PDB-5vpv: Crystal structure of Apo Cryptococcus neoformans H99 Acetyl-CoA S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vpv

タイトル

Crystal structure of Apo Cryptococcus neoformans H99 Acetyl-CoA Synthetase with an Acetylated Active Site Lysine

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase

キーワード

LIGASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / Beryllium / Synthetase / ACS1 / Acetyl-CoA / PRX / Ac-AMS / Coenzyme A / CoA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Davies, D.R. / Calhoun, B.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Apo Cryptococcus neoformans H99 Acetyl-CoA Synthetase with an Acetylated Active Site Lysine
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Davies, D.R. / Calhoun, B. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Mutz, M.W. / Krysan, D.J.

履歴

登録	2017年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vpv.cif.gz	721.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vpv.ent.gz	592.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vpv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vpv_validation.pdf.gz	484.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vpv_full_validation.pdf.gz	497 KB	表示
XML形式データ	5vpv_validation.xml.gz	67.9 KB	表示
CIF形式データ	5vpv_validation.cif.gz	97.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/5vpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/5vpv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3s3c-d 3vjh-d 5wr1-d 1q6x-1 1t1u-d 2vv1-d 6vxe-5 6ulx-d 5y2o-d 1q6x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-CrneC.00629.a

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetTrack: SSGCID-CrneC.00629.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase

B: Acetyl-coenzyme A synthetase

C: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

234 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
78 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	176.980, 176.980, 159.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-882- HOH

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 分子量: 77516.781 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類) 株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_00797 / プラスミド: pEMB7013 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J9VFT1, acetate-CoA ligase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: RigakuReagents Morpheus H3: 10.0% w/v PEG4,000, 20% glycerol, 0.02M amino acid mix, 0.1M MES/imidazole pH6.5; CrneC.00629.a.FS11.PD00402 at 10.0mg/ml; Crystals were directly cryo-protected. Puck lrm5-1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月18日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射	モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→49.277 Å / Num. obs: 78331 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 12.18
反射シェル	解像度: 2.6→2.67 Å / R_merge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 5.02 / CC_1/2: 0.952 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2744	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→49.277 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2162	3904	4.99 %
R_work	0.1561	-	-
obs	0.1591	78263	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.12 Å² / B_iso mean: 36.0449 Å² / B_iso min: 3.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→49.277 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14119	0	63	685	14867
B_iso mean	-	-	73.66	34.5	-
残基数	-	-	-	-	1825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14623
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.843	19927
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	2135
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2575
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.844	8610

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6-2.6317	0.3069	134	0.1936	2621	2755	100
2.6317-2.665	0.2947	131	0.1848	2625	2756	100
2.665-2.7001	0.2406	126	0.1683	2615	2741	100
2.7001-2.7371	0.2823	139	0.1704	2627	2766	100
2.7371-2.7762	0.2464	140	0.1666	2653	2793	100
2.7762-2.8176	0.237	143	0.1666	2578	2721	100
2.8176-2.8616	0.2217	153	0.1612	2623	2776	100
2.8616-2.9086	0.2378	134	0.1687	2642	2776	100
2.9086-2.9587	0.2545	141	0.1766	2600	2741	100
2.9587-3.0125	0.2717	132	0.1833	2638	2770	100
3.0125-3.0704	0.2442	158	0.179	2609	2767	100
3.0704-3.1331	0.2781	126	0.1782	2638	2764	100
3.1331-3.2012	0.2353	138	0.175	2635	2773	100
3.2012-3.2757	0.2403	135	0.1626	2649	2784	100
3.2757-3.3576	0.2527	122	0.167	2652	2774	100
3.3576-3.4483	0.2255	152	0.1684	2621	2773	100
3.4483-3.5498	0.215	160	0.1634	2618	2778	100
3.5498-3.6643	0.227	152	0.1588	2643	2795	100
3.6643-3.7952	0.1815	117	0.1494	2680	2797	100
3.7952-3.9471	0.2014	137	0.1382	2641	2778	100
3.9471-4.1267	0.2061	150	0.1356	2671	2821	100
4.1267-4.3441	0.169	136	0.12	2659	2795	100
4.3441-4.6161	0.1615	142	0.1173	2664	2806	100
4.6161-4.9722	0.1721	134	0.1162	2705	2839	100
4.9722-5.472	0.1576	121	0.126	2713	2834	100
5.472-6.2624	0.2085	124	0.1557	2739	2863	100
6.2624-7.8848	0.2254	167	0.174	2730	2897	100
7.8848-49.2861	0.2043	160	0.1874	2870	3030	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6184	-0.1445	-0.1012	1.1817	0.3769	0.8962	0.0214	0.0284	0.0008	-0.1508	0.0949	-0.132	-0.0027	0.1132	-0.1065	0.1843	-0.0052	0.0285	0.1628	-0.014	0.2097	62.6829	-21.2066	-46.3439
2	0.4911	-0.1792	0.0346	0.6615	-0.3529	0.9938	-0.0368	-0.0307	0.0634	0.1069	0.0729	0.0571	-0.2629	-0.0804	-0.0345	0.2682	-0.005	0.0064	0.1552	0.0092	0.2295	29.5882	26.5771	-43.9975
3	0.8485	-0.1372	-0.127	0.8181	0.1136	0.7238	-0.0899	-0.1947	-0.049	0.1704	0.0905	0.0764	0.057	0.0242	-0.0008	0.2405	0.0687	0.0077	0.2704	-0.0114	0.1885	34.2046	-0.4337	-1.9775

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 13 through 681)	A	13 - 681
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 2 through 679)	B	2 - 679
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 25 through 543)	C	25 - 543

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)