACTION100
3.5494-4.47090.17541340.14862692X-RAY DIFFRACTION100
4.4709-38.84950.21371540.17412785X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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