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- PDB-5vrm: CRYSTAL STRUCTURE OF THE INHA FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vrm
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE INHA FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN COMPLEX WITH AN12855, EBSI 4333.
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / INHA / ENOYL-ACYL REDUCTASE / TUBERCULOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9JJ / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2018
タイトル: Discovery of a cofactor-independent inhibitor ofMycobacterium tuberculosisInhA.
著者: Xia, Y. / Zhou, Y. / Carter, D.S. / McNeil, M.B. / Choi, W. / Halladay, J. / Berry, P.W. / Mao, W. / Hernandez, V. / O'Malley, T. / Korkegian, A. / Sunde, B. / Flint, L. / Woolhiser, L.K. / ...著者: Xia, Y. / Zhou, Y. / Carter, D.S. / McNeil, M.B. / Choi, W. / Halladay, J. / Berry, P.W. / Mao, W. / Hernandez, V. / O'Malley, T. / Korkegian, A. / Sunde, B. / Flint, L. / Woolhiser, L.K. / Scherman, M.S. / Gruppo, V. / Hastings, C. / Robertson, G.T. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J. / Tonge, P.J. / Lenaerts, A.J. / Parish, T. / Alley, M.
履歴
登録2017年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,1788
ポリマ－115,3484
非ポリマー3,8304
水1,09961
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7952
ポリマ－28,8371
非ポリマー9571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7952
ポリマ－28,8371
非ポリマー9571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7952
ポリマ－28,8371
非ポリマー9571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7952
ポリマ－28,8371
非ポリマー9571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14100 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area31290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.350, 92.680, 101.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase


分子量: 28837.057 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: inhA, MT1531 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P9WGR0, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物
ChemComp-9JJ / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(3-aminocarbonylpyridin-1-ium-1-yl)-3-oxidanyl-4-[[1-oxidanyl-6-[4-(trifluoromethyl)phenoxy]-3~{H}-2,1$l^{4}-benzoxaborol-1-yl]oxy]oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate


分子量: 957.459 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H37BF3N7O17P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: INHA, ENOYL-ACP REDUCTASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS, R5645 AT 10.0 MG/ML (340UM), BATCH NUMBER 1526003A, IN 20MM PIPES PH 7.3, 50 MM NACL, WITH 3.5MM NAD+ (EBSI1606) AND 420UM AN2918 ...詳細: INHA, ENOYL-ACP REDUCTASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS, R5645 AT 10.0 MG/ML (340UM), BATCH NUMBER 1526003A, IN 20MM PIPES PH 7.3, 50 MM NACL, WITH 3.5MM NAD+ (EBSI1606) AND 420UM AN2918 (EBSI4012) AGAINST OPTIMIZATION SCREEN ACR_PEGISH_AMAC_DMSO_ADA WELL E4: 0.1M ADA/NAOH PH6.8, 12.0% W/V PEG 4,000, 0.25M AMMONIUM ACETATE, AND CRYO-PROTECTED IN 40% MPD WITH 0.1MM OF EACH COMPOUND; CRYSTAL TRACKING ID 249555E4 (BUV9-3), PH 6.80, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K
PH範囲: 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.09 Å / Num. obs: 38978 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 56.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 22.82
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→49.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 17.742 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.526 / ESU R Free: 0.255
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1954 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.193 38978 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 55.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.01 Å2-0 Å2-1.2 Å2
2--3.16 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7320 0 239 61 7620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0197731
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.027180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4131.9610586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9372.98216406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9151008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.56323.563261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.695151080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.8831540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.21224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7293.424059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7293.4194058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7265.1225058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 141 -
Rwork0.263 2723 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6950.01340.2691.37540.46641.3843-0.05350.0086-0.18470.0340.09090.05330.30490.2499-0.03740.16210.13440.02190.1246-0.00270.1113254.843416.3574118.9615
20.8858-0.4049-0.30611.3620.19441.72460.0330.01-0.1856-0.0019-0.18190.4794-0.2115-0.36510.14890.09230.1128-0.00210.1799-0.07190.2454228.743536.3883120.9843
31.1182-0.51560.07541.3544-0.33751.20.07680.02090.0759-0.0569-0.10840.006-0.6370.16950.03150.452-0.0388-0.01270.0539-0.0050.0302248.424659.8034114.8351
41.0906-0.29650.43681.2389-0.50051.1848-0.0731-0.03070.08510.2022-0.0383-0.256-0.32280.58040.11140.1465-0.0958-0.04950.4544-0.00950.0799271.838140.6488128.1546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 300
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 300
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 300
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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