PDB-5x2e: Crystal structure of Calmodulin like domain of CsTAL3 (1-81aa)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x2e

タイトル

Crystal structure of Calmodulin like domain of CsTAL3 (1-81aa)

要素

Tegumental protein 20.8 kDa

キーワード

CELL ADHESION / Calcium-binding protein / CsTAL3 / Calmodulin / Clonorchis sinensis

機能・相同性

機能・相同性情報

dynein complex / microtubule-based process / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clonorchis sinensis (かんきゅうちゅう)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.299 Å

データ登録者

Jo, C.H. / Hwang, K.Y.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural insights into a 20.8-kDa tegumental-allergen-like (TAL) protein from Clonorchis sinensis
著者: Jo, C.H. / Son, J. / Kim, S. / Oda, T. / Kim, J. / Lee, M.R. / Sato, M. / Kim, H.T. / Unzai, S. / Park, S.Y. / Hwang, K.Y.

履歴

登録	2017年1月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x2e.cif.gz	50.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x2e.ent.gz	34.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5x2e_validation.pdf.gz	414.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x2e_full_validation.pdf.gz	414.5 KB	表示
XML形式データ	5x2e_validation.xml.gz	6.6 KB	表示
CIF形式データ	5x2e_validation.cif.gz	8.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x2e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5x2dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fxv-2 1d8b-d 1tpk-3 4yef-6 4qu7-3 4dx9-32 5oml-3 1ijv-d 4tlq-2 6q96-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tegumental protein 20.8 kDa

ヘテロ分子

9.08 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.827, 47.827, 42.537
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Tegumental protein 20.8 kDa / CsTAL3 分子量: 9044.101 Da / 分子数: 1 / 断片: Calmodulin domain, UNP residues 2-81 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clonorchis sinensis (かんきゅうちゅう) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2PMV7
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 90 mM sodium acetate, 3.25 M NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 23678 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.033 / R_pim(I) all: 0.01 / R_rim(I) all: 0.035 / Χ²: 0.557 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.3-1.32	6.5	0.392	0.739	0.158	0.424	0.289	99.4
1.32-1.35	7.1	0.366	0.797	0.141	0.394	0.296	99.6
1.35-1.37	7.1	0.319	0.869	0.122	0.343	0.318	99.8
1.37-1.4	8.3	0.293	0.915	0.103	0.311	0.352	99.8
1.4-1.43	8.4	0.264	0.956	0.093	0.28	0.349	99.7
1.43-1.46	8.5	0.22	0.964	0.077	0.233	0.377	99.5
1.46-1.5	9.8	0.182	0.981	0.059	0.192	0.407	100
1.5-1.54	10	0.153	0.988	0.049	0.161	0.434	100
1.54-1.59	10	0.127	0.992	0.041	0.134	0.451	99.8
1.59-1.64	10.3	0.099	0.995	0.031	0.104	0.475	99.9
1.64-1.7	11.2	0.083	0.997	0.025	0.086	0.495	100
1.7-1.76	11.1	0.066	0.998	0.02	0.07	0.522	99.7
1.76-1.84	12	0.056	0.999	0.016	0.059	0.569	99.9
1.84-1.94	12.5	0.048	0.999	0.014	0.05	0.588	100
1.94-2.06	11.9	0.039	0.999	0.012	0.041	0.6	99.8
2.06-2.22	13.1	0.034	0.999	0.01	0.036	0.63	100
2.22-2.45	12.4	0.031	0.999	0.009	0.033	0.687	99.9
2.45-2.8	13.4	0.03	0.999	0.009	0.032	0.723	100
2.8-3.53	12.7	0.029	0.999	0.008	0.03	0.828	99.4
3.53-50	12.4	0.031	0.999	0.009	0.032	1.031	95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.3_1479	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SAD structure

解像度: 1.299→47.827 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 19.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2158	2022	8.55 %
R_work	0.1801	-	-
obs	0.1831	23657	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.299→47.827 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	636	0	1	112	749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	649
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.285	879
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.308	240
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	98
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	115

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2992-1.3316	0.3012	143	0.2515	1534	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3316-1.3677	0.2617	140	0.2254	1536	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3677-1.4079	0.2338	145	0.2012	1528	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4079-1.4533	0.2487	144	0.1755	1549	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4533-1.5053	0.2215	141	0.1575	1533	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5053-1.5656	0.2018	143	0.1535	1558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5656-1.6368	0.2202	145	0.1554	1528	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6368-1.7231	0.1835	148	0.1537	1539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7231-1.8311	0.227	143	0.155	1564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8311-1.9725	0.2297	142	0.1661	1535	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9725-2.171	0.1985	147	0.1624	1578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.171-2.4851	0.1867	145	0.1658	1550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4851-3.1309	0.2492	145	0.2011	1554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1309-47.8594	0.2078	151	0.1883	1549	X-RAY DIFFRACTION	97

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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