PDB-5wpy: Solution Structure of KstB-PCP loaded with nicotinic acid in kosi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wpy

タイトル

Solution Structure of KstB-PCP loaded with nicotinic acid in kosinostatin biosynthesis

要素

Peptidyl carrier protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / NRPS

機能・相同性

Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Chem-PN7 / Peptidyl carrier protein

機能・相同性情報

生物種

Micromonospora sp. TP-A0468 (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Zhao, B. / Lan, W. / Tang, G. / Cao, C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: major solution Structure of KstB-PCP in kosinostatin biosynthesis
著者: Zhao, B. / Lan, W. / Tang, G. / Cao, C.

履歴

登録	2016年11月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wpy.cif.gz	538 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wpy.ent.gz	452.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wpy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wpy_validation.pdf.gz	602.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wpy_full_validation.pdf.gz	949.1 KB	表示
XML形式データ	5wpy_validation.xml.gz	96.2 KB	表示
CIF形式データ	5wpy_validation.cif.gz	86.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/5wpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/5wpy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wpx
類似構造データ	5wpx-d 2ws1-1 3pd7-1 6ivd-1 1kx8-d 4eih-d 5amj-1 1dw1-1 2m1z-d 5nzc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36036Solution Structure of KstB-PCP loaded with nicotinic acid in kosinostatin biosynthesis

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Peptidyl carrier protein

ヘテロ分子

10 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Peptidyl carrier protein 分子量: 9664.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora sp. TP-A0468 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023GUP0
#2: 化合物	ChemComp-PN7 / N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide 分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₃N₂O₇PS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	isotropic	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	isotropic	1	3D HNCO
1	5	1	isotropic	1	3D HNCA
1	9	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	8	1	isotropic	1	3D HN(CO)CA
1	7	1	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY
1	6	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY
1	10	1	isotropic	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	11	1	isotropic	1	3D 1H-15N TOCSY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 2.0 mM [U-99% 15N][U-99% 13C] holo-KstB-PCP, 80 mM sodium phosphate, 50 mM NaCl, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N_13C_KstB-PCP / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
2.0 mM	holo-KstB-PCP	[U-99% 15N][U-99% 13C]	1
80 mM	sodium phosphate	natural abundance	1
50 mM	NaCl	natural abundance	1

試料状態

イオン強度: 130 mM / Label: condition_1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR NIH	SCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJANDRA AND CLORE	精密化
X-PLOR NIH		構造決定
Sparky		構造決定
NMRPipe		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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