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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wlk | ||||||
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タイトル | De Novo Design of Polynuclear Transition Metal Clusters in Helix Bundles-4EH2 | ||||||
要素 | Helical Bundle 4EH2 | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / Protein Design / Helical Bundle / Metal Binding | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, S.-Q. / Liu, L. / DeGrado, W.F. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018 タイトル: De Novo Design of Tetranuclear Transition Metal Clusters Stabilized by Hydrogen-Bonded Networks in Helical Bundles. 著者: Zhang, S.Q. / Chino, M. / Liu, L. / Tang, Y. / Hu, X. / DeGrado, W.F. / Lombardi, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wlk.cif.gz | 61.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wlk.ent.gz | 47.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wlk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5wlk_validation.pdf.gz | 379.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5wlk_full_validation.pdf.gz | 379.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5wlk_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5wlk_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/5wlk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/5wlk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3261.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.03 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Li2SO4, 1.0 M KNa tartrate and 0.1 M Tris pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月31日 |
放射 | モノクロメーター: Double-mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→70.14 Å / Num. obs: 23242 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.744 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 2285 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4EH1 解像度: 1.8→70.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.916 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.888 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→70.14 Å
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拘束条件 |
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