PDB-5x45: Crystal structure of 2A protease from Human rhinovirus C15

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x45

タイトル

Crystal structure of 2A protease from Human rhinovirus C15

要素

protease 2A

キーワード

VIRAL PROTEIN / protease / human rhinovirus

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhinovirus C (ライノウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.602 Å

データ登録者

Ling, H. / Yang, P. / Shaw, N. / Sun, Y. / Wang, X.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2018
タイトル: Structural view of the 2A protease from human rhinovirus C15.
著者: Ling, H. / Yang, P. / Hou, H. / Sun, Y.

履歴

登録	2017年2月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x45.cif.gz	224.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x45.ent.gz	182 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/5x45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/5x45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4zuj-d 5c6a-d 2l4q-d 4wrd-d 5ioc-d 1e0z-d 6xsg-d 4l8l-d 4zui-d 4kjo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (22) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: protease 2A

B: protease 2A

C: protease 2A

D: protease 2A

ヘテロ分子

61.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: protease 2A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: protease 2A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: protease 2A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: protease 2A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.992, 85.370, 208.908
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	chain A	A	A	1 - 136	3 - 138
2	chain B	B	B	1 - 137	3 - 139
3	chain C	C	C	1 - 137	3 - 139
4	chain D	D	D	1 - 136	3 - 138

#1: タンパク質	protease 2A 分子量: 15237.057 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 847-983 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhinovirus C (ライノウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5D8F2
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.71 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M potassium chloride, 0.1 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.05 M sodium cacodylate and 10% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 22666 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.153 / Χ²: 1.031 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 200681

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.69	8.1	0.636	2248	1.049	1	99.8
2.69-2.8	8.2	0.52	2221	1.056	1	99.9
2.8-2.93	8.3	0.355	2233	1.055	1	99.8
2.93-3.08	8.4	0.256	2224	1.063	1	99.9
3.08-3.28	8.6	0.201	2257	1.049	1	100
3.28-3.53	8.8	0.16	2224	0.984	1	100
3.53-3.88	9.1	0.145	2285	1.044	1	100
3.88-4.45	9.7	0.13	2257	1.04	1	100
4.45-5.6	9.7	0.108	2298	0.973	1	99.9
5.6-50	9.6	0.109	2419	1.014	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALEPACK		データ削減
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.602→42.685 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2152	1155	5.11 %
R_work	0.1649	21460	-
obs	0.1674	22615	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.51 Å² / B_iso mean: 42.9412 Å² / B_iso min: 15.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.602→42.685 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4197	0	4	118	4319
B_iso mean	-	-	83.57	37.27	-
残基数	-	-	-	-	546

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4317
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.112	5884
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	638
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	773
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.502	1540

