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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wy4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Chaetomium thermophilum Utp10 N-terminal domain | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / NUCLEAR PROTEIN / nucleolar protein / components of 90S preribosome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.499 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, R. / Zhu, X. / Ye, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Utp10 N-terminal domain 著者: Chen, R. / Zhu, X. / Ye, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wy4.cif.gz | 81.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wy4.ent.gz | 59.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wy4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5wy4_validation.pdf.gz | 425 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5wy4_full_validation.pdf.gz | 430.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5wy4_validation.xml.gz | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5wy4_validation.cif.gz | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/5wy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/5wy4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52228.414 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 1-471 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / 遺伝子: CTHT_0024640 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S5L1 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 % / Mosaicity: 0.49 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M sodium citrate, 1.0 M ammonium dihydrogen phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 35781 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 2.201 / Net I/av σ(I): 25.003 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 168375 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.499→19.908 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 94.53 Å2 / Biso mean: 51.5149 Å2 / Biso min: 26.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.499→19.908 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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