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- PDB-5w8b: Carbonic anhydrase II in complex with activating histamine pyridi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w8b
タイトルCarbonic anhydrase II in complex with activating histamine pyridinium derivative
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / Complex / Activator / Ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of dipeptide transmembrane transport / : / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of dipeptide transmembrane transport / : / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / Developmental Lineage of Pancreatic Ductal Cells / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A57 / Hexafluorophosphate anion / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.601 Å
データ登録者Bhatt, A. / Ilies, M. / McKenna, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM109524 米国
引用ジャーナル: Mol. Neurobiol. / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of Carbonic Anhydrase II in Complex with an Activating Ligand: Implications in Neuronal Function.
著者: Bhatt, A. / Mondal, U.K. / Supuran, C.T. / Ilies, M.A. / McKenna, R.
履歴
登録2017年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5085
ポリマ－28,9331
非ポリマー5754
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.268, 41.252, 72.096
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 28932.641 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4-260 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 5種, 155分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-A9J / Hexafluorophosphate anion


分子量: 144.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F6P
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-A57 / 1-[2-(1H-imidazol-5-yl)ethyl]-4-methyl-2,6-di(propan-2-yl)pyridin-1-ium


分子量: 272.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H26N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 1.4M Sodium Citrate, 50mM Tris, pH 7.8
Temp details: Tray stored in styrofoam box at room temperature.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryosystems cryocooler
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月18日
詳細: White beam collimating mirror, horizontally focusing monochromator using single bent triangular Si(111) crystal, vertically focusing Rh-coated Si mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40.995 Å / Num. obs: 54244 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 11.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.051 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.635.80.5510.8590.2480.6070.94598.9
1.63-1.665.80.4990.8550.2260.550.997.6
1.66-1.695.90.4270.9030.190.4690.87997.2
1.69-1.726.20.3640.9260.1590.3990.86399.2
1.72-1.766.30.3240.9450.1390.3540.90499.1
1.76-1.86.30.2710.9580.1160.2950.91398.4
1.8-1.856.20.220.970.0940.240.87697.5
1.85-1.96.10.190.9750.0820.2080.90997.9
1.9-1.955.90.1580.9790.070.1730.91896.5
1.95-2.0260.1330.9880.0580.1460.91196.8
2.02-2.096.30.1180.990.050.1290.9397.1
2.09-2.176.40.10.9910.0430.1090.91697.4
2.17-2.276.40.090.9920.0380.0970.95596.6
2.27-2.396.20.0880.9930.0370.0961.20297.9
2.39-2.545.90.0730.9950.0320.080.94898.1
2.54-2.746.10.0650.9950.0280.0710.90298.4
2.74-3.016.50.0630.9960.0260.0691.08899.2
3.01-3.456.50.0590.9950.0250.0641.399.5
3.45-4.346.40.0630.9960.0260.0681.51699.2
4.34-206.50.0630.9960.0260.0692.00199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10pre_2097精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ks3

3ks3


解像度: 1.601→40.995 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1832 1560 4.99 %
Rwork0.1559 --
obs0.1573 54244 87.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.23 Å2 / Biso mean: 17.085 Å2 / Biso min: 5.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.601→40.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2049 0 106 151 2306
Biso mean--38.58 23.61 -
残基数----257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2832950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6611272
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6012-1.63030.19611030.1905174856
1.6303-1.66170.20181110.1811179559
1.6617-1.69560.217980.1735201664
1.6956-1.73250.20851090.1627223572
1.7325-1.77280.21781290.1624241278
1.7728-1.81710.20871430.1569255683
1.8171-1.86630.14681510.1554269787
1.8663-1.92120.21561500.1611284490
1.9212-1.98320.20081470.1589290594
1.9832-2.05410.19691550.1516297395
2.0541-2.13630.17271610.1491297196
2.1363-2.23350.17271560.1523301896
2.2335-2.35130.17661590.1613299896
2.3513-2.49860.23271450.1647300497
2.4986-2.69140.20231500.1707300897
2.6914-2.96220.19311560.1704309998
2.9622-3.39070.1811650.1571303199
3.3907-4.27120.14661650.1343311399
4.2712-40.9950.16761530.14733115100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.3394 Å / Origin y: -1.493 Å / Origin z: 15.9359 Å
111213212223313233
T0.0574 Å2-0.0049 Å20.0006 Å2-0.0568 Å2-0.0033 Å2--0.0587 Å2
L0.3296 °2-0.0876 °20.0051 °2-0.2695 °2-0.0614 °2--0.2457 °2
S0.0012 Å °-0.0242 Å °0.015 Å °-0.0178 Å °0.0006 Å °0.0053 Å °0.0043 Å °0.0123 Å °-0.0128 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 261
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 157
3X-RAY DIFFRACTION1allC262
4X-RAY DIFFRACTION1allD1
5X-RAY DIFFRACTION1allE400
6X-RAY DIFFRACTION1allF1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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