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- PDB-5w2r: Crystal structure of mutant CJ YCEI protein (CJ-G34C) with 5-merc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w2r
タイトルCrystal structure of mutant CJ YCEI protein (CJ-G34C) with 5-mercapto-2-nitrobenzoic acid guest structure
要素Polyisoprenoid-binding protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / nanotechnology nanoporous
機能・相同性
機能・相同性情報


Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like superfamily / YceI-like domain / YceI-like domain / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-MERCAPTO-2-NITRO-BENZOIC ACID / Unknown ligand / Periplasmic protein / Periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Huber, T.R. / Snow, C.D.
引用ジャーナル: Bioconjug. Chem. / 年: 2018
タイトル: Installing Guest Molecules at Specific Sites within Scaffold Protein Crystals.
著者: Huber, T.R. / McPherson, E.C. / Keating, C.E. / Snow, C.D.
履歴
登録2017年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyisoprenoid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9205
ポリマ－20,2461
非ポリマー6744
水30617
1
A: Polyisoprenoid-binding protein
ヘテロ分子

A: Polyisoprenoid-binding protein
ヘテロ分子

A: Polyisoprenoid-binding protein
ヘテロ分子

A: Polyisoprenoid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,67920
ポリマ－80,9844
非ポリマー2,69516
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation9_556-x,-x+y,-z+11
crystal symmetry operation12_546x,x-y-1,-z+11
Buried area23640 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area31520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.337, 178.337, 50.318
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-416-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Polyisoprenoid-binding protein / Protein yceI / Putative periplasmic protein


分子量: 20245.883 Da / 分子数: 1 / 変異: G34C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: A0L11_08945, A0M64_02260, A0M70_03345, AD53_02580
プラスミド: pSB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q79JB5, UniProt: Q0PB90*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 282.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MNB / 5-MERCAPTO-2-NITRO-BENZOIC ACID


分子量: 199.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO4S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.44 % / 解説: hexagonal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 3.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年4月6日
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→38.114 Å / Num. obs: 10917 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20.1 % / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.262 / Rsym value: 0.255 / Net I/av σ(I): 2.3 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.9-3.06204.1220.20.9454.234.12299.1
3.06-3.2420.12.0090.30.4582.0612.00999.6
3.24-3.4720.11.2420.50.2831.2751.24299.9
3.47-3.7420.50.59810.1350.6130.598100
3.74-4.120.40.332.20.0750.3390.33100
4.1-4.5920.70.1973.50.0440.2020.19799.9
4.59-5.2920.40.1593.90.0370.1630.159100
5.29-6.4820.30.1374.80.0310.1410.137100
6.48-9.1719.70.1015.80.0240.1040.101100
9.17-38.11316.70.0727.30.0180.0740.07298.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDS20161101データ削減
REFMAC5.8.0158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W2D

5w2d


解像度: 2.9→38.114 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 17.195 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.295 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2732 547 5 %RANDOM
Rwork0.2158 ---
obs0.2187 10351 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 212.15 Å2 / Biso mean: 99.483 Å2 / Biso min: 55.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1 Å22.05 Å2-0 Å2
2--4.1 Å20 Å2
3----13.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→38.114 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1323 0 40 17 1380
Biso mean--122.19 84.9 -
残基数----171
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6881.981846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7895170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69226.44159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.87815256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.072152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02995
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 41 -
Rwork0.445 742 -
all-783 -
obs--98.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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