PDB-5wjs: Crystal structure of oxidoreductase (short chain dehydrogenase/re...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wjs

タイトル

Crystal structure of oxidoreductase (short chain dehydrogenase/reductase family) from Burkholderia thailandensis complexed with NADH

要素

Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of oxidoreductase (short chain dehydrogenase/reductase family) from Burkholderia thailandensis complexed with NADH
著者: Phan, J.N. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wjs.cif.gz	219.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wjs.ent.gz	174.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wjs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/5wjs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/5wjs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lvuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5oji-d 5ojg-d 6y4d-d 2ekq-5 5f1p-d 4dbf-d 1fx4-1 3afm-d 3u5t-4 4j4t-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-ButhA.00010.g

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (3)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (3)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (2)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

B: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

ヘテロ分子

61.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.030, 123.030, 86.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-483- HOH
2	1	B-483- HOH

#1: タンパク質	Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family / Short chain dehydrogenase family protein 分子量: 29740.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (strain ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264) (バクテリア) 株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: BTH_I1182, DR63_1158 / プラスミド: ButhA.00010.g.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2SZC0
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: ButhA.00010.g.B1.PS01774 @ 20.96 mg/mL with 4mM NAD incubated at 16C; 28599c10 = JCSG+ C10: 0.1 M BICINE, pH 9.0, 10 % w/v PEG 20,000, 2 % v/v 1,4-Dioxane: Cryo = 25% EG: puck zvu9-7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月11日

放射

モノクロメーター: Rigaku Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→46.453 Å / Num. obs: 36735 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.244 % / B_iso Wilson estimate: 32.83 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 1.049 / Net I/σ(I): 15.86

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.15-2.21	6.662	0.527	3.71	2657	0.885	0.572	99.8
2.21-2.27	6.985	0.454	4.51	2598	0.927	0.49	99.7
2.27-2.33	7.415	0.377	5.51	2521	0.953	0.405	99.8
2.33-2.4	8.197	0.319	6.79	2473	0.968	0.34	99.9
2.4-2.48	8.931	0.272	8.16	2392	0.98	0.289	100
2.48-2.57	8.946	0.248	8.8	2319	0.983	0.263	100
2.57-2.67	8.948	0.209	10.05	2237	0.989	0.221	100
2.67-2.78	8.958	0.172	11.84	2153	0.991	0.183	99.9
2.78-2.9	8.908	0.151	13.11	2086	0.993	0.161	100
2.9-3.04	8.878	0.13	14.77	1980	0.995	0.138	99.9
3.04-3.21	8.814	0.108	17.34	1900	0.996	0.115	100
3.21-3.4	8.581	0.085	21.15	1789	0.997	0.09	99.9
3.4-3.63	8.422	0.069	26.1	1698	0.998	0.073	99.9
3.63-3.93	8.283	0.06	29.41	1583	0.998	0.064	99.7
3.93-4.3	8.074	0.053	31.47	1478	0.998	0.057	99.9
4.3-4.81	8.07	0.047	35.86	1338	0.998	0.051	99.9
4.81-5.55	8.065	0.044	35.96	1193	0.999	0.047	100
5.55-6.8	8.218	0.046	33.96	1024	0.999	0.049	100
6.8-9.62	8.017	0.034	39.3	824	0.999	0.036	100
9.62-46.453	7.234	0.03	39.87	492	0.999	0.032	98

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.15 Å	46.45 Å
Translation	2.15 Å	46.45 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.7.18	位相決定
PHENIX	(1.12rc1_2807)	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LVU

4lvu

解像度: 2.15→46.453 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1999	1999	5.45 %
R_work	0.1602	-	-
obs	0.1624	36677	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.95 Å² / B_iso mean: 38.7515 Å² / B_iso min: 17.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→46.453 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3799	0	156	362	4317
B_iso mean	-	-	46.07	45.85	-
残基数	-	-	-	-	516

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4052
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.848	5496
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	627
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	713
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.843	2377

