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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5wzn
タイトル
Alpha-N-acetylgalactosaminidase NagBb from Bifidobacterium bifidum - GalNAc complex
要素
Alpha-N-acetylgalactosaminidase
キーワード
HYDROLASE / Glycoside Hydrolase
機能・相同性
Protein of unknown function DUF5696 / Family of unknown function (DUF5696) / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase / endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / metal ion binding / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Alpha-N-acetylgalactosaminidase
モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 87389 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル
解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / CC1/2: 0.943 / % possible all: 99.7
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0158
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
PHENIX
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→44.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 6.329 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.24603
4324
5 %
RANDOM
Rwork
0.19424
-
-
-
obs
0.19679
82971
99.92 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK