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- PDB-5whf: Crystal structure of vimentin coil 1B packed in a high-order fila... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5whf
タイトルCrystal structure of vimentin coil 1B packed in a high-order filamentous form
要素Vimentin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Intermediate filament / Oligomerization / Coiled coil / Helical domain
機能・相同性
機能・相同性情報


keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / intermediate filament cytoskeleton / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament ...keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / intermediate filament cytoskeleton / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament / cell leading edge / microtubule organizing center / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / phagocytic vesicle / regulation of mRNA stability / Late endosomal microautophagy / structural constituent of cytoskeleton / cellular response to type II interferon / nuclear matrix / Chaperone Mediated Autophagy / Aggrephagy / neuron projection development / peroxisome / double-stranded RNA binding / negative regulation of neuron projection development / cellular response to lipopolysaccharide / scaffold protein binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / molecular adaptor activity / cytoskeleton / protein domain specific binding / axon / focal adhesion / positive regulation of gene expression / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intermediate filament head, DNA-binding domain / : / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Obiero, J.M. / Pang, A.H. / Tsodikov, O.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA60872 米国
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: A crystal structure of coil 1B of vimentin in the filamentous form provides a model of a high-order assembly of a vimentin filament.
著者: Pang, A.H. / Obiero, J.M. / Kulczyk, A.W. / Sviripa, V.M. / Tsodikov, O.V.
履歴
登録2017年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vimentin
B: Vimentin
C: Vimentin
D: Vimentin
E: Vimentin
F: Vimentin
G: Vimentin
H: Vimentin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6629
ポリマ－86,5708
非ポリマー921
水2,288127
1
A: Vimentin
B: Vimentin
C: Vimentin
D: Vimentin
E: Vimentin
F: Vimentin
G: Vimentin
H: Vimentin
ヘテロ分子

A: Vimentin
B: Vimentin
C: Vimentin
D: Vimentin
E: Vimentin
F: Vimentin
G: Vimentin
H: Vimentin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,32318
ポリマ－173,13916
非ポリマー1842
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_456x-1,y,z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)39.990, 77.270, 123.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Vimentin


分子量: 10821.196 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 153-238 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal sequence GPHM is a part of the N-terminal tag that is left after the cleavage of most of the tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VIM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08670
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.71 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate and 10% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→65.4 Å / Num. obs: 32009 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 7.25
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UF1

3uf1


解像度: 2.25→40.972 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2817 1601 5.02 %
Rwork0.2349 --
obs0.2372 31868 89.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→40.972 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5334 0 6 127 5467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.837175
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.352091
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044851
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012966
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.32260.29251320.21042507X-RAY DIFFRACTION82
2.3226-2.40560.27141400.22492525X-RAY DIFFRACTION83
2.4056-2.5020.28881380.23512611X-RAY DIFFRACTION84
2.502-2.61580.27311340.22392586X-RAY DIFFRACTION85
2.6158-2.75370.31231810.24882650X-RAY DIFFRACTION88
2.7537-2.92620.27571410.25332654X-RAY DIFFRACTION87
2.9262-3.1520.33281080.25632748X-RAY DIFFRACTION88
3.152-3.46910.30311050.24782879X-RAY DIFFRACTION92
3.4691-3.97070.2611680.21713020X-RAY DIFFRACTION98
3.9707-5.00120.2491550.2053081X-RAY DIFFRACTION99
5.0012-40.97840.2991990.27563006X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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