[日本語] English
万見
- PDB-5vyo: The complex structure of Burkholderia pseudomallei DsbA bound to ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vyo
タイトルThe complex structure of Burkholderia pseudomallei DsbA bound to a peptide
要素
  • Disulfide bond formation protein B
  • Thiol:disulfide interchange protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / thioredoxin / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


disulfide oxidoreductase activity / protein-disulfide reductase activity / protein folding / periplasmic space / electron transfer activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Disulphide bond formation protein DsbB/BdbC / Disulphide bond formation protein DsbB / DsbB-like superfamily / : / Disulfide bond formation protein DsbB / Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site ...Disulphide bond formation protein DsbB/BdbC / Disulphide bond formation protein DsbB / DsbB-like superfamily / : / Disulfide bond formation protein DsbB / Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Disulfide bond formation protein B / Thiol:disulfide interchange protein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者McMahon, R.M. / Martin, J.L.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1061241 オーストラリア
引用ジャーナル: Infect. Immun. / 年: 2018
タイトル: Virulence of the Melioidosis Pathogen Burkholderia pseudomallei Requires the Oxidoreductase Membrane Protein DsbB.
著者: McMahon, R.M. / Ireland, P.M. / Sarovich, D.S. / Petit, G. / Jenkins, C.H. / Sarkar-Tyson, M. / Currie, B.J. / Martin, J.L.
履歴
登録2017年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein
B: Thiol:disulfide interchange protein
C: Thiol:disulfide interchange protein
D: Thiol:disulfide interchange protein
E: Disulfide bond formation protein B
F: Disulfide bond formation protein B
G: Disulfide bond formation protein B
H: Disulfide bond formation protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4278
ポリマ－90,4278
非ポリマー00
水5,116284
1
A: Thiol:disulfide interchange protein
F: Disulfide bond formation protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6072
ポリマ－22,6072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9910 Å2
手法PISA
2
B: Thiol:disulfide interchange protein
E: Disulfide bond formation protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6072
ポリマ－22,6072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9830 Å2
手法PISA
3
C: Thiol:disulfide interchange protein
G: Disulfide bond formation protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6072
ポリマ－22,6072
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10180 Å2
手法PISA
4
D: Thiol:disulfide interchange protein
H: Disulfide bond formation protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6072
ポリマ－22,6072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.794, 59.684, 71.759
Angle α, β, γ (deg.)89.490, 67.790, 81.030
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Thiol:disulfide interchange protein / Disulfide Bond Protein A


分子量: 21990.049 Da / 分子数: 4 / 変異: C46A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: K96243 / 遺伝子: dsbA, BPSL0381 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q63Y08
#2: タンパク質・ペプチド
Disulfide bond formation protein B / Disulfide oxidoreductase


分子量: 616.687 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 99-104 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) / 参照: UniProt: Q63RY4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 0.5% v/v Jeffamine ED-2001, 1.74 M sodium malonate, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→58.87 Å / Num. obs: 29113 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 24.03 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.49-2.623.70.4540.8560.270.52987.7
7.87-58.873.80.040.9980.0240.04797.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.07 Å42.88 Å
Translation4.07 Å42.88 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4K2D

