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- PDB-5w91: Toxoplasma Gondii CDPK1 in complex with inhibitor LZH118 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w91
タイトルToxoplasma Gondii CDPK1 in complex with inhibitor LZH118
要素Calmodulin-domain protein kinase 1
キーワードtransferase/transferase inhibitor / CDPK / PARASITOLOGY / ATP-BINDING / KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9XP / Calmodulin-domain protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者El Bakkouri, M. / Lovato, D. / Loppnau, P. / Lin, Y.H. / Rutaganaria, F. / Lopez, M.S. / Shokat, L. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. ...El Bakkouri, M. / Lovato, D. / Loppnau, P. / Lin, Y.H. / Rutaganaria, F. / Lopez, M.S. / Shokat, L. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Sibley, D. / Hui, R. / Walker, J.R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Toxoplasma Gondii CDPK1 in complex with inhibitor LZH118
著者: El Bakkouri, M. / Lovato, D. / Loppnau, P. / Lin, Y.H. / Rutaganaria, F. / Lopez, M.S. / Shokat, L. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Sibley, D. / Hui, R. / Walker, J.R. / ...著者: El Bakkouri, M. / Lovato, D. / Loppnau, P. / Lin, Y.H. / Rutaganaria, F. / Lopez, M.S. / Shokat, L. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Sibley, D. / Hui, R. / Walker, J.R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2017年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-domain protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5843
ポリマ－55,2271
非ポリマー3572
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.908, 73.230, 65.709
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.740, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin-domain protein kinase 1


分子量: 55226.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: CDPK1 / プラスミド: PET15-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9BJF5
#2: 化合物 ChemComp-9XP / 1-tert-butyl-N~3~-(3-chlorophenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine-3,4-diamine


分子量: 316.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17ClN6
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 % / Mosaicity: 0.34 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG8K, 0.2M NaCl, 0.1M Hepes pH7.5, 10 % Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.59 Å / Num. obs: 17646 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 62.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 72491 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.4-2.4940.8350.5820.4770.96499.2
8.98-48.593.60.0220.9990.0130.02694.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.15データスケーリング
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IFG

4ifg


解像度: 2.4→39.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9331 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.469 / SU Rfree Blow DPI: 0.26
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2491 845 4.79 %RANDOM
Rwork0.2086 ---
obs0.2107 17628 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 152.74 Å2 / Biso mean: 62.48 Å2 / Biso min: 19.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1752 Å20 Å23.0529 Å2
2--2.9391 Å20 Å2
3----5.1143 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→39.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3424 0 23 73 3520
Biso mean--50.07 53.64 -
残基数----451
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1482SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes82HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1054HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6767HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion475SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7054SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6767HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12178HARMONIC20.87
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.43
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 133 4.72 %
Rwork0.2483 2683 -
all0.2516 2816 -
obs--99.33 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 40.2917 Å / Origin y: -10.0205 Å / Origin z: 90.7482 Å
111213212223313233
T-0.0725 Å20.0687 Å20.0153 Å2--0.1123 Å20.0127 Å2---0.1193 Å2
L1.0449 °20.2423 °20.2767 °2-1.3055 °2-0.0232 °2--0.8577 °2
S-0.0018 Å °0.147 Å °-0.0941 Å °0.0008 Å °-0.0861 Å °-0.1479 Å °0.1604 Å °0.0769 Å °0.0878 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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