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- PDB-5x5m: Crystal structure of a hydrolase encoded by lin2189 from Listeria... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x5m
タイトルCrystal structure of a hydrolase encoded by lin2189 from Listeria innocua
要素Lin2189 protein
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC / hydrolase / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GyrI-like cyclopropanoid cyclopropyl hydrolase Lin2189-like / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(+)-Yatakemycin / Lin2189 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria innocua serovar 6a
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.211 Å
データ登録者Zhang, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: GyrI-like proteins catalyze cyclopropanoid hydrolysis to confer cellular protection
著者: Yuan, H. / Zhang, J. / Cai, Y. / Wu, S. / Yang, K. / Chan, H.C.S. / Huang, W. / Jin, W.B. / Li, Y. / Yin, Y. / Igarashi, Y. / Yuan, S. / Zhou, J. / Tang, G.L.
履歴
登録2017年2月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lin2189 protein
B: Lin2189 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2426
ポリマ－50,7262
非ポリマー1,5164
水7,710428
1
A: Lin2189 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1213
ポリマ－25,3631
非ポリマー7582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area11020 Å2
手法PISA
2
B: Lin2189 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1213
ポリマ－25,3631
非ポリマー7582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area10900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.630, 49.295, 80.361
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

HOH

21B-401-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Lin2189 protein


分子量: 25363.141 Da / 分子数: 2 / 変異: E157A/E185L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア)
株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262 / 遺伝子: lin2189 / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q929T5
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-7YU / (+)-Yatakemycin / (+)-ヤタケマイシン


分子量: 679.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C35H29N5O8S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 4000, Glycerol, MES/imidazole

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→50 Å / Num. obs: 112031 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 30.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000data processing
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B49

3b49


解像度: 1.211→44.039 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1954 5605 5 %
Rwork0.1799 --
obs0.1807 112028 96.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.211→44.039 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3378 0 106 428 3912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1464867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.6251397
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005615
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2112-1.2250.2391500.2223237X-RAY DIFFRACTION88
1.225-1.23940.20751650.21543460X-RAY DIFFRACTION94
1.2394-1.25450.23731840.21443462X-RAY DIFFRACTION94
1.2545-1.27040.22882020.21253458X-RAY DIFFRACTION94
1.2704-1.28710.24431840.20723466X-RAY DIFFRACTION96
1.2871-1.30480.22371760.2113510X-RAY DIFFRACTION95
1.3048-1.32340.22471910.20493518X-RAY DIFFRACTION96
1.3234-1.34320.20941850.19983443X-RAY DIFFRACTION94
1.3432-1.36410.21361960.19063420X-RAY DIFFRACTION94
1.3641-1.38650.19592060.19863500X-RAY DIFFRACTION96
1.3865-1.41040.22181850.1923578X-RAY DIFFRACTION96
1.4104-1.43610.21781820.19093562X-RAY DIFFRACTION97
1.4361-1.46370.20971890.18463555X-RAY DIFFRACTION97
1.4637-1.49360.20441930.183542X-RAY DIFFRACTION96
1.4936-1.5260.19541960.18043502X-RAY DIFFRACTION97
1.526-1.56150.22271940.17883512X-RAY DIFFRACTION95
1.5615-1.60060.21721920.17033424X-RAY DIFFRACTION93
1.6006-1.64390.1981830.17853576X-RAY DIFFRACTION97
1.6439-1.69230.18971810.1783627X-RAY DIFFRACTION98
1.6923-1.74690.20051730.183648X-RAY DIFFRACTION98
1.7469-1.80930.2031890.17893567X-RAY DIFFRACTION98
1.8093-1.88180.17911850.17653620X-RAY DIFFRACTION98
1.8818-1.96740.17621910.18013496X-RAY DIFFRACTION94
1.9674-2.07110.1721810.17183613X-RAY DIFFRACTION98
2.0711-2.20090.19122030.17613639X-RAY DIFFRACTION99
2.2009-2.37080.20591960.18773691X-RAY DIFFRACTION99
2.3708-2.60940.22051840.19373691X-RAY DIFFRACTION99
2.6094-2.98690.20111820.19043619X-RAY DIFFRACTION97
2.9869-3.76280.16682090.16693729X-RAY DIFFRACTION100
3.7628-44.06820.19591780.16523758X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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