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- PDB-5x3z: Solution structure of musashi1 RBD2 in complex with RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x3z
タイトルSolution structure of musashi1 RBD2 in complex with RNA
要素
  • RNA (5'-R(*GP*UP*AP*GP*U)-3')
  • RNA-binding protein Musashi homolog 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA-binding protein / RRM / RBD / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(U) RNA binding / epithelial cell differentiation / response to hormone / central nervous system development / regulation of translation / single-stranded RNA binding / mRNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Musashi homologue, RNA recognition motif 2 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA-binding protein Musashi homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Iwaoka, R. / Nagata, T. / Tsuda, K. / Imai, T. / Okano, H. / Kobayashi, N. / Katahira, M.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
JSPS15H01256 日本
JSPS16H00833 日本
JSPS16K14678 日本
JSPS15H01634 日本
JSPS26440026 日本
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2017
タイトル: Structural Insight into the Recognition of r(UAG) by Musashi-1 RBD2, and Construction of a Model of Musashi-1 RBD1-2 Bound to the Minimum Target RNA
著者: Iwaoka, R. / Nagata, T. / Tsuda, K. / Imai, T. / Okano, H. / Kobayashi, N. / Katahira, M.
履歴
登録2017年2月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein Musashi homolog 1
B: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*GP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5322
ポリマ－12,5322
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1670 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area6660 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RNA-binding protein Musashi homolog 1 / Musashi-1


分子量: 10945.506 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 109-200 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Msi1, Msi1h / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q61474
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*UP*AP*GP*U)-3')


分子量: 1586.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D 1H-15N NOESY
141isotropic13D 1H-13C NOESY
151isotropic23D 1H-13C NOESY
161isotropic13D HNCO
171isotropic13D CBCA(CO)NH
181isotropic13D HN(CA)CB
191isotropic13D HNCA
1101isotropic13D HBHA(CO)NH
1111isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic13D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Msi1 RBD2, 300 uM RNA (5'-R(*GP*UP*AP*GP*U)-3'), 95% H2O/5% D2O
Label: 15N/13C_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMMsi1 RBD2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
300 uMRNA (5'-R(*GP*UP*AP*GP*U)-3')natural abundance1
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: condition_1 / pH: 6 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9502

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
MAGROKobayashichemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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