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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vm9 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Human Argonaute3 bound to guide RNA | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | Hydrolase/RNA / protein / complex / RNA Binding protein-RNA complex / Hydrolase-RNA complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RISC complex assembly => GO:0070922 / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / : / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RNA secondary structure unwinding ...RISC complex assembly => GO:0070922 / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / : / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RNA secondary structure unwinding / regulation of megakaryocyte differentiation / RISC-loading complex / regulation of stem cell proliferation / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA processing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / pre-miRNA processing / RISC complex / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / miRNA binding / mRNA catabolic process / Regulation of MECP2 expression and activity / Transcriptional Regulation by VENTX / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / RNA endonuclease activity / condensed nuclear chromosome / TP53 Regulates Metabolic Genes / P-body / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAPK6/MAPK4 signaling / Oncogene Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / RNA binding / nucleoplasm / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Insect cell expression vector pTIE1 (その他) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.28 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Park, M.S. / Nakanishi, K. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 日本, 5件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 タイトル: Human Argonaute3 has slicer activity. 著者: Park, M.S. / Phan, H.D. / Busch, F. / Hinckley, S.H. / Brackbill, J.A. / Wysocki, V.H. / Nakanishi, K. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vm9.cif.gz | 681.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vm9.ent.gz | 561.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vm9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vm9_validation.pdf.gz | 482.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vm9_full_validation.pdf.gz | 526.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5vm9_validation.xml.gz | 58.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vm9_validation.cif.gz | 79.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/5vm9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/5vm9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4olaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97645.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGO3, EIF2C3 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: Q9H9G7 #2: RNA鎖 | | 分子量: 4188.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Insect cell expression vector pTIE1 (その他) #3: RNA鎖 | | 分子量: 4847.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Insect cell expression vector pTIE1 (その他) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM succinate-phosphateglycine buffer pH 4.4, 23% PEG2,000 and 4% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.28→67.48 Å / Num. obs: 28649 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Rpim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 1.72 |
反射 シェル | 最高解像度: 3.28 Å / Rpim(I) all: 0.408 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4OLA 解像度: 3.28→67.476 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.11 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F 詳細: Author states that protein co-purified with endogenous microRNAs (miRNAs) which were from insect cells. This protein usually uptake the endogenous miRNAs during the overexpression and do not ...詳細: Author states that protein co-purified with endogenous microRNAs (miRNAs) which were from insect cells. This protein usually uptake the endogenous miRNAs during the overexpression and do not release the RNA from the protein. They do not know the precise sequence or length of the RNA and the RNA were tightly bound to protein with the middle of the nucleotides disordered.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.28→67.476 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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