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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w2r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mutant CJ YCEI protein (CJ-G34C) with 5-mercapto-2-nitrobenzoic acid guest structure | ||||||
![]() | Polyisoprenoid-binding protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / nanotechnology nanoporous | ||||||
機能・相同性 | ![]() Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like superfamily / YceI-like domain / YceI-like domain / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huber, T.R. / Snow, C.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Installing Guest Molecules at Specific Sites within Scaffold Protein Crystals. 著者: Huber, T.R. / McPherson, E.C. / Keating, C.E. / Snow, C.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5w17C ![]() 5w2dSC ![]() 5w2kC ![]() 5w2vC ![]() 5w2xC ![]() 5w2zC ![]() 5w30C ![]() 5w31C ![]() 5w32C ![]() 5w37C ![]() 5w39C ![]() 5w3aC ![]() 5w3bC ![]() 5w3cC C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20245.883 Da / 分子数: 1 / 変異: G34C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: A0L11_08945, A0M64_02260, A0M70_03345, AD53_02580 プラスミド: pSB3 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子量: 282.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MNB / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.44 % / 解説: hexagonal |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 3.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年4月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→38.114 Å / Num. obs: 10917 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20.1 % / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.262 / Rsym value: 0.255 / Net I/av σ(I): 2.3 / Net I/σ(I): 9.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5W2D 解像度: 2.9→38.114 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 17.195 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.295 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 212.15 Å2 / Biso mean: 99.483 Å2 / Biso min: 55.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→38.114 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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