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.1501-2.2039	0.2558	152	0.1985	2411	2563
2.2039-2.2634	0.2282	119	0.1831	2446	2565
2.2634-2.33	0.2282	118	0.1726	2460	2578
2.33-2.4052	0.2484	129	0.1672	2456	2585
2.4052-2.4912	0.229	164	0.1671	2411	2575
2.4912-2.5909	0.2323	136	0.1743	2462	2598
2.5909-2.7089	0.2177	129	0.1668	2456	2585
2.7089-2.8516	0.2057	158	0.1651	2454	2612
2.8516-3.0303	0.2169	146	0.1848	2458	2604
3.0303-3.2642	0.2241	127	0.1759	2486	2613
3.2642-3.5926	0.2167	161	0.1629	2473	2634
3.5926-4.1122	0.2103	150	0.1458	2506	2656
4.1122-5.1798	0.1367	154	0.1304	2528	2682
5.1798-46.4634	0.18	156	0.158	2671	2827

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1043	0.7855	0.6963	1.7413	0.1068	2.8257	-0.1822	0.6255	0.0063	-0.6877	0.0831	-0.2533	0.0599	0.1316	0.0976	0.4616	0.0114	0.1055	0.347	0.0601	0.2456	-23.5347	-22.057	-27.3898
2	1.4268	0.1036	0.2069	1.1606	-0.4262	1.7934	0.017	0.0475	0.1621	-0.1605	-0.0188	-0.1423	-0.0392	0.1659	0.013	0.2734	-0.0021	0.0489	0.2397	0.0018	0.3083	-23.771	-19.6987	-9.3594
3	1.4707	0.0547	0.0025	4.1452	0.1388	2.6359	-0.0239	0.2144	-0.1207	-0.379	-0.0249	-0.5266	0.3167	0.4863	0.0276	0.3016	0.0402	0.0687	0.3057	-0.0076	0.2422	-27.0266	-34.7978	-16.1357
4	2.5086	2.7504	-2.8889	3.1148	-2.865	4.3236	-0.1285	0.4916	0.3024	-0.4873	0.1333	0.6075	-0.1557	-0.2318	0.0111	0.4524	-0.0069	-0.1024	0.469	0.0193	0.2474	-48.8653	-34.7915	-26.533
5	8.3117	0.6735	-0.7512	3.0363	-1.4949	5.2681	-0.2284	0.4708	0.095	-0.7678	0.1778	0.6011	0.1531	-0.4748	0.0639	0.4125	0.0003	-0.1569	0.351	-0.0167	0.3025	-57.8693	-39.4569	-24.56
6	2.1976	-0.3652	0.0877	2.1921	-1.0278	3.4153	0.0679	0.3895	0.0407	-0.7409	0.0584	0.7068	0.0523	-0.4809	-0.1209	0.4629	-0.041	-0.1641	0.4473	-0.0438	0.3102	-58.8464	-45.5075	-24.8077
7	2.1063	0.2026	-0.7939	2.0812	-2.1988	8.328	-0.0417	0.6829	-0.4098	-0.8464	0.0548	0.7106	0.5526	-0.2378	-0.1244	0.467	-0.0686	-0.1506	0.4262	-0.1569	0.4693	-54.6865	-55.256	-22.3375
8	3.3429	0.5313	-2.5367	1.3746	-0.6695	6.4918	-0.0536	0.1967	-0.1417	-0.1775	0.0852	0.1803	0.2847	-0.3168	-0.0126	0.1976	-0.0168	-0.047	0.2188	-0.0389	0.2818	-52.0355	-48.7237	-9.088
9	1.136	0.619	0.3232	1.9945	-0.5159	1.5638	-0.0068	0.0345	0.1395	-0.1211	0.0854	0.232	-0.0403	-0.2242	-0.0709	0.2368	0.0319	-0.0014	0.2586	-0.0114	0.2203	-46.6596	-34.8572	-10.0782

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 89 )	A	14 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 90 through 199 )	A	90 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 271 )	A	200 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 14 through 39 )	B	14 - 39
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 40 through 72 )	B	40 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 73 through 89 )	B	73 - 89
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 90 through 104 )	B	90 - 104
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 105 through 155 )	B	105 - 155
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 156 through 271 )	B	156 - 271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)