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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5x3p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the UBX domain of human UBXD7 | ||||||
要素 | UBX domain-containing protein 7 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / UBXD7 / p97 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / ubiquitin binding / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.999 Å | ||||||
データ登録者 | Jiang, T. / Li, Z. / Wang, Y. / Xu, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017 タイトル: Crystal structures of the UBX domain of human UBXD7 and its complex with p97 ATPase 著者: Li, Z.H. / Wang, Y. / Xu, M. / Jiang, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5x3p.cif.gz | 112 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5x3p.ent.gz | 87.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5x3p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5x3p_validation.pdf.gz | 442.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5x3p_full_validation.pdf.gz | 445.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5x3p_validation.xml.gz | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5x3p_validation.cif.gz | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/5x3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/5x3p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9633.721 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 410-489 / 変異: L472M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBXN7, KIAA0794, UBXD7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94888 #2: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.22 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1M Tris pH 8.8, 35% v/v Polyethylene glycol 400, 0.1M LiCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→38.24 Å / Num. obs: 14643 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 16.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.999→38.24 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.14
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.999→38.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.5605 Å / Origin y: 75.6638 Å / Origin z: 7.0928 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |