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- PDB-5wb7: Crystal structure of the epidermal growth factor receptor extrace... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wb7
タイトルCrystal structure of the epidermal growth factor receptor extracellular region in complex with epiregulin
要素
  • Epidermal growth factor receptor
  • Proepiregulin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Receptor tyrosine kinase / growth factor / signaling / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


luteinizing hormone signaling pathway / ovarian cumulus expansion / ovulation / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell differentiation / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / primary follicle stage / ERBB2-EGFR signaling pathway ...luteinizing hormone signaling pathway / ovarian cumulus expansion / ovulation / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell differentiation / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / primary follicle stage / ERBB2-EGFR signaling pathway / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / female meiotic nuclear division / Signaling by EGFR / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / PI3K events in ERBB4 signaling / Signaling by ERBB4 / ERBB2 Regulates Cell Motility / positive regulation of innate immune response / PI3K events in ERBB2 signaling / mRNA transcription / oocyte maturation / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / epidermal growth factor receptor binding / GAB1 signalosome / positive regulation of DNA replication / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of cell division / Signaling by ERBB2 / keratinocyte proliferation / SHC1 events in ERBB4 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / anatomical structure morphogenesis / Complex I biogenesis / positive regulation of protein kinase activity / GRB2 events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / Respiratory electron transport / Nuclear signaling by ERBB4 / keratinocyte differentiation / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / EGFR downregulation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / : / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / positive regulation of cytokine production / Signaling by ERBB2 KD Mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / animal organ morphogenesis / Downregulation of ERBB2 signaling / growth factor activity / wound healing / aerobic respiration / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / response to peptide hormone / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of interleukin-6 production / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / negative regulation of epithelial cell proliferation / PIP3 activates AKT signaling / Clathrin-mediated endocytosis / cell-cell signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / angiogenesis / Extra-nuclear estrogen signaling / receptor ligand activity / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Laminin / Laminin / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. ...Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Laminin / Laminin / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proepiregulin / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.941 Å
データ登録者Freed, D.M. / Bessman, N.J. / Ferguson, K.M. / Lemmon, M.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-CA198164 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)U54-CA193417 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32-GM109688 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: EGFR Ligands Differentially Stabilize Receptor Dimers to Specify Signaling Kinetics.
著者: Freed, D.M. / Bessman, N.J. / Kiyatkin, A. / Salazar-Cavazos, E. / Byrne, P.O. / Moore, J.O. / Valley, C.C. / Ferguson, K.M. / Leahy, D.J. / Lidke, D.S. / Lemmon, M.A.
履歴
登録2017年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
B: Epidermal growth factor receptor
C: Epidermal growth factor receptor
D: Epidermal growth factor receptor
E: Proepiregulin
F: Proepiregulin
G: Proepiregulin
H: Proepiregulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,39822
ポリマ－254,2578
非ポリマー6,14114
水73941
1
A: Epidermal growth factor receptor
D: Epidermal growth factor receptor
E: Proepiregulin
H: Proepiregulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,93511
ポリマ－127,1284
非ポリマー2,8077
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11260 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area49980 Å2
手法PISA
2
B: Epidermal growth factor receptor
C: Epidermal growth factor receptor
F: Proepiregulin
G: Proepiregulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,46311
ポリマ－127,1284
非ポリマー3,3347
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10400 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area49750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.647, 199.288, 87.916
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.740, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 56522.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質
Proepiregulin


分子量: 7042.026 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EREG
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 / 参照: UniProt: O14944

-
糖 , 5種, 14分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 41分子

#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.61 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.03 M citric acid, 0.07 M Bis-Tris propane, 16% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→50 Å / Num. obs: 53585 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 71.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.16 / Χ2: 1.081 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.94-2.992.30.4581.724550.7490.3340.570.91589.8
2.99-3.052.50.4240.7810.3030.5230.93493.5
3.05-3.12.70.4160.790.2890.5090.96596.9
3.1-3.172.80.3740.8320.2630.4590.94397.8
3.17-3.242.80.3310.8470.230.4040.94897
3.24-3.312.90.2840.8990.1970.3471.01997.6
3.31-3.392.80.2460.9150.170.31.02396.8
3.39-3.492.80.2160.9320.1520.2651.03197.5
3.49-3.592.80.190.9490.1320.2321.03398
3.59-3.730.2090.9370.1430.2541.29497.3
3.7-3.8430.170.950.1140.2051.1198.3
3.84-3.992.90.1510.9640.1030.1841.16197.5
3.99-4.172.90.1370.9650.0940.1661.16997.2
4.17-4.392.80.1310.9630.090.1591.18598.2
4.39-4.6730.1230.9680.0830.1491.20698.3
4.67-5.0330.1240.9580.0830.1491.21998.3
5.03-5.532.90.1150.9720.0780.1391.11498.4
5.53-6.332.90.1170.9680.0780.1411.14298.8
6.33-7.9730.1050.9740.070.1261.11598.5
7.97-502.90.090.9750.0630.1110.93398.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: EGFR domains I and III from PDB entry 3NJP

