PDB-5wlk: De Novo Design of Polynuclear Transition Metal Clusters in Helix ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wlk

タイトル

De Novo Design of Polynuclear Transition Metal Clusters in Helix Bundles-4EH2

要素

Helical Bundle 4EH2

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Protein Design / Helical Bundle / Metal Binding

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Zhang, S.-Q. / Liu, L. / DeGrado, W.F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: De Novo Design of Tetranuclear Transition Metal Clusters Stabilized by Hydrogen-Bonded Networks in Helical Bundles.
著者: Zhang, S.Q. / Chino, M. / Liu, L. / Tang, Y. / Hu, X. / DeGrado, W.F. / Lombardi, A.

履歴

登録	2017年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.year
改定 1.2	2018年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wlk.cif.gz	61.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wlk.ent.gz	47.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wlk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/5wlk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/5wlk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wljC 5wllC 5wlmC 4eh1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6c52-d 5wlm-2 5wll-2 5qua-d 5wlj-1 5j0c-2 3fxd-2 5wll-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Helical Bundle 4EH2

B: Helical Bundle 4EH2

C: Helical Bundle 4EH2

D: Helical Bundle 4EH2

ヘテロ分子

13.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Helical Bundle 4EH2

B: Helical Bundle 4EH2

ヘテロ分子

A: Helical Bundle 4EH2

B: Helical Bundle 4EH2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, A-B chains assemble with symmetry related copies to form 4-helical bundle; C-D chains do the same way
13.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Helical Bundle 4EH2

D: Helical Bundle 4EH2

ヘテロ分子

C: Helical Bundle 4EH2

D: Helical Bundle 4EH2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.995, 80.995, 65.308
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-101- ZN
2	1	C-101- ZN

#1: タンパク質・ペプチド	Helical Bundle 4EH2 分子量: 3261.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Li2SO4, 1.0 M KNa tartrate and 0.1 M Tris pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月31日
放射	モノクロメーター: Double-mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→70.14 Å / Num. obs: 23242 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.744 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 2285 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EH1

4eh1

解像度: 1.8→70.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 2.916 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17781	1184	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16802	-	-	-
obs	0.16853	22034	99.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.888 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.69 Å²	-0.35 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→70.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	924	0	2	57	983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	987
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.898	2.01	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.778	3	2352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.519	5	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.375	23.226	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.721	15	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.263	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	189
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.408	1.476	434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.406		432
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.574	2.213	539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.573	5.395	539
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.569	1.663	553
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.568	48.787	554
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.74	2.446	787
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.034		3734
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.045		3709
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.409	3	987
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.398	5	976

LS精密化シェル

解像度: 1.798→1.845 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.183	105	-
R_work	0.187	1534	-
obs	-	-	95.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9089	-6.2694	-1.675	15.826	1.4675	2.531	0.1063	-0.0757	0.244	-0.4396	-0.0033	-0.5029	-0.0387	0.0979	-0.103	0.0281	0.0169	0.0145	0.0222	-0.0012	0.0175	125.7756	71.3834	6.0532
2	3.3696	-3.7509	0.7347	10.3347	-1.1707	1.2987	0.0219	-0.0235	-0.0955	-0.1473	0.0228	0.1852	0.0108	-0.0446	-0.0447	0.065	0.0097	0.0032	0.0819	-0.0197	0.0105	117.259	68.726	6.14
3	3.8356	-7.6755	0.7431	19.4959	-1.9952	0.9845	0.2225	0.0461	-0.2842	-0.6405	-0.0599	0.5551	0.0227	0.0459	-0.1627	0.1904	0.109	-0.044	0.0801	-0.0112	0.1556	137.9015	31.7568	6.6797
4	11.6128	-14.5005	2.2722	19.362	-2.6169	1.2152	-0.2063	-0.3894	-0.3697	0.2612	0.4023	0.5632	-0.0316	-0.0451	-0.1961	0.201	0.1062	0.0604	0.0765	0.0468	0.1577	136.9037	33.3721	15.0764

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 27
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 27
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 27

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)