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- PDB-5w6z: Crystal structure of the H24W mutant of HsNUDT16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w6z
タイトルCrystal structure of the H24W mutant of HsNUDT16
要素U8 snoRNA-decapping enzyme
キーワードHYDROLASE / nudix / nudix hydrolase / decapping enzyme / demodification of parylation
機能・相同性
機能・相同性情報


inosine diphosphate phosphatase / sno(s)RNA catabolic process / dIDP phosphatase activity / dITP catabolic process / IDP phosphatase activity / positive regulation of cell cycle process / RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / dITP diphosphatase activity / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / negative regulation of rRNA processing ...inosine diphosphate phosphatase / sno(s)RNA catabolic process / dIDP phosphatase activity / dITP catabolic process / IDP phosphatase activity / positive regulation of cell cycle process / RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / dITP diphosphatase activity / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / negative regulation of rRNA processing / NAD-cap decapping / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / metalloexopeptidase activity / chloride ion binding / snoRNA binding / cobalt ion binding / mRNA catabolic process / manganese ion binding / nucleotide binding / mRNA binding / nucleolus / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
U8 snoRNA-decapping enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Thirawatananond, P. / Gabelli, S.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Allegheny Health Network 米国
DoD-CDMRP 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural analyses of NudT16-ADP-ribose complexes direct rational design of mutants with improved processing of poly(ADP-ribosyl)ated proteins.
著者: Thirawatananond, P. / McPherson, R.L. / Malhi, J. / Nathan, S. / Lambrecht, M.J. / Brichacek, M. / Hergenrother, P.J. / Leung, A.K.L. / Gabelli, S.B.
履歴
登録2017年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U8 snoRNA-decapping enzyme
B: U8 snoRNA-decapping enzyme
D: U8 snoRNA-decapping enzyme
E: U8 snoRNA-decapping enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5375
ポリマ－85,5144
非ポリマー231
水1,20767
1
A: U8 snoRNA-decapping enzyme
B: U8 snoRNA-decapping enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7803
ポリマ－42,7572
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
2
D: U8 snoRNA-decapping enzyme
E: U8 snoRNA-decapping enzyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7572
ポリマ－42,7572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.117, 119.438, 65.777
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
U8 snoRNA-decapping enzyme / IDP phosphatase / IDPase / Inosine diphosphate phosphatase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X ...IDP phosphatase / IDPase / Inosine diphosphate phosphatase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 16 / Nudix motif 16 / Nudix hydrolase 16 / U8 snoRNA-binding protein H29K / m7GpppN-mRNA hydrolase


分子量: 21378.486 Da / 分子数: 4 / 変異: A22V, H24W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT16 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIPL
参照: UniProt: Q96DE0, 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase, inosine diphosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 % / Mosaicity: 0.568 ° / Mosaicity esd: 0.008 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 / 詳細: PEG 8000, CHES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 21134 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.15 / Χ2: 2.605 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 64806
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.642.40.2610.9190.1890.3241.03352.4
2.64-2.692.50.2690.8930.1920.3320.97756.5
2.69-2.742.60.2650.870.1880.3271.03165.4
2.74-2.82.80.2470.9020.1710.3021.03773.2
2.8-2.862.80.2470.9020.1670.31.0683.9
2.86-2.9330.2350.9170.1580.2851.28797.2
2.93-33.30.2320.9290.1490.2771.49599.2
3-3.083.30.2020.9490.1290.241.76199.2
3.08-3.173.30.1860.9540.120.2221.88899.2
3.17-3.283.20.1760.9460.1150.2112.32699.7
3.28-3.3930.150.9560.1030.1822.86199.1
3.39-3.533.20.1450.9710.0960.1743.01398.6
3.53-3.693.30.1450.9650.0940.1733.35998.9
3.69-3.883.20.1340.970.0890.1623.60798.7
3.88-4.1330.1140.9740.0780.1383.93597.9
4.13-4.4530.1070.9740.0750.1314.01896.7
4.45-4.893.20.1030.9790.0690.1244.09297.4
4.89-5.63.10.0980.9770.0660.1183.37498.4
5.6-7.053.30.0920.9820.060.112.96199.2
7.05-502.90.0710.9920.050.0883.52790.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Cootモデル構築
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W6X

5w6x


解像度: 2.61→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / SU B: 16.157 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.446
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3032 1047 5 %RANDOM
Rwork0.2082 ---
obs0.2131 20067 89.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 129.68 Å2 / Biso mean: 45.342 Å2 / Biso min: 13.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.07 Å20 Å2-0.1 Å2
2--4.52 Å20 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.61→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5562 0 1 67 5630
Biso mean--30 31.46 -
残基数----713
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195774
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025621
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8081.9847820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.052312842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3015739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.73521.761284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.15315970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7531579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021420
LS精密化 シェル解像度: 2.611→2.678 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 30 -
Rwork0.289 817 -
all-847 -
obs--48.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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