PDB-5w5h: Human IFIT1 dimer with m7Gppp-AAAA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w5h

タイトル

Human IFIT1 dimer with m7Gppp-AAAA

要素

Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1
RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*AP*AP*A)-3')

キーワード

RNA binding protein/RNA / mRNA cap / N7-Methylguanosine-triphosphate RNA / tetratricopeptide repeat / RNA binding protein / RNA binding protein-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular transport of viral protein in host cell / cellular response to type I interferon / negative regulation of helicase activity / cellular response to exogenous dsRNA / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of viral genome replication / antiviral innate immune response / negative regulation of protein binding / response to virus / ISG15 antiviral mechanism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Abbas, Y.M. / Martinez-Montero, S. / Damha, M.J. / Nagar, B.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into IFIT1 dimerization and conformational changes associated with mRNA binding
著者: Abbas, Y.M. / Martinez-Montero, S. / Cencic, R. / Pelletier, J. / Damha, M.J. / Pawelek, P.D. / Nagar, B.

履歴

登録	2017年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb5w5h.ent.gz	469 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5w5h_validation.pdf.gz	455.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w5h_full_validation.pdf.gz	458 KB	表示
XML形式データ	5w5h_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	5w5h_validation.cif.gz	41.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/5w5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/5w5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w5iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5w5i-d 1pn2-d 3of6-d 2o39-d 11891 1nu9-d 6ci0-d 6pa3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (7) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*AP*AP*A)-3')

C: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

D: RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*AP*AP*A)-3')

114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, IFIT1 migrates as a dimer on gel filtration, light scattering, Calculated MW corresponds to IFIT1 homodimer, equilibrium centrifugation, Analytical ultracentrifugation shows ...根拠: gel filtration, IFIT1 migrates as a dimer on gel filtration, light scattering, Calculated MW corresponds to IFIT1 homodimer, equilibrium centrifugation, Analytical ultracentrifugation shows reversible monomer-dimer interaction

2

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*AP*AP*A)-3')

C: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

D: RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*AP*AP*A)-3')

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*AP*AP*A)-3')

C: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

D: RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*AP*AP*A)-3')

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*AP*AP*A)-3')

C: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

D: RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*AP*AP*A)-3')

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*AP*AP*A)-3')

C: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

D: RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*AP*AP*A)-3')

ソフトウェアが定義した集合体
458 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.355, 184.355, 88.762
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1 / IFIT-1 / Interferon-induced 56 kDa protein / P56 分子量: 55532.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFIT1, G10P1, IFI56, IFNAI1, ISG56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09914
#2: RNA鎖	RNA (5'-D((GTA))-R(PAPAPA)-3') 分子量: 1712.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.5 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 / 詳細: 27 - 32 % PEG 200, 0.1 M Tris pH 8.1, 200 mM CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 94 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 37109 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.1 % / R_pim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 26.1
反射シェル	解像度: 2.79→2.84 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. measured obs: 1854 / CC_1/2: 0.79 / R_pim(I) all: 0.512 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2142: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.79→42.01 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.79 / 位相誤差: 25.72

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	1637	5.05 %
R_work	0.219	-	-
obs	0.22	32445	87.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79→42.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7327	234	0	23	7584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7838
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.702	10613
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.128	4760
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	1140
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1300