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2533	X-RAY DIFFRACTION	8.722	TORSIONAL
1	2	B	2533	X-RAY DIFFRACTION	8.722	TORSIONAL
1	3	C	2533	X-RAY DIFFRACTION	8.722	TORSIONAL
1	4	D	2533	X-RAY DIFFRACTION	8.722	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6023-2.7207	0.3213	143	0.2291	2618	2761	99
2.7207-2.8641	0.3069	150	0.2275	2650	2800	100
2.8641-3.0435	0.2606	171	0.1973	2615	2786	100
3.0435-3.2784	0.2335	136	0.1882	2682	2818	100
3.2784-3.6082	0.218	115	0.1688	2679	2794	100
3.6082-4.1299	0.1762	158	0.1408	2672	2830	100
4.1299-5.2018	0.1836	143	0.1248	2711	2854	100
5.2018-42.6907	0.1842	139	0.159	2833	2972	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1711	-1.9904	-0.6919	5.1262	-0.0826	2.2526	0.0868	0.3402	0.0702	-0.4956	-0.083	0.1116	0.0809	0.0726	-0.0071	0.3929	0.1517	-0.0279	0.291	0.0029	0.235	-31.713	15.4308	30.2212
2	3.3527	-0.8803	0.858	4.4305	1.7273	1.2806	-0.0096	0.0168	-0.0561	-0.1214	-0.1533	-0.0767	0.047	-0.1555	0.0893	0.367	0.088	0.0242	0.2684	0.0141	0.2113	-24.9582	6.096	39.4863
3	1.8846	-1.8054	-0.7733	7.063	1.8547	4.956	0.0208	-0.2057	0.1768	-0.0283	0.1396	-0.4888	-0.4323	0.271	-0.125	0.3032	0.0714	0.0112	0.2878	0.0013	0.2789	-25.3239	15.9477	43.4738
4	5.2582	-1.2695	0.2933	3.2741	0.7117	2.4021	-0.1911	-0.4809	-0.0958	0.4805	0.2634	-0.042	0.0308	0.0466	-0.0421	0.3035	0.1515	0.0655	0.2943	0.0461	0.2401	-68.7701	4.1731	21.4624
5	3.649	-0.5608	-0.3206	4.3105	-0.7685	1.5339	-0.2743	-0.0173	0.039	-0.2319	0.0984	-0.0615	-0.1673	-0.1006	0.185	0.256	0.0952	0.0184	0.2999	0.017	0.2131	-73.705	15.2279	13.1085
6	2.6938	-0.5825	0.1644	1.0677	-0.4051	2.9581	0.2245	-0.3317	0.5896	0.3309	-0.1858	-0.4491	0.0044	0.4896	-0.023	0.3576	0.0184	0.0524	0.4457	0.0119	0.3514	-55.7795	14.2165	13.5918
7	5.8251	-1.3441	0.584	4.6611	0.0758	5.5283	-0.2169	0.0013	0.2278	0.2384	-0.0267	-0.0718	0.0336	0.2543	0.1961	0.2288	0.1003	0.0175	0.2644	0.0303	0.1848	-68.3301	15.024	13.4101
8	2.7421	-1.4867	0.3125	4.6937	0.7018	1.3571	0.2527	0.1419	0.0978	-0.6161	-0.1582	-0.3818	-0.0518	0.1469	-0.0603	0.3706	0.1697	0.1197	0.3019	0.0641	0.2748	-44.419	32.1998	31.044
9	2.8107	0.44	-0.9706	4.0792	-0.5071	0.3548	0.0422	-0.0974	-0.0657	0.1584	-0.116	0.1178	-0.2494	0.048	0.0566	0.3171	0.0907	0.0065	0.2747	0.0097	0.1506	-55.1089	37.4083	39.3898
10	3.2986	-0.9941	0.7969	6.0872	1.5056	5.6127	0.1161	0.6821	-0.2454	-0.6755	0.133	0.6284	0.5645	-0.3093	-0.2384	0.4464	-0.0006	-0.0257	0.4122	0.0365	0.332	-56.1998	19.5781	39.2035
11	4.0656	-1.594	-0.3564	4.999	-0.6974	4.8675	0.1164	0.2634	-0.1965	0.0186	-0.1678	0.2487	0.3296	-0.2144	0.1351	0.3172	0.0753	0.0415	0.2914	0.0279	0.164	-55.3955	31.9845	38.9344
12	3.9474	-2.2509	0.6194	2.7625	-0.5588	0.8593	-0.5558	-0.8448	0.1449	0.672	0.3233	0.2909	-0.0294	-0.2143	0.0597	0.4471	0.2907	0.0068	0.4683	-0.0091	0.3746	-52.8005	-9.167	22.3794
13	4.191	-1.4013	0.9841	4.3269	1.5529	1.5196	-0.2088	-0.0272	0.2513	0.094	0.1703	-0.241	-0.2486	0.0145	-0.012	0.2981	0.1245	-0.0065	0.3157	0.0394	0.234	-43.732	-16.4048	13.1077
14	5.9512	-1.8883	2.1319	2.8031	-1.514	4.7957	0.0557	-0.042	-0.2114	-0.018	-0.0368	0.2421	0.0973	-0.4829	-0.0731	0.2907	0.1159	-0.0109	0.332	-0.0028	0.2933	-53.4611	-15.4342	9.0123

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 40 )	A	1 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 41 through 75 )	A	41 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 76 through 136 )	A	76 - 136
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 40 )	B	1 - 40
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 41 through 75 )	B	41 - 75
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 76 through 98 )	B	76 - 98
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 99 through 137 )	B	99 - 137
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 1 through 41 )	C	1 - 41
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 42 through 76 )	C	42 - 76
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 77 through 99 )	C	77 - 99
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 100 through 137 )	C	100 - 137
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 40 )	D	1 - 40
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 41 through 75 )	D	41 - 75
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 76 through 136 )	D	76 - 136

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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