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万見
- PDB-5x39: Solution structure of the Family 1 carbohydrate-binding module Q2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x39
タイトルSolution structure of the Family 1 carbohydrate-binding module Q2A mutant with mannosylated Ser3
要素Exoglucanase 1
キーワードHYDROLASE / Carbohydrate binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose binding / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Exoglucanase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Hypocrea jecorina (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Feng, Y. / Tan, Z.
資金援助 米国, 中国, 4件
組織認可番号国
the NSF CAREER AwardGrant number: CHE-1454925 米国
the National Natural Science Foundation of China31270784 中国
the National Natural Science Foundation of China31670735 中国
Chinese Government Scholarship201604910035 中国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structural Insight into the Stabilizing Effect of O-Glycosylation
著者: Chaffey, P.K. / Guan, X. / Chen, C. / Ruan, Y. / Wang, X. / Tran, A.H. / Koelsch, T.N. / Cui, Q. / Feng, Y. / Tan, Z.
履歴
登録2017年2月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.22017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_database_status
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exoglucanase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8692
ポリマ－3,6891
非ポリマー1801
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area250 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area2400 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Exoglucanase 1 / 1 / 4-beta-cellobiohydrolase / Exocellobiohydrolase I / CBHI / Exoglucanase I


分子量: 3689.074 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 478-513 / 変異: Q2A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hypocrea jecorina (菌類)
参照: UniProt: P62694, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D DQF-COSY
131isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic12D 1H-13C HSQC
151isotropic12D 1H-13C HSQC-TOCSY
161isotropic12D 1H-15N HSQC
172isotropic12D 1H-1H TOCSY
182isotropic12D DQF-COSY
192isotropic12D 1H-1H NOESY
1102isotropic12D 1H-13C HSQC
1112isotropic12D 1H-13C HSQC-TOCSY
1122isotropic12D 1H-13C H2BC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution15 mg/mL CBM-Q2A, 50 mM [U-2H] sodium acetate, 0.1 mg/mL DSS, 90% H2O/10% D2Ocbm-h2o90% H2O/10% D2O
solution25 mg/mL CBM-Q2A, 50 mM [U-2H] sodium acetate, 0.1 mg/mL DSS, 100% D2Ocbm-d2o100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
5 mg/mLCBM-Q2Anatural abundance1
50 mMsodium acetate[U-2H]1
0.1 mg/mLDSSnatural abundance1
5 mg/mLCBM-Q2Anatural abundance2
50 mMsodium acetate[U-2H]2
0.1 mg/mLDSSnatural abundance2
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: condition1 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
SANEDuggan, Legge, Dyson & Wrightstructure calculation
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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