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- PDB-5wsl: Structural studies of keratinase from Meiothermus taiwanensis WR-220 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wsl
タイトルStructural studies of keratinase from Meiothermus taiwanensis WR-220
要素keratinase
キーワードHYDROLASE / keratainase / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Meiothermus taiwanensis WR-220 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ho, M.C. / Wu, S.H. / Chen, M.Y. / Tu, I.F.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The discovery of novel heat-stable keratinases from Meiothermus taiwanensis WR-220 and other extremophiles
著者: Wu, W.L. / Chen, M.Y. / Tu, I.F. / Lin, Y.C. / EswarKumar, N. / Chen, M.Y. / Ho, M.C. / Wu, S.H.
履歴
登録2016年12月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: keratinase
B: keratinase
C: keratinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,50118
ポリマ－92,3963
非ポリマー1,10515
水11,890660
1
A: keratinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2637
ポリマ－30,7991
非ポリマー4646
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
2
B: keratinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2637
ポリマ－30,7991
非ポリマー4646
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10280 Å2
手法PISA
3
C: keratinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9754
ポリマ－30,7991
非ポリマー1763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.210, 67.088, 92.857
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 keratinase


分子量: 30798.643 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Meiothermus taiwanensis WR-220 (バクテリア)
株: WR-220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H4A2Y5*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.03 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M sodium acetate, 50% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 115261 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.012 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKLデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DZT

4dzt


解像度: 1.5→25.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.336 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.068
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1754 5617 5 %RANDOM
Rwork0.145 ---
obs0.1466 106459 97.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.08 Å2 / Biso mean: 12.966 Å2 / Biso min: 5.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å2-0.06 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→25.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6021 0 51 660 6732
Biso mean--22.12 25.99 -
残基数----846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0196233
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0441.9258531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.157312887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4685867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.67623.457243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.78915839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1931545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.21002
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.027470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021503
LS精密化 シェル解像度: 1.502→1.541 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 398 -
Rwork0.198 7575 -
all-7973 -
obs--94.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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