4k2d


解像度: 2.49→41.309 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 1472 5.06 %
Rwork0.1971 --
obs0.2001 29095 96.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.99 Å2 / Biso mean: 34.8368 Å2 / Biso min: 8.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→41.309 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6115 0 0 284 6399
Biso mean---27.38 -
残基数----781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026296
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4878540
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041102
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2213764
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4898-2.57020.33781280.27172089221781
2.5702-2.6620.31631150.24782557267298
2.662-2.76860.2981440.24262553269798
2.7686-2.89460.31041230.22542578270198
2.8946-3.04710.29791340.22542553268798
3.0471-3.2380.29461390.21712565270499
3.238-3.48780.28011340.20352530266498
3.4878-3.83860.22941210.17622559268098
3.8386-4.39350.20851590.15942519267897
4.3935-5.53330.21061540.16022557271199
5.5333-41.31440.21361210.18242563268498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3517-0.659-0.17715.39370.21866.01440.47990.8938-0.3096-0.905-0.0179-0.37310.31550.5605-0.11680.29810.09730.06830.3401-0.01940.3006-26.223110.8896-6.7753
23.1612-1.3170.54761.0361-0.51771.44030.02170.1556-0.2514-0.09770.0568-0.3164-0.1856-0.0340.01230.2785-0.0449-0.0160.14740.0070.1927-37.654217.58853.4205
35.5973-1.55231.50524.454-0.10754.2035-0.1002-0.4052-0.06620.44750.1412-0.2335-0.0791-0.0231-0.08980.2583-0.05080.02230.15050.03270.1112-36.416511.784110.9926
44.09760.9575-1.12586.31641.17933.70940.03120.22960.2215-0.39260.06680.1604-0.2317-0.1247-0.12250.18790.0076-0.01280.17150.00810.2169-52.223322.04824.2713
52.90430.6504-1.36736.24230.85743.98990.0486-0.2551-0.0640.218-0.11210.11380.24010.03110.04830.1738-0.0466-0.01060.15150.04860.1722-57.685112.72078.7287
63.75471.1773-1.21467.1107-0.75313.87450.0818-0.57810.26231.1020.0470.9155-0.0502-0.195-0.1360.3535-0.00590.06160.29370.00460.2396-59.819123.042115.7147
74.003-2.657-0.65793.5511.23352.15640.0220.3690.3781-0.3057-0.11850.4824-0.2913-0.0214-0.16370.3363-0.054-0.10640.1323-0.020.3665-45.861930.00764.512
83.1519-0.1535-0.95716.29531.38841.5897-0.0190.26030.1242-0.3706-0.0553-0.0221-0.05520.11540.15650.2661-0.0028-0.01510.1866-0.01290.1383-34.566516.382-2.5791
94.9160.6152-1.02955.67750.31813.40370.19740.0062-0.18640.0466-0.1792-0.98420.28850.49580.04830.17330.0102-0.04860.16390.02420.3383-25.65110.51713.6588
102.27470.0588-1.44234.3419-0.27513.6187-0.16650.0567-0.1988-0.21420.0617-0.1470.16350.11930.12110.2339-0.0229-0.04830.14380.05390.2071-46.71793.5635-26.5721
112.6131-1.2616-1.46745.59380.36494.50270.0913-0.01960.2102-0.2670.09740.1448-0.0193-0.0121-0.17350.1314-0.0446-0.01390.17660.00960.2255-53.665913.049-28.204
123.17581.16780.1995.61760.8052.81310.0408-0.04570.07080.1801-0.00050.3569-0.0292-0.2388-0.03660.14740.03940.01170.14460.00440.1285-67.396510.9181-15.0535
133.09141.0604-1.26162.1187-0.22891.0630.09580.0558-0.31040.0916-0.097-0.17080.21870.07060.09420.19790.0197-0.02140.16440.00220.1594-51.11141.4628-20.93
143.3328-0.2041-2.15252.74910.59923.35260.02430.20610.1193-0.40510.0436-0.52210.1740.0299-0.08420.24260.01410.01530.2003-0.00680.3456-41.84789.1967-34.104
157.236-0.497-1.21028.8917-0.20333.98930.2635-1.0804-0.42710.8660.3040.89430.6988-0.8579-0.19350.4193-0.09730.1110.47040.0680.3129-70.8141-14.405824.3532
164.68010.25960.13323.07741.25711.2037-0.1250.0422-0.02630.25440.04240.22480.085-0.050.1310.2178-0.0413-0.0020.18190.02040.151-55.7682-11.899411.8168
172.91950.1094-0.49276.31920.53742.64250.01650.2893-0.2352-0.3462-0.0051-0.391-0.00080.0316-0.00040.21470.0256-0.01960.16370.0170.1614-36.2416-15.53659.0452
185.17392.5082-3.64451.9216-1.76823.6827-0.0530.02990.46250.2243-0.0667-0.5058-0.6985-0.13580.05060.3545-0.0041-0.03140.20140.02360.2873-42.6314-0.653813.4267
193.36511.28540.58295.172-0.41173.506-0.0457-0.15630.12930.0395-0.09270.4249-0.0944-0.14170.13550.19940.0090.05070.2173-0.06550.2076-62.3188-11.518417.3739
202.0664-1.46270.38331.9247-2.98439.1914-0.0668-0.32030.26170.0578-0.47440.1097-0.2041-0.55670.72690.176-0.0645-0.01540.3396-0.11250.5807-86.6214-16.2485-22.2652
