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万見
- PDB-5wcg: SET and MYND Domain Containing protein 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wcg
タイトルSET and MYND Domain Containing protein 2
要素N-lysine methyltransferase SMYD2
キーワードTRANSFERASE / Zinc Finger / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine N-methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K4 trimethyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone H3 methyltransferase activity / RNA polymerase II complex binding ...lysine N-methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K4 trimethyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone H3 methyltransferase activity / RNA polymerase II complex binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Regulation of TP53 Activity through Methylation / PKMTs methylate histone lysines / p53 binding / heart development / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SMYD2, SET domain / : / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Beta-clip-like / SET domain / Tetratricopeptide repeat domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain ...SMYD2, SET domain / : / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Beta-clip-like / SET domain / Tetratricopeptide repeat domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A4M / N-lysine methyltransferase SMYD2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Dong, A. / Zeng, H. / Walker, J.R. / Hutch, A. / Seitova, A. / Tatlock, J. / Kumpf, R. / Owen, A. / Taylor, A. / Casimiro-Garcia, A. ...Dong, A. / Zeng, H. / Walker, J.R. / Hutch, A. / Seitova, A. / Tatlock, J. / Kumpf, R. / Owen, A. / Taylor, A. / Casimiro-Garcia, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: The crystal structure of SMYD2 in complex with compound MTF003
著者: Zeng, H. / Dong, A. / Walker, J.R. / Hutch, A. / Seitova, A. / Tatlock, J. / Kumpf, R. / Owen, A. / Taylor, A. / Casimiro-Garcia, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Wu, H.
履歴
登録2017年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-lysine methyltransferase SMYD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,73512
ポリマ－49,8321
非ポリマー90311
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area480 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area20420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.343, 98.312, 58.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.950, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-681-

HOH

21A-771-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 N-lysine methyltransferase SMYD2 / HSKM-B / Histone methyltransferase SMYD2 / Lysine N-methyltransferase 3C / SET and MYND domain- ...HSKM-B / Histone methyltransferase SMYD2 / Lysine N-methyltransferase 3C / SET and MYND domain-containing protein 2


分子量: 49832.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMYD2, KMT3C / プラスミド: pFBOH-MHL / 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q9NRG4, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, histone-lysine N-methyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 196分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-A4M / [3-(6-amino-2-methyl-9H-purin-9-yl)azetidin-1-yl]{5-[(4-cycloheptylpiperazin-1-yl)methyl]-1-methyl-1H-pyrazol-3-yl}methanone


分子量: 506.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H38N10O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 % / Mosaicity: 0.8 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 20% PEG 3350, 0.04M Citric acid, 0.06M Bis-Tris propane pH6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 33305 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.155 / Χ2: 1.513 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
2.02-2.054.50.98416470.640.5140.837100
2.05-2.094.70.8240.6770.4230.8631000.929
2.09-2.134.90.710.7890.3540.8941000.795
2.13-2.1850.6410.7990.3160.9231000.717
2.18-2.2250.570.8340.2780.9431000.635
2.22-2.2750.4780.8660.2350.9771000.534
2.27-2.3350.4130.90.2020.9441000.461
2.33-2.3950.3570.9280.1740.981000.398
2.39-2.4750.3210.9390.1571.0191000.358
2.47-2.5450.2750.9460.1341.0461000.306
2.54-2.6450.2320.9620.1141.1061000.259
2.64-2.7450.1980.9690.0971.1871000.22
2.74-2.8750.1530.9810.0751.2831000.171
2.87-3.0250.1320.9870.0641.4171000.147
3.02-3.2150.1110.9890.0541.78699.90.124
3.21-3.4550.0940.9910.0462.27999.80.105
3.45-3.84.90.0840.9920.0412.90199.90.094
3.8-4.354.80.0690.9950.0343.14899.80.077
4.35-5.484.80.060.9960.0292.76799.90.067
5.48-504.80.0550.9980.0273.02499.70.061

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.02 Å49.16 Å
Translation2.02 Å49.16 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S7B

3s7b


解像度: 2.02→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.205 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.148
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2133 995 3 %RANDOM
Rwork0.1695 ---
obs0.1708 32306 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.46 Å2 / Biso mean: 27.487 Å2 / Biso min: 13.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å2-0 Å20.76 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----1.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.02→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3393 0 57 187 3637
Biso mean--24.03 32.99 -
残基数----430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193591
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4021.9634873
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96337572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7695448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.97924.286161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.72815619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4161519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02717
LS精密化 シェル解像度: 2.023→2.075 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 67 -
Rwork0.238 2144 -
all-2211 -
obs--90.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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