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万見
- PDB-5w6q: Structural basis for recognition of artificial DNA by an evolved ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w6q
タイトルStructural basis for recognition of artificial DNA by an evolved KlenTaq variant
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(1W5))-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*(1WA)P*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
  • DNA polymerase I, thermostableDNAポリメラーゼ
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA / AEGIS (アイギス) / unnatural base pair (塩基対) / host-guest system / transferase-dna complex / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / hydrolase activity, acting on ester bonds / DNA-templated DNA replication / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 ...Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA polymerase I, thermostable
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Singh, I. / Georgiadis, M.M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Snapshots of an evolved DNA polymerase pre- and post-incorporation of an unnatural nucleotide.
著者: Singh, I. / Laos, R. / Hoshika, S. / Benner, S.A. / Georgiadis, M.M.
履歴
登録2017年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I, thermostable
B: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(1W5))-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*(1WA)P*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
C: DNA polymerase I, thermostable
E: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(1W5))-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*(1WA)P*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
G: DNA polymerase I, thermostable
H: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(1W5))-3')
I: DNA (5'-D(P*GP*(1WA)P*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,7019
ポリマ－205,7019
非ポリマー00
水5,314295
1
A: DNA polymerase I, thermostable
B: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(1W5))-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*(1WA)P*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5673
ポリマ－68,5673
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area24830 Å2
手法PISA
2
C: DNA polymerase I, thermostable
E: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(1W5))-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*(1WA)P*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5673
ポリマ－68,5673
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area24890 Å2
手法PISA
3
G: DNA polymerase I, thermostable
H: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(1W5))-3')
I: DNA (5'-D(P*GP*(1WA)P*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5673
ポリマ－68,5673
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area25100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.282, 114.611, 90.516
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain D and segid D
21chain F and segid F
31chain I and segid I

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain D and segid DD0
211chain F and segid FF0
311chain I and segid II0

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase I, thermostable / DNAポリメラーゼ / Taq polymerase 1


分子量: 60862.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス)
遺伝子: polA, pol1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19821, DNAポリメラーゼ
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(1W5))-3')


分子量: 3677.380 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*(1WA)P*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量: 4026.612 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 14 % PEG 8000, 0.2 M Mg formate, 0.1 M MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.662→49.132 Å / Num. all: 57514 / Num. obs: 57623 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 39.82 Å2 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.118 / Rsym value: 0.082 / Net I/av σ(I): 8.9 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 194839
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.66-2.812.70.4521.72212182980.3490.5990.4522.297.8
2.81-2.9830.3082.42357179050.2350.4180.3083.398.8
2.98-3.183.30.23.72447874620.1470.2710.25.299.2
3.18-3.443.50.12562465169710.0890.1690.1258.599.4
3.44-3.763.70.098.32365864230.0620.120.0912.699.1
3.76-4.213.80.06112.22178457880.0420.0810.06116.999.1
4.21-4.863.70.04715.61900550980.0320.0630.04721.998.5
4.86-5.953.70.04515.21626843530.0310.0610.04522.399
5.95-8.423.70.03420.41261033700.0240.0460.03425.799.1
8.42-99.3393.60.02129.2669318460.0150.0280.02135.496.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ収集
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SZ2

3sz2


解像度: 2.66→49.132 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 2818 4.89 %
Rwork0.2113 54805 -
obs0.2131 57623 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.05 Å2 / Biso mean: 39.9312 Å2 / Biso min: 17.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.66→49.132 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12321 1542 0 295 14158
Biso mean---35.03 -
残基数----1638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214329
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70319733
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492193
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032308
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4225486
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11D342X-RAY DIFFRACTION0.394TORSIONAL
12F342X-RAY DIFFRACTION0.394TORSIONAL
13I342X-RAY DIFFRACTION0.394TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.66-2.70590.36911440.29782663280797
2.7059-2.75510.33061210.28222749287098
2.7551-2.80810.32481470.27522710285798
2.8081-2.86540.31111310.27732747287898
2.8654-2.92770.29891230.2762734285799
2.9277-2.99580.36461280.27512702283099
2.9958-3.07070.36141220.2762782290499
3.0707-3.15370.28471130.25932790290399
3.1537-3.24650.27951470.25392753290099
3.2465-3.35120.3051660.23432728289499
3.3512-3.4710.29051260.21662772289899
3.471-3.60990.24341510.21482736288799
3.6099-3.77410.22041240.19862729285399
3.7741-3.9730.24471400.18852766290699
3.973-4.22180.20711750.17322713288899
4.2218-4.54760.19521160.16552755287198
4.5476-5.00480.22021570.17212747290498
5.0048-5.72810.22781550.17992754290999
5.7281-7.21320.21321640.19222748291299
7.2132-49.14010.18241680.18072727289596

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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