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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5x7q | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Paenibacillus sp. 598K alpha-1,6-glucosyltransferase complexed with maltohexaose | |||||||||
要素 | Glycoside hydrolase family 31 alpha-glucosidase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / TRANSFERASE / glydoside hydrolase family 31 / carbohydrate-binding module family 35 / carbohydrate-binding module family 61 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Paenibacillus sp. 598K (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Suzuki, N. / Momma, M. / Ichinose, H. / Kimura, A. / Funane, K. | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017 タイトル: Carbohydrate-binding architecture of the multi-modular alpha-1,6-glucosyltransferase from Paenibacillus sp. 598K, which produces alpha-1,6-glucosyl-alpha-glucosaccharides from starch 著者: Fujimoto, Z. / Suzuki, N. / Kishine, N. / Ichinose, H. / Momma, M. / Kimura, A. / Funane, K. #1: ジャーナル: Appl. Microbiol. Biotechnol. / 年: 2017 タイトル: Paenibacillus sp. 598K 6-alpha-glucosyltransferase is essential for cycloisomaltooligosaccharide synthesis from alpha-(1 -> 4)-glucan 著者: Ichinose, H. / Suzuki, R. / Miyazaki, T. / Kimura, K. / Momma, M. / Suzuki, N. / Fujimoto, Z. / Kimura, A. / Funane, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5x7q.cif.gz | 543.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5x7q.ent.gz | 432 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5x7q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/5x7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/5x7q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 137684.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paenibacillus sp. 598K (バクテリア) 株: 598K / 遺伝子: 6gt31a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A193PKW5, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, alpha-glucosidase |
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-糖 , 8種, 14分子
#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltopentaose | ||||||||||||
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#3: 多糖 | #4: 多糖 | #5: 多糖 | #6: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose | #7: 多糖 | #9: 糖 | #10: 糖 | |
-非ポリマー , 7種, 1555分子
#8: 化合物 | ChemComp-CA / #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-MG / #13: 化合物 | ChemComp-SO4 / #14: 化合物 | ChemComp-MES / #15: 化合物 | ChemComp-EDO / #16: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 % / 解説: Thin parallelogram plate |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 1.5 M magnesium sulfate, 0.1 M MES buffer |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→200 Å / Num. obs: 242027 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 25.563 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.128 / Net I/σ(I): 26.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.747 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 24051 / Χ2: 1.344 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5X7O 解像度: 1.95→152.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.315 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.375 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.135 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.95→152.51 Å
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拘束条件 |
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