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7926-2.8748	0.3445	58	0.3049	1074	X-RAY DIFFRACTION	37
2.8748-2.9675	0.3362	88	0.3057	1452	X-RAY DIFFRACTION	50
2.9675-3.0736	0.2877	100	0.281	2087	X-RAY DIFFRACTION	71
3.0736-3.1966	0.2873	154	0.2891	2652	X-RAY DIFFRACTION	92
3.1966-3.342	0.2906	152	0.2623	2903	X-RAY DIFFRACTION	99
3.342-3.5181	0.2516	154	0.2487	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5181-3.7384	0.2458	150	0.232	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7384-4.0269	0.2258	158	0.2038	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0269-4.4317	0.2091	155	0.186	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4317-5.072	0.2178	154	0.1802	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
5.072-6.3866	0.2296	155	0.2122	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3866-42.0177	0.2201	159	0.1924	3007	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5541	-0.2502	-0.7477	1.0791	-0.0569	2.1413	0.3315	-0.7061	0.7251	-0.1807	-0.3434	-0.3394	-0.7083	1.061	0.0034	0.0706	-0.1777	-0.0442	0.7386	-0.119	0.5665	11.9339	244.7993	1.1987
2	2.3064	-1.7566	-0.4128	2.2302	-0.5828	0.8707	-0.1581	-0.8386	-0.4703	0.3242	0.025	-0.2708	0.4626	0.6282	0.0156	0.3604	0.265	-0.106	0.9947	0.1403	0.395	3.908	226.9158	19.8539
3	1.5154	-0.2837	0.297	2.3918	0.5252	0.4239	-0.0596	-1.1037	0.1994	0.6556	0.1804	0.193	-0.1377	0.3167	0.0106	0.3758	-0.001	-0.0021	0.8038	-0.2061	0.2899	-13.76	242.1613	25.0422
4	1.3005	0.9783	1.0835	1.7783	0.5988	1.8124	0.0478	-0.2335	-0.6935	-0.0541	-0.0704	0.805	0.1996	-0.2349	0.0049	0.196	-0.0174	-0.0373	0.365	-0.1345	0.6122	-32.9359	227.0037	7.5203
5	0.824	0.0339	-0.1157	0.9966	-0.6551	1.7503	-0.7091	-0.2586	-0.581	-0.9847	0.4232	0.7858	1.3629	-0.4627	0.2021	1.1099	-0.3927	-0.2348	0.0952	-0.2243	0.4825	-61.6986	166.9407	-15.3271
6	1.6374	0.8245	-0.5381	2.9376	0.244	2.1062	-0.0904	-0.2401	-0.3559	0.2297	-0.194	-0.5893	0.3804	0.3546	0.1247	0.9024	0.2094	0.0337	-0.1364	-0.0861	0.4565	-43.5604	175.7222	-15.6287
7	2.1654	-1.5384	-0.0536	2.843	-0.6528	0.2616	-0.062	0.4762	-0.2523	-0.1739	-0.0726	-0.8382	0.3686	0.4226	0.0222	1.084	0.2595	0.3004	0.5049	-0.0621	0.7254	-35.0621	178.2487	-27.8205
8	2.5264	-0.0459	-0.2949	0.6317	1.1805	2.4973	0.1414	0.5693	-0.2844	-0.4972	-0.0256	-0.3449	0.3952	0.1485	-0.1597	1.6784	0.028	0.0714	0.5071	-0.1154	0.3502	-46.3104	179.9542	-39.7221
9	1.8061	0.0131	0.2854	2.4115	0.3504	0.1588	0.1358	0.5171	0.1031	-1.1743	0.0008	-0.0853	0.5882	-0.1465	-0.0726	0.8804	-0.0754	-0.1808	0.3134	0.0234	0.2739	-52.109	201.134	-31.783
10	1.2195	1.2212	0.3542	3.9538	1.5119	3.4349	-0.2126	0.0061	0.8933	-0.394	0.0291	-0.3842	-0.596	0.2796	0.155	0.4661	-0.0784	-0.2558	0.3398	0.0229	0.8139	-38.1919	219.6299	-16.0051
11	1.6527	-2.8375	1.9021	5.584	-1.4566	6.7824	0.0199	-0.1624	-0.2462	0.1664	0.0895	0.1544	0.2252	-0.1808	-0.0785	0.2235	0.0171	0.0032	0.494	-0.0941	0.2923	-9.5843	233.851	16.8757
12	4.2542	-0.7577	0.5135	0.864	1.6406	4.178	-0.0162	0.0476	0.2812	-0.1319	0.089	-0.2549	-0.211	0.2509	-0.0454	0.8345	0.1101	-0.0425	0.2645	-0.0044	0.3463	-45.7763	191.2838	-28.8897
13	0.416	0.0519	-0.0496	0.0064	-0.0061	0.0059	-0.1721	-0.0449	-0.5322	0.152	-0.0296	-0.0815	0.2036	0.051	0.1319	0.9345	-0.0774	-0.1057	0.1736	-0.007	0.3533	-50.4633	178.4147	-25.1969
14	2.0228	0.6721	-0.3656	0.9419	-0.6147	0.4105	-0.0871	-0.1484	0.0404	0.1217	-0.2296	-0.2708	-0.0721	0.2714	0.1952	0.2445	-0.019	-0.0227	0.5276	-0.2505	0.3724	2.8744	238.7084	12.3228

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 9 THROUGH 192 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 193 THROUGH 264 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 265 THROUGH 373 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 374 THROUGH 469 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'C' AND (RESID 9 THROUGH 153 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'C' AND (RESID 154 THROUGH 192 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'C' AND (RESID 193 THROUGH 245 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'C' AND (RESID 246 THROUGH 284 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'C' AND (RESID 285 THROUGH 412 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'C' AND (RESID 413 THROUGH 469 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 2 THROUGH 4 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'D' AND (RESID 2 THROUGH 4 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'D' AND RESID ' 1 '
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND RESID ' 1 '

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)