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- PDB-5vql: X-ray co-structure of nuclear receptor ROR-gammat Ligand Binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vql
タイトルX-ray co-structure of nuclear receptor ROR-gammat Ligand Binding Domain with a inverse agonist and SRC2 peptide
要素Nuclear receptor ROR-gamma, SRC2 chimera
キーワードTRANSCRIPTION / NUCLEAR RECEPTOR / NUCLEAR HORMONE RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / lymph node development / adipose tissue development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9GS / Nuclear receptor ROR-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Li, X.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray co-structure of nuclear receptor ROR-gammat Ligand Binding Domain with a inverse agonist and SRC2 peptide
著者: Li, X.
履歴
登録2017年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_detector
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_detector.detector

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma, SRC2 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0133
ポリマ－32,4421
非ポリマー5712
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.325, 61.325, 155.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-gamma, SRC2 chimera / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma / RORgt


分子量: 32442.436 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 260-507 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 断片: RORgt-LBD 260-507 / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P51449
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-9GS / 5'-(4-cyclopropyl-6-methoxypyrimidin-5-yl)-N-{[4-(ethylsulfonyl)phenyl]methyl}spiro[cyclopentane-1,3'-pyrrolo[3,2-b]pyridine]-1'(2'H)-carboxamide


分子量: 547.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H33N5O4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 4000 (2-8%), NACL 0.5M, PIPES (0.1M), PH 7.0 / PH範囲: 6.9 - 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→43.36 Å / Num. obs: 8619 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 67.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rsym value: 0.166 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 848 / Rsym value: 0.692 / Χ2: 1.13 / % possible all: 98.83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
d*TREK9.9.9.4Lデータ削減
d*TREK9.9.9.4Lデータスケーリング
PHENIX1.8_1069位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.348
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 409 4.75 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 8619 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 75.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8852 Å20 Å20 Å2
2---0.8852 Å20 Å2
3---1.7704 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2094 0 40 47 2181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082183HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.932947HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d788SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes49HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes317HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2183HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.94
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion265SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2497SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→3.02 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 120 5.07 %
Rwork0.236 2248 -
all0.239 2368 -
obs--99.04 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.009 Å / Origin y: 18.9649 Å / Origin z: 19.4602 Å
111213212223313233
T-0.0542 Å2-0.0222 Å20.0236 Å2--0.0142 Å20.0236 Å2---0.1515 Å2
L1.3185 °2-0.2588 °20.9161 °2-1.1015 °20.0136 °2--2.3261 °2
S-0.0878 Å °-0.0122 Å °-0.0119 Å °-0.0016 Å °0.0936 Å °-0.0503 Å °0.1438 Å °0.082 Å °-0.0058 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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