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万見
- PDB-5w7h: Supercharged arPTE variant R5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w7h
タイトルSupercharged arPTE variant R5
要素Phosphotriesterase
キーワードHYDROLASE / supercharged / organophosphate hydrolase / OP hydrolase / surface modification / OpdA / PTE / phosphotriesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


catabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Aryldialkylphosphatase, zinc-binding site / Phosphotriesterase family signature 1. / Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Aryldialkylphosphatase, zinc-binding site / Phosphotriesterase family signature 1. / Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphotriesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium radiobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Campbell, E. / Grant, J. / Wang, Y. / Sandhu, M. / Williams, R.J. / Nisbet, D.R. / Perriman, A. / Lupton, D. / Jackson, C.J.
引用ジャーナル: Adv Biosyst / 年: 2018
タイトル: Hydrogel-Immobilized Supercharged Proteins
著者: Campbell, E. / Grant, J. / Wang, Y. / Sandhu, M. / Nisbet, D. / Perriman, A. / Lupton, D. / Jackson, C.J.
履歴
登録2017年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphotriesterase
B: Phosphotriesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6096
ポリマ－74,3472
非ポリマー2624
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area23470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.391, 110.076, 112.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphotriesterase


分子量: 37173.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア)
遺伝子: opdA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93LD7
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium nitrate, zinc chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→34.88 Å / Num. obs: 188301 / % possible obs: 91.52 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1527 / Net I/σ(I): 15.03
反射 シェル解像度: 2.75→2.848 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.5932 / Mean I/σ(I) obs: 4.54 / Num. unique obs: 20742 / CC1/2: 0.94 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D2J

2d2j


解像度: 2.75→34.877 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2761 703 4.78 %
Rwork0.2206 --
obs0.2233 14713 90.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→34.877 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5054 0 4 70 5128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045173
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5276995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5363079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04801
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004906
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.96230.36991300.28913033X-RAY DIFFRACTION100
2.9623-3.26020.30351590.25893036X-RAY DIFFRACTION100
3.2602-3.73150.31811140.26452078X-RAY DIFFRACTION68
3.7315-4.69940.25791270.1932638X-RAY DIFFRACTION85
4.6994-34.87960.22521730.17843225X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3578-0.3861.2191.7236-1.68742.35210.38090.2226-0.2123-0.2223-0.62510.20310.31990.57820.07240.17930.0530.03850.22070.02610.269814.932813.270222.9685
21.34470.66550.42182.0231-0.45710.72570.0908-0.16510.07250.2706-0.08180.1178-0.0307-0.2038-0.02270.2003-0.02470.07350.2917-0.10810.29637.260322.352431.4984
31.59230.53410.00272.45641.41051.4399-0.03480.0669-0.04240.3524-0.1701-0.0324-0.08790.06990.15530.1692-0.0162-0.0040.2994-0.0490.415924.773930.952527.0774
44.23171.23070.99960.9888-0.10413.80380.04240.45130.3028-0.00680.0071-0.0428-0.2986-0.12350.09530.2225-0.0182-0.00990.3220.04560.397217.984130.334410.0261
50.1179-0.4232-0.14951.67030.64260.2691-0.1583-0.30040.1911-0.32630.12730.3651-0.26050.0687-0.0740.4553-0.0336-0.03490.43630.1020.3645-3.064133.187415.2597
62.05970.2602-0.10782.47160.77330.9793-0.03810.2576-0.11410.0879-0.09050.15330.0128-0.13150.15140.1525-0.0007-0.01730.27820.04510.28564.610320.98412.7833
72.3639-0.5170.43952.61740.11492.7098-0.42410.0605-0.52560.33020.09140.3980.6606-0.50550.2790.4841-0.0250.08660.2661-0.0820.36312.908541.720562.6918
80.95620.1601-0.40372.04651.08182.3271-0.168-0.0119-0.26090.46610.0027-0.02540.36240.04050.09090.31160.02270.06240.2052-0.01640.397616.285837.243848.7797
91.451-0.2973-0.02132.19271.1872.2019-0.0749-0.017-0.1113-0.0861-0.04990.51180.0622-0.13570.26150.2218-0.00070.0160.2689-0.08510.34746.162549.766146.4058
102.5625-0.34040.48822.48391.72511.85390.03590.55860.3058-0.1790.2437-0.1588-0.31680.1690.30420.1580.1061-0.04430.1823-0.01280.42610.757260.753452.8451
110.33770.2279-0.19572.10550.60312.8656-0.00610.13880.0924-0.34570.1594-0.4841-0.4350.3019-0.10430.348-0.03170.02140.2319-0.01090.505725.699955.563451.2312
123.1784-0.9769-1.47391.48870.21972.1779-0.255-0.09060.18460.39590.2067-0.1470.33390.18640.05630.42850.0423-0.1070.2223-0.01280.282924.57252.513961.224
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 34 through 58 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 135 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 136 through 194 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 195 through 252 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 253 through 276 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 277 through 362 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 33 through 58 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 59 through 155 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 156 through 218 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 219 through 252 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 253 through 312 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 313 through 361 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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