3njp


解像度: 2.941→47.684 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2675 2596 4.85 %
Rwork0.2246 --
obs0.2267 53542 96.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 277.25 Å2 / Biso mean: 92.8633 Å2 / Biso min: 27.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.941→47.684 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16658 0 404 41 17103
Biso mean--133.6 66.74 -
残基数----2186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00417485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90223776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0652714
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0173061
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0526664
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.941-2.99440.46821170.36862144226178
2.9944-3.0520.44071260.34922595272193
3.052-3.11430.43591240.32152687281197
3.1143-3.1820.38061560.29792681283798
3.182-3.2560.32161330.28542704283797
3.256-3.33740.31551120.26332746285897
3.3374-3.42760.30211290.25632664279397
3.4276-3.52840.36131330.26682712284597
3.5284-3.64230.31731450.26612721286698
3.6423-3.77240.27461400.2372688282898
3.7724-3.92340.25921190.22772744286398
3.9234-4.10190.24191430.20472693283697
4.1019-4.3180.23691390.19362711285098
4.318-4.58830.24631490.17982729287898
4.5883-4.94230.21761470.17982731287898
4.9423-5.4390.25421420.19192753289599
5.439-6.22450.23351500.20852718286898
6.2245-7.83660.27781480.22842768291699
7.8366-47.69060.2151440.20442757290198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.956-2.1195-1.01766.12182.52094.1077-0.0350.11350.2189-0.2425-0.08850.42890.3194-0.34220.0890.5839-0.0904-0.13730.42450.01360.403176.945-8.51777.292
22.69930.2856-0.06231.08830.65151.6391-0.1862-0.50610.70510.21040.0623-0.0673-0.0450.06720.0540.8185-0.0319-0.25250.5115-0.12360.798690.2148.24291.377
33.3052-0.93260.51192.575-0.16933.0405-0.03540.28420.2089-0.00280.1113-0.13260.0347-0.0098-0.06990.4765-0.0726-0.06630.43840.0520.3314111.753-11.61669.822
46.7261-1.1431-3.04217.21161.79883.5876-0.3163-0.78660.40590.8590.64-1.9583-0.04111.0234-0.51380.6666-0.0573-0.26260.6327-0.1430.6244128.139-22.19275.774
56.5095-1.56240.70816.02611.43413.5799-0.05740.13740.1474-0.10130.04480.2880.1121-0.0131-0.00580.3179-0.0067-0.01580.36790.02460.340151.272-19.7221.624
62.8431-1.22511.0422.47470.58642.5468-0.3982-0.72281.2520.12470.0308-0.0137-0.3621-0.21510.37670.5772-0.0193-0.0460.4511-0.14030.606358.475-3.22140.425
73.1065-0.79050.29364.90550.59083.9064-0.00740.09270.08570.04120.0703-0.4397-0.16980.0854-0.07470.26990.0091-0.06330.35590.00650.389985.781-23.41329.436
88.05332.4514-1.57235.5970.9620.7615-0.081-1.104-0.47581.14580.2523-0.3410.62370.8246-0.10950.85160.101-0.3310.8233-0.02790.710698.01-35.03844.045
95.17611.41410.75927.76832.96693.0435-0.05-0.0536-0.21430.4204-0.30520.30640.0605-0.1820.31450.4204-0.01250.05540.3451-0.01160.367645.17432.28658.003
103.5175-3.2452-1.9512.64351.58882.2945-0.0495-0.07030.1462-0.1162-0.14330.276-0.15520.10250.12930.6118-0.0547-0.11380.5105-0.14350.765353.73116.96543.108
117.8676-0.1845-4.52543.7790.84095.39320.0867-1.12191.35420.57770.7744-1.31690.31880.5961-0.61690.60870.1243-0.38010.6986-0.25381.155479.08635.98964.097
122.3948-1.4642-1.31872.6814-1.42313.49790.172-1.10673.3172-0.22940.28931.2397-0.61560.7991-0.59660.7801-0.1188-0.1290.8662-0.47542.399994.68145.80855.434
134.8882.31950.37987.55431.49821.99960.6135-0.446-0.22841.4119-0.7663-0.22680.2202-0.16010.08441.0167-0.1813-0.28350.58110.00680.489985.61944.996111.062
141.7247-2.2958-1.24774.67632.86423.1470.47620.00680.1728-0.0369-0.2818-0.4465-0.0468-0.1238-0.18960.8529-0.02-0.32540.5401-0.08691.110587.36628.56595.073
154.73330.5935-1.07433.18491.60682.36460.609-0.0586-1.81750.31880.2915-1.30650.23450.6115-0.61661.03490.108-0.43820.7951-0.1562.2196119.32547.776102.994
167.06870.6557-1.43633.6127-2.33871.64960.453-0.30690.9809-0.7770.0947-1.24770.57160.47520.20261.7732-0.02170.3580.9734-0.39071.8625131.29255.88288.727
177.909-1.3533-3.84646.37350.16112.30680.52920.3419-0.4636-0.0389-0.50350.2320.1283-0.65320.0720.6994-0.1072-0.23810.7379-0.02870.492788.269-15.18860.45
182.377-1.61943.2827.8297-2.28534.81560.16030.91090.0667-1.0522-0.30480.24460.74510.04980.20690.6590.09250.00540.7711-0.00750.311568.43-25.96110.903
198.70772.3399-3.09411.91660.4222.54030.0471-2.82770.5320.3989-0.07230.01511.08990.22220.19031.11890.139-0.09211.23880.0290.543357.6337.5776.174
202.93310.25680.55230.7707-0.37140.4960.4229-0.71230.0841.7779-0.2689-0.8027-0.57680.0014-0.20241.741-0.3381-0.8091.33790.09011.2548104.48851.513123.098
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:164 )A2 - 164
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 165:311 )A165 - 311
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 312:479 )A312 - 479
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 480:501 )A480 - 501
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 2:164 )B2 - 164
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 165:311 )B165 - 311
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 312:479 )B312 - 479
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 480:505 )B480 - 505
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 2:164 )C2 - 164
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 165:311 )C165 - 311
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 312:479 )C312 - 479
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 480:501 )C480 - 501
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN D AND RESID 2:164 )D2 - 164
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN D AND RESID 165:311 )D165 - 311
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN D AND RESID 312:479 )D312 - 479
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 480:500 )D480 - 500
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN E AND RESID 10:48 )E10 - 48
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN F AND RESID 10:46 )F10 - 46
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN G AND RESID 10:48 )G10 - 48
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN H AND RESID 10:45 )H10 - 45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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