PDB-5wjj: Structure-based Design, Synthesis, and Biological Evaluation of I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wjj

タイトル

Structure-based Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Imidazo[1,2-b]pyridazine-based p38 MAP Kinase Inhibitors

要素

Mitogen-activated protein kinase 14

キーワード

Transferase/Transferase Inhibitor / Transferase-Transferase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of myoblast fusion ...stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / cartilage condensation / Platelet sensitization by LDL / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / D-glucose import / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / response to dietary excess / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / MAP kinase kinase activity / regulation of ossification / signal transduction in response to DNA damage / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / MAP kinase activity / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / cellular response to ionizing radiation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / placenta development / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import / NOD1/2 Signaling Pathway / stem cell differentiation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to insulin / bone development / cellular response to virus / platelet activation / positive regulation of protein import into nucleus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / glucose metabolic process / cell morphogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / chemotaxis / spindle pole / osteoblast differentiation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular senescence / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / angiogenesis / protein phosphatase binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / nuclear speck / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Snell, G.P. / Okada, K. / Bragstad, K. / Sang, B.-C.

引用

ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-based design, synthesis, and biological evaluation of imidazo[1,2-b]pyridazine-based p38 MAP kinase inhibitors.
著者: Kaieda, A. / Takahashi, M. / Takai, T. / Goto, M. / Miyazaki, T. / Hori, Y. / Unno, S. / Kawamoto, T. / Tanaka, T. / Itono, S. / Takagi, T. / Hamada, T. / Shirasaki, M. / Okada, K. / Snell, G. ...

履歴

登録	2017年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wjj.cif.gz	158.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wjj.ent.gz	123.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wjj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wjj_validation.pdf.gz	711.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wjj_full_validation.pdf.gz	712.7 KB	表示
XML形式データ	5wjj_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	5wjj_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/5wjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/5wjj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6anlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ocg-d 3new-d 2qd9-d 2bal-d 5o8u-d 4f9w-d 3flz-d 4kiq-3 3mh2-d 2rg5-d 3p7b-d 3oc1-d 3p7c-d 3iw6-d 3que-d 6y4u-d 2gfs-d 6y4w-d 4kin-3 3nww-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (3) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (3)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (2)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase 14

ヘテロ分子

42.2 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.813, 69.974, 73.878
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / ...MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / MAX-interacting protein 2 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Stress-activated protein kinase 2a / SAPK2a 分子量: 41714.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK14, CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MXI2, SAPK2A / プラスミド: pFastBacHT 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-AQY / N-{4-[2-(4-fluoro-3-methylphenyl)imidazo[1,2-b]pyridazin-3-yl]pyridin-2-yl}-2-methyl-1-oxo-1lambda~5~-pyridine-4-carboxamide 分子量: 454.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₁₉FN₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.13 % / Mosaicity: 0.291 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 18.% PEG 3350, 0.06M MES, 0.04M MES_Na

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月11日

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50.7 Å / Num. obs: 46461 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Χ²: 1.014 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.64	2.6	0.428	0.979	1	60
1.64-1.68	3.2	0.441	1.01	1	80.2
1.68-1.72	3.7	0.394	1.042	1	93.3
1.72-1.77	4.2	0.329	0.985	1	99.2
1.77-1.83	4.5	0.278	1.025	1	99.9
1.83-1.9	4.6	0.214	1.016	1	99.9
1.9-1.97	4.6	0.163	1.046	1	100
1.97-2.06	4.6	0.122	1.015	1	100
2.06-2.17	4.6	0.092	1.018	1	100
2.17-2.31	4.6	0.079	1.002	1	100
2.31-2.49	4.6	0.07	1.008	1	100
2.49-2.74	4.6	0.067	1.002	1	99.9
2.74-3.13	4.4	0.068	1.016	1	99.9
3.13-3.95	4.3	0.055	1.055	1	99.9
3.95-50	4.3	0.034	0.971	1	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 4.27 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23712	2346	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20033	-	-	-
obs	0.20221	44054	95.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.054 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.62 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.46 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2712	0	34	380	3126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	2853
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.322	1.974	3887
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.885	3	6182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.073	5	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.357	23.897	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.533	15	481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.971	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3211
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	654
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.542	1.183	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.542	1.182	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.975	1.768	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.975	1.769	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.567	1.264	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.534	1.257	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.924	1.857	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.656	11.351	3694
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.369	10.069	3416
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.598→1.639 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	100	-
R_work	0.284	2013	-
obs	-	-	59.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8794	-0.7483	1.4728	4.5449	-1.5067	6.3073	0.0624	0.0003	-0.3235	-0.1899	0.0569	0.104	0.5446	-0.2762	-0.1193	0.1037	-0.0445	-0.0004	0.0637	0.0306	0.0525	17.085	-17.589	5.58
2	1.7246	0.3594	-0.9295	0.963	0.3592	2.5779	-0.0263	0.1367	-0.043	0.0062	0.0175	0.0108	0.1482	-0.0425	0.0087	0.0422	0.0087	-0.0074	0.0277	0.005	0.0117	25.068	-9.176	-1.944
3	2.5967	-0.5209	-0.499	2.8415	0.49	1.8916	-0.0126	0.0594	-0.1729	-0.0047	-0.0204	0.2006	0.1248	-0.1831	0.033	0.0272	-0.0055	0.0021	0.0206	-0.0008	0.0225	19.755	9.263	6.367
4	10.1591	-2.6594	-0.6666	1.0583	-1.3625	6.8298	0.0646	1.4476	-0.5894	-0.1796	-0.32	0.0818	0.5521	-0.2254	0.2554	0.1557	-0.0766	0.0713	0.2599	-0.1296	0.0894	19.504	16.438	-9.856
5	1.4566	-0.1905	0.4565	1.216	0.1355	2.4313	-0.0185	0.1255	0.1356	-0.1347	0.063	0.0024	-0.1479	-0.1455	-0.0445	0.0446	-0.0013	0.0076	0.0335	0.0206	0.0187	16.004	23.31	-7.424
6	1.3932	-0.2584	-1.959	0.5327	1.4579	6.5037	0.0824	0.3689	0.1828	-0.2348	-0.0134	0.084	-0.9966	-0.5094	-0.069	0.237	0.0281	-0.0212	0.1406	0.0184	0.1568	15.891	30.825	-4.673
7	0.471	-0.2976	-0.1206	1.7837	0.918	0.64	-0.0223	-0.0039	0.0054	-0.0096	0.0827	-0.1129	0.0318	0.081	-0.0605	0.0498	-0.0031	0.0172	0.0514	0.0029	0.0198	30.794	7.294	0.484

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	50 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	119 - 173
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	184 - 203
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	204 - 254
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	255 - 280
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	281 - 352

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