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- PDB-5vy2: Crystal structure of the F36A mutant of HsNUDT16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vy2
タイトルCrystal structure of the F36A mutant of HsNUDT16
要素U8 snoRNA-decapping enzyme
キーワードHYDROLASE / nudix / nudix hydrolase / decapping enzyme / demodification of parylation / demodification of marylation / ADPribose / di-ADPribose
機能・相同性
機能・相同性情報


inosine diphosphate phosphatase / sno(s)RNA catabolic process / dIDP phosphatase activity / dITP catabolic process / IDP phosphatase activity / positive regulation of cell cycle process / RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / dITP diphosphatase activity / negative regulation of rRNA processing / phosphodiesterase decapping endonuclease activity ...inosine diphosphate phosphatase / sno(s)RNA catabolic process / dIDP phosphatase activity / dITP catabolic process / IDP phosphatase activity / positive regulation of cell cycle process / RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / dITP diphosphatase activity / negative regulation of rRNA processing / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / NAD-cap decapping / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / metalloexopeptidase activity / chloride ion binding / cobalt ion binding / snoRNA binding / mRNA catabolic process / manganese ion binding / nucleotide binding / mRNA binding / nucleolus / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / U8 snoRNA-decapping enzyme-like / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
U8 snoRNA-decapping enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Thirawatananond, P. / Gabelli, S.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
AHN 米国
DOD 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural analyses of NudT16-ADP-ribose complexes direct rational design of mutants with improved processing of poly(ADP-ribosyl)ated proteins.
著者: Thirawatananond, P. / McPherson, R.L. / Malhi, J. / Nathan, S. / Lambrecht, M.J. / Brichacek, M. / Hergenrother, P.J. / Leung, A.K.L. / Gabelli, S.B.
履歴
登録2017年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U8 snoRNA-decapping enzyme
B: U8 snoRNA-decapping enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5323
ポリマ－42,5092
非ポリマー231
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, dimer AB
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.202, 49.589, 64.284
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.590, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 U8 snoRNA-decapping enzyme / IDP phosphatase / IDPase / Inosine diphosphate phosphatase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X ...IDP phosphatase / IDPase / Inosine diphosphate phosphatase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 16 / Nudix motif 16 / U8 snoRNA-binding protein H29K / m7GpppN-mRNA hydrolase


分子量: 21254.330 Da / 分子数: 2 / 変異: A22V, F36A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT16 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIPL
参照: UniProt: Q96DE0, 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase, inosine diphosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.79 % / Mosaicity: 1.298 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 / 詳細: PEG 8000, CHES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 13719 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 4.229 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.341.70.1350.9560.1230.1832.77274.3
2.34-2.3820.1430.9460.1160.1852.80981.3
2.38-2.432.20.1480.960.1160.1893.28187.3
2.43-2.482.60.1470.9640.1080.1843.13492.6
2.48-2.532.70.1290.9730.0950.1613.56992.8
2.53-2.592.70.1260.9680.0940.1583.93793.3
2.59-2.662.70.1220.9830.090.1533.58593.2
2.66-2.732.70.120.9780.0880.1493.894.1
2.73-2.812.70.1160.9780.0860.1454.05195.1
2.81-2.92.70.1090.980.0820.1374.22694
2.9-32.70.0990.9820.0760.1254.26195.6
3-3.122.70.0860.9850.0670.1094.23496.1
3.12-3.262.70.0780.9870.0590.0984.47195.6
3.26-3.442.70.0660.9880.0510.0844.87996.5
3.44-3.652.50.060.990.0480.0774.64195.1
3.65-3.932.60.0610.9890.0490.0795.10991.9
3.93-4.332.40.0540.9910.0430.0695.0191.3
4.33-4.952.40.0550.9920.0450.0715.2493.1
4.95-6.242.50.0580.9890.0460.0745.20294.1
6.24-502.30.0510.9920.0430.0674.97792.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
REFMAC位相決定
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: pdbid XX

解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 7.275 / SU ML: 0.178 / SU R Cruickshank DPI: 0.691 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.691 / ESU R Free: 0.288
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2533 633 4.6 %RANDOM
Rwork0.1889 ---
obs0.1919 13077 91.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.64 Å2 / Biso mean: 29.92 Å2 / Biso min: 10.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å2-0 Å2-0.39 Å2
2---0.84 Å20 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2765 0 1 176 2942
Biso mean--44.28 29.84 -
残基数----357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192840
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6121.9873837
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98636268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2815361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.81521.533137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.91615477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9931540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02647
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.349 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 44 -
Rwork0.22 739 -
all-783 -
obs--72.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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