PDB-5wrf: Crystal structure of dodecameric type II dehydroquinate dehydrata...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wrf

タイトル

Crystal structure of dodecameric type II dehydroquinate dehydratase from Acinetobacter baumannii with unexplained connecting electron density between free cysteine residues of molecular pairs

要素

3-dehydroquinate dehydratase

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Iqbal, N. / Singh, P.K. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of dodecameric type II dehydroquinate dehydratase from Acinetobacter baumannii with unexplained connecting electron density between free cysteine residues of molecular pairs
著者: Iqbal, N. / Singh, P.K. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2016年12月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wrf.cif.gz	338.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wrf.ent.gz	277.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wrf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wrf_validation.pdf.gz	535.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wrf_full_validation.pdf.gz	577.4 KB	表示
XML形式データ	5wrf_validation.xml.gz	62.9 KB	表示
CIF形式データ	5wrf_validation.cif.gz	86.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/5wrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/5wrf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rhcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zc1-d 5yhm-d 5b6p-d 5ypq-d 5x47-d 4rhc-d 5yl5-d 1gu0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (6)

登録構造単位

A: 3-dehydroquinate dehydratase

B: 3-dehydroquinate dehydratase

C: 3-dehydroquinate dehydratase

D: 3-dehydroquinate dehydratase

E: 3-dehydroquinate dehydratase

F: 3-dehydroquinate dehydratase

G: 3-dehydroquinate dehydratase

H: 3-dehydroquinate dehydratase

I: 3-dehydroquinate dehydratase

J: 3-dehydroquinate dehydratase

K: 3-dehydroquinate dehydratase

L: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

191 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.801, 135.750, 142.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 146 / Label seq-ID: 1 - 145

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type II DHQase 分子量: 15876.093 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 2-146 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377) (バクテリア) 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 遺伝子: aroQ, A1S_2009 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3M692, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG3350, MgSO4, Tris buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.51→37.75 Å / Num. obs: 63061 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2.51→2.54 Å / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RHC

4rhc

解像度: 2.51→37.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 11.686 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.999 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25588	1159	1.9 %	RANDOM
R_work	0.20915	-	-	-
obs	0.21002	58540	94.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.35 Å²	0 Å²	-0.73 Å²
2-	-	1.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.51→37.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13440	0	4	201	13645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	13695
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.028	0.02	13457
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.094	1.944	18613
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.438	3	30767
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.266	5	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.427	24.314	612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.174	15	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.463	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.02	0.02	15596
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.022	0.02	3192
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.307	5.316	6948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.305	5.315	6947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.744	7.95	8664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.744	7.951	8665
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.171	5.689	6747
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.171	5.689	6747
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.569	8.391	9950
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.094	49.294	56433
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.094	49.293	56434
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	17118	0.13
1	2	B	17118	0.13
2	1	A	16818	0.13
2	2	C	16818	0.13
3	1	A	16212	0.15
3	2	D	16212	0.15
4	1	A	16644	0.14
4	2	E	16644	0.14
5	1	A	16500	0.14
5	2	F	16500	0.14
6	1	A	16686	0.14
6	2	G	16686	0.14
7	1	A	16476	0.15
7	2	H	16476	0.15
8	1	A	16372	0.15
8	2	I	16372	0.15
9	1	A	16122	0.16
9	2	J	16122	0.16
10	1	A	16210	0.15
10	2	K	16210	0.15
11	1	A	15930	0.16
11	2	L	15930	0.16
12	1	B	16946	0.13
12	2	C	16946	0.13
13	1	B	16266	0.15
13	2	D	16266	0.15
14	1	B	16832	0.14
14	2	E	16832	0.14
15	1	B	16638	0.13
15	2	F	16638	0.13
16	1	B	16802	0.14
16	2	G	16802	0.14
17	1	B	16618	0.14
17	2	H	16618	0.14
18	1	B	16540	0.14
18	2	I	16540	0.14
19	1	B	16192	0.15
19	2	J	16192	0.15
20	1	B	16382	0.15
20	2	K	16382	0.15
21	1	B	15984	0.15
21	2	L	15984	0.15
22	1	C	16806	0.13
22	2	D	16806	0.13
23	1	C	17136	0.13
23	2	E	17136	0.13
24	1	C	17124	0.12
24	2	F	17124	0.12
25	1	C	17180	0.12
25	2	G	17180	0.12
26	1	C	17004	0.14
26	2	H	17004	0.14
27	1	C	16744	0.13
27	2	I	16744	0.13
28	1	C	16632	0.14
28	2	J	16632	0.14
29	1	C	16714	0.14
29	2	K	16714	0.14
30	1	C	16568	0.15
30	2	L	16568	0.15
31	1	D	16646	0.14
31	2	E	16646	0.14
32	1	D	16812	0.14
32	2	F	16812	0.14
33	1	D	16730	0.13
33	2	G	16730	0.13
34	1	D	16414	0.15
34	2	H	16414	0.15
35	1	D	16314	0.15
35	2	I	16314	0.15
36	1	D	16212	0.15
36	2	J	16212	0.15
37	1	D	16294	0.15
37	2	K	16294	0.15
38	1	D	16220	0.15
38	2	L	16220	0.15
39	1	E	17094	0.12
39	2	F	17094	0.12
40	1	E	17266	0.12
40	2	G	17266	0.12
41	1	E	17236	0.13
41	2	H	17236	0.13
42	1	E	17076	0.13
42	2	I	17076	0.13
43	1	E	16638	0.15
43	2	J	16638	0.15
44	1	E	16800	0.14
44	2	K	16800	0.14
45	1	E	16612	0.14
45	2	L	16612	0.14
46	1	F	16966	0.13
46	2	G	16966	0.13
47	1	F	16696	0.13
47	2	H	16696	0.13
48	1	F	16464	0.13
48	2	I	16464	0.13
49	1	F	16256	0.15
49	2	J	16256	0.15
50	1	F	16678	0.14
50	2	K	16678	0.14
51	1	F	16582	0.14
51	2	L	16582	0.14
52	1	G	16876	0.14
52	2	H	16876	0.14
53	1	G	16872	0.14
53	2	I	16872	0.14
54	1	G	16474	0.15
54	2	J	16474	0.15
55	1	G	16546	0.14
55	2	K	16546	0.14
56	1	G	16468	0.14
56	2	L	16468	0.14
57	1	H	16826	0.13
57	2	I	16826	0.13
58	1	H	16532	0.15
58	2	J	16532	0.15
59	1	H	16614	0.15
59	2	K	16614	0.15
60	1	H	16446	0.15
60	2	L	16446	0.15
61	1	I	16372	0.15
61	2	J	16372	0.15
62	1	I	16416	0.15
62	2	K	16416	0.15
63	1	I	16360	0.15
63	2	L	16360	0.15
64	1	J	16214	0.16
64	2	K	16214	0.16
65	1	J	16032	0.17
65	2	L	16032	0.17
66	1	K	16190	0.16
66	2	L	16190	0.16

LS精密化シェル

解像度: 2.51→2.575 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	79	-
R_work	0.295	3918	-
obs	-	-	86.72 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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