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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w2k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mutant CJ YCEI protein (CJ-G34C) with hydroxymercuribenzoic acid guest structure | ||||||
要素 | Polyisoprenoid-binding protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / nanomaterial nanoporous | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like superfamily / YceI-like domain / YceI-like domain / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Campylobacter jejuni (カンピロバクター) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å | ||||||
データ登録者 | Huber, T.R. / Snow, C.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioconjug. Chem. / 年: 2018 タイトル: Installing Guest Molecules at Specific Sites within Scaffold Protein Crystals. 著者: Huber, T.R. / McPherson, E.C. / Keating, C.E. / Snow, C.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5w2k.cif.gz | 50.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5w2k.ent.gz | 34 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5w2k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5w2k_validation.pdf.gz | 454.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5w2k_full_validation.pdf.gz | 455.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5w2k_validation.xml.gz | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5w2k_validation.cif.gz | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/5w2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/5w2k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5w17C 5w2dSC 5w2rC 5w2vC 5w2xC 5w2zC 5w30C 5w31C 5w32C 5w37C 5w39C 5w3aC 5w3bC 5w3cC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20245.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: A0L11_08945, A0M64_02260, A0M70_03345, AD53_02580 プラスミド: pSB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q79JB5, UniProt: Q0PB90*PLUS | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子量: 282.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MBO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | Mosaicity: 0.26 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 3.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年4月4日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.78→38.714 Å / Num. all: 12465 / Num. obs: 12465 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.6 % / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.176 / Rsym value: 0.171 / Net I/av σ(I): 3.3 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 244820 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5W2D 解像度: 2.78→38.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.254 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 305.21 Å2 / Biso mean: 92.06 Å2 / Biso min: 55.09 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.78→38.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.78→2.852 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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