212.2654-0.2302-1.61884.96770.59962.1345-0.0417-0.02880.05090.21310.00840.2347-0.07810.02640.00090.20020.0238-0.04450.15990.0090.1482-69.6646-19.3702-21.1123
221.2557-0.3293-0.316.0347-2.63251.36690.00390.0995-0.05080.1205-0.0747-0.2422-0.21070.27230.14320.2444-0.0143-0.00440.1730.02850.1738-58.981-21.0941-31.6469
234.9529-0.39440.87118.3454-1.97573.4918-0.0363-0.01020.4982-0.0577-0.2584-0.2632-0.07610.29830.13330.2165-0.0559-0.02810.1698-0.01680.1749-51.8376-17.2069-37.2681
241.94820.1870.7228.64890.46744.13230.3620.019-0.4740.0721-0.0608-1.65320.02740.55890.16480.24570.037-0.05720.27650.06940.3255-47.6714-28.1898-31.5906
253.5942-4.4587-2.12696.62520.83834.1806-0.5586-0.1038-0.0308-0.32040.4625-0.11210.3773-0.20820.05130.2611-0.017-0.0330.18730.02850.2147-65.9894-33.4401-30.1696
263.1423-0.34420.87518.3647-0.83374.6627-0.03550.0642-0.1775-0.1174-0.1077-0.0881-0.1451-0.29240.08250.18450.01770.06720.1712-0.00910.2439-76.7422-23.2096-25.3762
273.7343-0.0519-0.24087.3039-0.43893.44960.0655-0.23860.34050.64040.10910.5851-0.3338-0.33090.00960.23180.0450.02010.2597-0.05980.27-80.023-15.0272-18.2709
287.5049-1.1886-2.37523.24490.31171.7095-0.11520.0014-0.610.1376-0.6941.21030.5342-0.66940.44090.5682-0.1222-0.05820.3468-0.17390.4828-46.332610.5137-12.1092
293.9905-2.0133-3.10643.234-2.71092.00060.4334-0.28960.50430.5622-0.29160.3694-1.1325-0.8260.46970.5927-0.0987-0.06220.4941-0.10430.4858-44.555612.9561-8.2799
306.07926.16630.38311.99974.24213.7604-0.8112-0.22030.6291-0.30710.5979-1.2502-1.35110.82860.52180.84390.0555-0.22170.539-0.04050.5348-49.7001-15.404126.3972
312.09650.21650.10482.1431.74281.63820.28660.1316-0.38340.5406-0.2511-0.61120.61880.64540.10720.68330.1716-0.14740.52960.19430.5118-74.9995-15.4224-36.3584
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 18 )A9 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 49 )A19 - 49
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 50 through 70 )A50 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 71 through 90 )A71 - 90
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 91 through 123 )A91 - 123
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 124 through 137 )A124 - 137
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 138 through 153 )A138 - 153
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 154 through 177 )A154 - 177
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 178 through 197 )A178 - 197
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 9 through 43 )B9 - 43
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 44 through 70 )B44 - 70
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 71 through 137 )B71 - 137
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 138 through 177 )B138 - 177
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 178 through 197 )B178 - 197
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 7 through 16 )C7 - 16
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 17 through 70 )C17 - 70
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 71 through 137 )C71 - 137
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 138 through 153 )C138 - 153
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 154 through 197 )C154 - 197
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 10 through 19 )D10 - 19
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 20 through 70 )D20 - 70
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 71 through 105 )D71 - 105
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 106 through 124 )D106 - 124
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 125 through 137 )D125 - 137
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 138 through 153 )D138 - 153
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 154 through 167 )D154 - 167
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 168 through 197 )D168 - 197
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 99 through 104 )E99 - 104
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 99 through 104 )F99 - 104
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 99 through 104 )G99 - 104
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'H' and (resid 99 through 104 )H99 - 104

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る