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- PDB-5vm9: Human Argonaute3 bound to guide RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vm9
タイトルHuman Argonaute3 bound to guide RNA
要素
  • Protein argonaute-3
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*U)-3')
キーワードHydrolase/RNA / protein / complex / RNA Binding protein-RNA complex / Hydrolase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex ...: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex / regulation of stem cell proliferation / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / miRNA processing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / pre-miRNA processing / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / RISC complex / TGFBR3 expression / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / miRNA binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / mRNA catabolic process / Transcriptional Regulation by VENTX / Regulation of MECP2 expression and activity / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / RNA endonuclease activity / condensed nuclear chromosome / TP53 Regulates Metabolic Genes / P-body / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAPK6/MAPK4 signaling / Oncogene Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / positive regulation of gene expression / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein argonaute-3 / paz domain / paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain ...Protein argonaute-3 / paz domain / paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Beta Complex / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Park, M.S. / Nakanishi, K.
資金援助 米国, 日本, 5件
組織認可番号国
The Ohio State UniversityStart-up 米国
Department of Energy (DOE, United States)GUP-41799 米国
Department of Energy (DOE, United States)GUP-51294 米国
JSTJPMJPR13L7 日本
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM124320 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Human Argonaute3 has slicer activity.
著者: Park, M.S. / Phan, H.D. / Busch, F. / Hinckley, S.H. / Brackbill, J.A. / Wysocki, V.H. / Nakanishi, K.
履歴
登録2017年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年12月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein argonaute-3
B: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*U)-3')
C: Protein argonaute-3
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,3274
ポリマ－204,3274
非ポリマー00
水00
1
A: Protein argonaute-3
B: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,8342
ポリマ－101,8342
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area37960 Å2
手法PISA
2
C: Protein argonaute-3
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4922
ポリマ－102,4922
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area37210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.414, 68.414, 408.802
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Protein argonaute-3 / hAgo3 / Argonaute RISC catalytic component 3 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 3 / eIF2C 3


分子量: 97645.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGO3, EIF2C3
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q9H9G7
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*U)-3')


分子量: 4188.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*U)-3')


分子量: 4847.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Insect cell expression vector pTIE1 (その他)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM succinate-phosphateglycine buffer pH 4.4, 23% PEG2,000 and 4% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.28→67.48 Å / Num. obs: 28649 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Rpim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 1.72
反射 シェル最高解像度: 3.28 Å / Rpim(I) all: 0.408

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OLA

4ola


解像度: 3.28→67.476 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.11 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: Author states that protein co-purified with endogenous microRNAs (miRNAs) which were from insect cells. This protein usually uptake the endogenous miRNAs during the overexpression and do not ...詳細: Author states that protein co-purified with endogenous microRNAs (miRNAs) which were from insect cells. This protein usually uptake the endogenous miRNAs during the overexpression and do not release the RNA from the protein. They do not know the precise sequence or length of the RNA and the RNA were tightly bound to protein with the middle of the nucleotides disordered.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 1996 6.99 %
Rwork0.1871 --
obs0.1922 28557 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.28→67.476 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12557 564 0 0 13121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00513485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84618381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1368093
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512067
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062255
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2808-3.36280.31841460.27751868X-RAY DIFFRACTION93
3.3628-3.45370.30861430.27751901X-RAY DIFFRACTION93
3.4537-3.55530.30411420.25481903X-RAY DIFFRACTION93
3.5553-3.670.31471400.23591864X-RAY DIFFRACTION93
3.67-3.80110.261430.2121942X-RAY DIFFRACTION93
3.8011-3.95320.23051420.20011841X-RAY DIFFRACTION93
3.9532-4.1330.26131500.19431909X-RAY DIFFRACTION93
4.133-4.35080.22871390.17041886X-RAY DIFFRACTION93
4.3508-4.62320.18451390.16471927X-RAY DIFFRACTION93
4.6232-4.97980.24231430.161876X-RAY DIFFRACTION93
4.9798-5.48030.24311460.16911883X-RAY DIFFRACTION93
5.4803-6.27190.25131430.18411914X-RAY DIFFRACTION93
6.2719-7.89620.24771380.18341896X-RAY DIFFRACTION93
7.8962-48.04590.18811420.16721920X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2149-0.33330.3512.23290.32431.43640.10590.1439-0.51770.0148-0.24010.73480.5854-0.22770.23950.7579-0.06180.14860.61980.21890.9452-40.4476-44.055234.0976
21.0964-0.9515-1.10211.44041.4231.2111-0.1402-0.2817-0.18780.1150.18070.04980.190.1860.03730.76190.03730.04980.79490.28370.5789-19.204-44.060923.9282
32.82390.4365-0.57781.9178-0.99172.31920.1318-0.43620.1322-0.0667-0.2938-0.4522-0.30840.53960.06680.3786-0.01570.10881.05160.20010.6004-1.6689-10.866646.7796
41.8745-0.6693-0.28532.1227-1.14973.0164-0.0251-0.8124-0.2562-0.032-0.10180.30630.05230.12040.11490.27810.00190.15191.17170.21950.5291-20.6044-21.64253.1281
5-0.6362-0.5404-0.33290.221.45420.21830.6849-0.2877-0.417-2.7861-1.0041.57572.1355-0.13150.3529-0.0730.07630.2081.53840.04881.0131-15.1926-31.834733.4416
60.73540.0716-0.84180.1798-0.15691.4274-0.05080.1967-0.19440.0439-0.00970.27570.2061-0.34220.03070.6257-0.0346-0.11410.63580.2450.9639-38.9633-37.4833-1.076
71.8899-2.28870.16242.7092-0.26942.16420.46630.2251-0.3971-0.0999-0.25870.57490.1224-0.2404-0.12160.53670.04370.0090.57280.18210.9651-44.5255-22.52839.057
80.97850.1054-0.05672.4827-0.20342.3341-0.06890.12180.3935-0.32160.0913-0.2451-0.36450.73920.12240.5725-0.101-0.15520.66260.06650.6435-1.4008-6.26-12.6038
91.8073-0.61561.28612.9389-0.22031.8041-0.10750.3060.8415-0.7159-0.1355-0.0032-0.24350.18010.17290.8066-0.1574-0.0890.45760.20490.5264-13.2125-6.808-18.0076
103.32430.74980.53710.59290.22413.6582-0.18360.2443-0.063-0.47540.06930.071-0.05870.18140.03840.84720.0716-0.03820.35460.15560.3774-18.6338-24.587-21.6126
11-0.1978-1.0953-1.25510.36290.55091.1217-1.3527-1.057-0.4224-0.18430.5913-0.38920.7098-0.24520.11990.93830.2196-0.04990.63460.37630.8777-34.0957-19.8573-0.0435
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 196 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 197 through 413 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 414 through 618 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 619 through 860 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 21 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 15 through 263 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 264 through 406 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 407 through 500 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 501 through 618 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 619 through 860 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1 through 21 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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