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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w20 | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of inosine-substituted duplex DNA | ||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Inosine / DNA crystal structure / deoxyinonsine / circular dichroism of modified DNA | 機能・相同性 | DNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() Pallan, P.S. / Egli, M. | ![]() ![]() タイトル: Comparative analysis of inosine-substituted duplex DNA by circular dichroism and X-ray crystallography. 著者: Peters, J.P. / Kowal, E.A. / Pallan, P.S. / Egli, M. / Maher 3rd., L.J. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 28.5 KB | 表示 | ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 387.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 387.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3015.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.08 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Droplets (2 uL) containing oligonucleotide (0.23 mM), sodium cacodylate (25 mM, pH 6.5), magnesium acetate (12.5 mM), and 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD, 20% v/v) that were equilibrated ...詳細: Droplets (2 uL) containing oligonucleotide (0.23 mM), sodium cacodylate (25 mM, pH 6.5), magnesium acetate (12.5 mM), and 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD, 20% v/v) that were equilibrated against a 1 mL reservoir of sodium cacodylate (50 mM, pH 6.5), magnesium acetate (25 mM), and MPD (40%) v/v) PH範囲: 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.36→50 Å / Num. obs: 11019 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 30.57 |
反射 シェル | 解像度: 1.36→1.41 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Num. unique obs: 1002 / Rpim(I) all: 0.133 / % possible all: 95 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.36→26.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 0.87 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.216 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.36→26.73 Å
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拘束条件 |
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