PDB-5wy4: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Utp10 N-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wy4

タイトル

Crystal structure of Chaetomium thermophilum Utp10 N-terminal domain

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

RIBOSOMAL PROTEIN / NUCLEAR PROTEIN / nucleolar protein / components of 90S preribosome

機能・相同性

機能・相同性情報

t-UTP complex / snoRNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.499 Å

データ登録者

Chen, R. / Zhu, X. / Ye, K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Utp10 N-terminal domain
著者: Chen, R. / Zhu, X. / Ye, K.

履歴

登録	2017年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wy4.cif.gz	81.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wy4.ent.gz	59.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wy4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wy4_validation.pdf.gz	425 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wy4_full_validation.pdf.gz	430.3 KB	表示
XML形式データ	5wy4_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	5wy4_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/5wy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/5wy4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wy3
類似構造データ	4mvt-4 1ryf-d 6v9p-d 4lim-d 1itv-d 6laf-d 5e80-d 6dn7-d 1n5k-d 4mvt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

52.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.888, 70.458, 93.728
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / Utp10 分子量: 52228.414 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 1-471 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / 遺伝子: CTHT_0024640 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S5L1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.48 % / Mosaicity: 0.49 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M sodium citrate, 1.0 M ammonium dihydrogen phosphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 35781 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Χ²: 2.201 / Net I/av σ(I): 25.003 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 168375

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	3.3	0.461	1831	1.045	100
2.54-2.59	3.9	0.432	1795	1.113	100
2.59-2.64	4.7	0.396	1838	1.133	100
2.64-2.69	5.3	0.343	1807	1.252	100
2.69-2.75	5.3	0.299	1802	1.277	100
2.75-2.82	5.3	0.256	1810	1.425	100
2.82-2.89	5.3	0.226	1806	1.488	100
2.89-2.96	5.3	0.196	1813	1.626	100
2.96-3.05	5.3	0.171	1820	1.803	100
3.05-3.15	5.2	0.141	1796	2.021	99.9
3.15-3.26	5.2	0.125	1837	2.172	100
3.26-3.39	5.1	0.109	1795	2.54	99.9
3.39-3.55	4.9	0.099	1838	2.885	99.9
3.55-3.73	4.8	0.092	1788	3.146	99.7
3.73-3.97	4.5	0.081	1778	3.277	99
3.97-4.27	4.3	0.074	1778	3.281	97.8
4.27-4.7	4.1	0.067	1771	3.28	96.7
4.7-5.38	4.1	0.068	1768	3.511	97.8
5.38-6.78	4.2	0.065	1765	3.329	96.9
6.781-50	3.6	0.062	1545	3.895	85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX	(1.11rc1_2513: ???)	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.499→19.908 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2638	3570	9.99 %
R_work	0.2221	32165	-
obs	0.2263	35735	98.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.53 Å² / B_iso mean: 51.5149 Å² / B_iso min: 26.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.499→19.908 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2607	0	0	54	2661
B_iso mean	-	-	-	53.43	-
残基数	-	-	-	-	331

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2659
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.979	3607
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	422
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	458
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.372	1619

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4986-2.5314	0.3006	131	0.2517	1190	1321	94
2.5314-2.566	0.2643	136	0.2489	1231	1367	100
2.566-2.6026	0.3162	145	0.2452	1281	1426	100
2.6026-2.6413	0.3377	138	0.2538	1267	1405	100
2.6413-2.6825	0.3373	133	0.2281	1221	1354	100
2.6825-2.7264	0.2852	141	0.2401	1275	1416	100
2.7264-2.7733	0.3323	142	0.2362	1253	1395	100
2.7733-2.8236	0.2493	141	0.2316	1257	1398	100
2.8236-2.8777	0.3089	140	0.235	1230	1370	100
2.8777-2.9363	0.2959	141	0.2392	1279	1420	100
2.9363-2.9999	0.2727	136	0.2254	1244	1380	100
2.9999-3.0695	0.3135	142	0.2338	1250	1392	100
3.0695-3.1459	0.2805	138	0.2316	1259	1397	100
3.1459-3.2306	0.3114	136	0.2241	1255	1391	100
3.2306-3.3253	0.2377	140	0.2366	1254	1394	100
3.3253-3.4321	0.3016	131	0.2014	1249	1380	100
3.4321-3.5541	0.2203	146	0.2186	1274	1420	100
3.5541-3.6955	0.2719	136	0.1995	1241	1377	100
3.6955-3.8626	0.1988	142	0.1962	1256	1398	100
3.8626-4.0646	0.2714	133	0.195	1229	1362	98
4.0646-4.3168	0.2284	136	0.1849	1225	1361	98
4.3168-4.6462	0.2531	131	0.184	1207	1338	96
4.6462-5.1066	0.2462	137	0.2018	1234	1371	98
5.1066-5.8292	0.2369	137	0.2287	1230	1367	98
5.8292-7.2839	0.2618	143	0.255	1191	1334	97
7.2839-19.9082	0.2669	118	0.2766	1083	1201	86

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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