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- PDB-5x5o: Crystal structure of ZAK in complex with compound D2829 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x5o
タイトルCrystal structure of ZAK in complex with compound D2829
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase MLT
キーワードTRANSFERASE / ZAK / kinase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mitotic DNA damage checkpoint / negative regulation of stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / stalled ribosome sensor activity / GCN2-mediated signaling / cell death / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of programmed cell death ...positive regulation of mitotic DNA damage checkpoint / negative regulation of stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / stalled ribosome sensor activity / GCN2-mediated signaling / cell death / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of programmed cell death / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / limb development / embryonic digit morphogenesis / cellular response to UV-B / protein kinase activator activity / pyroptotic inflammatory response / p38MAPK cascade / MAP kinase kinase kinase activity / stress-activated MAPK cascade / JNK cascade / cytoskeleton organization / DNA damage checkpoint signaling / chromosome segregation / cellular response to gamma radiation / MAPK cascade / ribosome binding / small ribosomal subunit rRNA binding / protein autophosphorylation / cell differentiation / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7Z0 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 20
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.868 Å
データ登録者Dai, Y.B. / Zhao, P. / Yun, C.H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation of China31270769 中国
National Basic Research Program of China2012CB917202 中国
Ministry of Science and Technology of ChinaNCET-12-0013 中国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure Based Design of N-(3-((1H-Pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)ethynyl)benzenesulfonamides as Selective Leucine-Zipper and Sterile-alpha Motif Kinase (ZAK) Inhibitors.
著者: Chang, Y. / Lu, X. / Shibu, M.A. / Dai, Y.B. / Luo, J. / Zhang, Y. / Li, Y. / Zhao, P. / Zhang, Z. / Xu, Y. / Tu, Z.C. / Zhang, Q.W. / Yun, C.H. / Huang, C.Y. / Ding, K.
履歴
登録2017年2月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase MLT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8572
ポリマ－35,3381
非ポリマー5191
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)131.057, 48.501, 42.625
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-590-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase MLT / Human cervical cancer suppressor gene 4 protein / HCCS-4 / Leucine zipper- and sterile alpha motif- ...Human cervical cancer suppressor gene 4 protein / HCCS-4 / Leucine zipper- and sterile alpha motif-containing kinase / MLK-like mitogen-activated protein triple kinase / Mixed lineage kinase-related kinase / MRK / Sterile alpha motif- and leucine zipper-containing kinase AZK


分子量: 35337.504 Da / 分子数: 1 / 断片: ZAK kinase domain (UNP RESIDUES 5-309) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZAK, MLTK, HCCS4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NYL2, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-7Z0 / N-[2,4-bis(fluoranyl)-3-[2-(3-methoxy-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)ethynyl]phenyl]-3-bromanyl-benzenesulfonamide


分子量: 519.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H13BrF2N4O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Trimethylamine N-oxide dehydrate, 0.1 M Tris, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000, pH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: CMOS / 日付: 2017年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→50 Å / Num. obs: 20966 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 10.3 % / Net I/σ(I): 18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.868→45.277 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2264 1081 5.16 %
Rwork0.1898 --
obs0.1918 20934 96.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.868→45.277 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2321 0 32 140 2493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082417
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9423276
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8211440
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006411
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8676-1.95260.32031110.23242175X-RAY DIFFRACTION85
1.9526-2.05550.30191220.22722414X-RAY DIFFRACTION95
2.0555-2.18430.26911380.2052522X-RAY DIFFRACTION99
2.1843-2.35290.26681300.18842525X-RAY DIFFRACTION100
2.3529-2.58970.2251570.18622524X-RAY DIFFRACTION99
2.5897-2.96440.20881400.18332534X-RAY DIFFRACTION100
2.9644-3.73460.20131320.17822568X-RAY DIFFRACTION99
3.7346-45.29060.20671510.18672591X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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