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- PDB-5x5h: Crystal structure of metB from Corynebacterium glutamicum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x5h
タイトルCrystal structure of metB from Corynebacterium glutamicum
要素Cystathionine beta-lyases/cystathionine gamma-synthases
キーワードTRANSFERASE / PLP-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


cystathionine gamma-synthase / cystathionine gamma-synthase activity (acts on O-phosphohomoserine) / cystathionine gamma-synthase activity / methionine biosynthetic process / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cystathionine beta-lyases/cystathionine gamma-synthases
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Sagong, H.-Y. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: J. Agric. Food Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into Substrate Specificity of Cystathionine gamma-Synthase from Corynebacterium glutamicum
著者: Sagong, H.-Y. / Kim, K.-J.
履歴
登録2017年2月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年9月16日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: struct / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct.title / _struct_conn.conn_type_id ..._struct.title / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystathionine beta-lyases/cystathionine gamma-synthases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1007
ポリマ－42,5281
非ポリマー5726
水4,576254
1
A: Cystathionine beta-lyases/cystathionine gamma-synthases
ヘテロ分子

A: Cystathionine beta-lyases/cystathionine gamma-synthases
ヘテロ分子

A: Cystathionine beta-lyases/cystathionine gamma-synthases
ヘテロ分子

A: Cystathionine beta-lyases/cystathionine gamma-synthases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,39928
ポリマ－170,1114
非ポリマー2,28824
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation14_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area26700 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area43800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.574, 149.851, 161.858
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質 Cystathionine beta-lyases/cystathionine gamma-synthases


分子量: 42527.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: Cgl2446 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q79VD9, cystathionine gamma-synthase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月17日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→80.93 Å / Num. obs: 55876 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 42.7
反射 シェル最高解像度: 1.51 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 16 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000data processing
MOLREP位相決定
HKL-2000データスケーリング
HKLデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QHX

3qhx


解像度: 1.51→80.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 0.978 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.066
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1723 2742 5 %RANDOM
Rwork0.1477 ---
obs0.149 52555 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.44 Å2 / Biso mean: 17.951 Å2 / Biso min: 8.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å2-0 Å20 Å2
2--0.09 Å2-0 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.51→80.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2922 0 35 254 3211
Biso mean--23 28.45 -
残基数----385
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0193010
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4651.974087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.19136457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2415384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3424.882127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.90715484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2671513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0213355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02574
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.549 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 171 -
Rwork0.158 3659 -
all-3830 -
obs--93.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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