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万見
- PDB-5x52: Human serum albumin complexed with octanoate and N-acetyl-L-methionine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x52
タイトルHuman serum albumin complexed with octanoate and N-acetyl-L-methionine
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-ACETYLMETHIONINE / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / PHOSPHATE ION / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.005 Å
データ登録者Kawai, A. / Otagiri, M.
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Crystallographic analysis of the ternary complex of octanoate and N-acetyl-l-methionine with human serum albumin reveals the mode of their stabilizing interactions
著者: Kawai, A. / Chuang, V.T.G. / Kouno, Y. / Yamasaki, K. / Miyamoto, S. / Anraku, M. / Otagiri, M.
履歴
登録2017年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,1489
ポリマ－133,1422
非ポリマー1,0057
水00
1
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1465
ポリマ－66,5711
非ポリマー5754
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area26670 Å2
手法PISA
2
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0024
ポリマ－66,5711
非ポリマー4303
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area26460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.538, 179.373, 59.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物 ChemComp-AME / N-ACETYLMETHIONINE / N-アセチル-L-メチオニン


タイプ: L-peptide NH3 amino terminus / 分子量: 191.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13NO3S
#3: 化合物 ChemComp-OCA / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸


分子量: 144.211 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 32% PEG3350, 50 mM pottasium phosphate buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 23390 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 32.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vuf

2vuf


解像度: 3.005→47.761 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.38
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 1134 4.86 %Random
Rwork0.2362 ---
obs0.2381 23347 99.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.005→47.761 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8562 0 64 0 8626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4112013
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9735438
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031565
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.005-3.14170.38131600.34722682X-RAY DIFFRACTION97
3.1417-3.30730.33531410.30842784X-RAY DIFFRACTION100
3.3073-3.51450.33521550.28562756X-RAY DIFFRACTION100
3.5145-3.78570.35141420.2682770X-RAY DIFFRACTION100
3.7857-4.16650.25131320.23572807X-RAY DIFFRACTION100
4.1665-4.76890.25411290.22142795X-RAY DIFFRACTION100
4.7689-6.00650.22611580.24912778X-RAY DIFFRACTION100
6.0065-47.76690.25531170.18572841X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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