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- PDB-5w6b: Phosphotriesterase variant S1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w6b
タイトルPhosphotriesterase variant S1
要素Phosphotriesterase
キーワードHYDROLASE / phosphotriesterase / organophosphate hydrolase / epistasis / directed evolution / laboratory evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


aryldialkylphosphatase / aryldialkylphosphatase activity / hydrolase activity, acting on ester bonds / catabolic process / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aryldialkylphosphatase, zinc-binding site / Phosphotriesterase family signature 1. / Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / TIM Barrel ...Aryldialkylphosphatase, zinc-binding site / Phosphotriesterase family signature 1. / Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Phosphotriesterase variant PTE-R1 / Parathion hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Brevundimonas diminuta (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.739 Å
データ登録者Miton, C.M. / Campbell, E.C. / Jackson, C.J. / Tokuriki, N.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phosphotriesterase variant S1
著者: Miton, C.M. / Campbell, E.C. / Jackson, C.J. / Tokuriki, N.
履歴
登録2017年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphotriesterase
G: Phosphotriesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,90011
ポリマ－72,0102
非ポリマー8909
水6,756375
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-180 kcal/mol
Surface area22820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.660, 85.790, 88.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-2669-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphotriesterase


分子量: 36005.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060GZX0, UniProt: P0A434*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.32 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM NaCacodylate, 10% 2-methane-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→88.169 Å / Num. obs: 67417 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 17.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PCP

4pcp


解像度: 1.739→30.743 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1976 3409 5.06 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.1657 67358 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.739→30.743 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5022 0 38 375 5435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095342
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1777260
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0541954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045843
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006945
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.739-1.76380.26181660.19782582X-RAY DIFFRACTION100
1.7638-1.79020.25331270.18922636X-RAY DIFFRACTION100
1.7902-1.81810.21451460.18692641X-RAY DIFFRACTION100
1.8181-1.84790.23911360.17782630X-RAY DIFFRACTION100
1.8479-1.87980.21991390.17082628X-RAY DIFFRACTION100
1.8798-1.9140.21561400.17192641X-RAY DIFFRACTION100
1.914-1.95080.20191280.17212662X-RAY DIFFRACTION100
1.9508-1.99060.25821410.17992631X-RAY DIFFRACTION100
1.9906-2.03390.22891320.17262635X-RAY DIFFRACTION100
2.0339-2.08120.2221570.16752646X-RAY DIFFRACTION100
2.0812-2.13320.22031260.16682644X-RAY DIFFRACTION100
2.1332-2.19090.21951200.16772663X-RAY DIFFRACTION100
2.1909-2.25530.20571460.16592650X-RAY DIFFRACTION100
2.2553-2.32810.20941400.16472654X-RAY DIFFRACTION100
2.3281-2.41130.19331470.16542647X-RAY DIFFRACTION100
2.4113-2.50780.20581470.17172669X-RAY DIFFRACTION100
2.5078-2.62180.20211370.17122644X-RAY DIFFRACTION100
2.6218-2.760.21441260.17312695X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.93280.20261430.17112687X-RAY DIFFRACTION100
2.9328-3.1590.17671510.17152677X-RAY DIFFRACTION100
3.159-3.47650.21871510.17132677X-RAY DIFFRACTION100
3.4765-3.97870.16931450.15352714X-RAY DIFFRACTION100
3.9787-5.00920.15321390.1352752X-RAY DIFFRACTION100
5.0092-30.74820.17411790.15092844X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.3629 Å / Origin y: 22.2696 Å / Origin z: 21.4566 Å
111213212223313233
T0.0992 Å2-0.0116 Å20.0011 Å2-0.1599 Å20.0355 Å2--0.1575 Å2
L1.0879 °2-0.0946 °2-0.1521 °2-0.5623 °20.0007 °2--1.5028 °2
S-0.0232 Å °-0.3098 Å °-0.0585 Å °-0.0463 Å °0.0273 Å °0.0319 Å °0.0545 Å °-0.0721 Å °0.001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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